GO slim

1. GO slim简介

GO slims are cut-down versions of the GO ontologies containing a subset of the terms in the whole GO. They give a broad overview of the ontology content without the detail of the specific fine grained terms.
简单地讲，GO slim 能简化 GO 的注释结果，将所有的 GO 注释归类到指定的数个 GO 功能分类上。
点击进入：GO Database Guide
点击进入：Ontology Downloads

2. 安装go-perl

方法1：

# perl -MCPAN -e shell
cpan[1]> install GO::Parser

方法2：

$ wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CM/CMUNGALL/go-perl-0.15.tar.gz
$ tar zxf go-perl-0.15.tar.gz
$ cd go-perl-0.15
$ perl Makefile.PL
$ make
$ sudo make install

查看go-perl的说明文档

$ perldoc go-perl.pod

3. map2slim的使用

用法：

$ map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo \
gene-associations/gene_association.fb

gene_ontology.obo和goslim_generic.obo文件在Ontology Downloads中下载。
操作的对象为GAF格式文件。当然此文件可以用blast2go的专业版生成。

使用map2slim的优点是可以自己构建属于自己物种的obo文件，然后运行该程序查看所感兴趣的功能基因的数目。

4. 使用blast2go做goslim

blast2go做goslim就很简单了，但是只能使用官网所公认的几个obo文件做goslim。