FASTA/Q序列处理神器---seqkit
该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本
安装
1 conda install seqkit
使用
序列操作(seq)
1 ## 取方向序列
2 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa
3
4 ## 取互补序列
5 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa
6
7 ## 取方向互补序列
8 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa
9
10 ## RNA---> DNA序列
11 seqkit seq test.fa rna2dna > test_dna.fa
12
13 ## 小写字母输出
14 seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa
15
16 ## 大写字母输出
17 seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa
18
19 ## 指定每行序列的输出长度(为0的话,代表为一整行,默认的输出 长度是60个碱基)
20 seqkit seq test.fa -w 10 > test_10.fa (指定序列的长度为10)
21
22 ## 将多行序列转换为一行序列
23 seqkit seq test.fa -w 0 > test_w.fa
24
25 ## 只输出序列
26 seqkit seq test.fa -s -w 0 > test_seq.fa
27
28 ## 将只输出的序列的,指定每行输出的碱基数
29 seqkit seq test_seq.fa -s -w 40 > test_seq40.fa
Fasta/q之间以及与tab格式互换
1 ## 将fataq文件转化为fasta格式.
2 seqkit fq2fa test.fq -o test.fa
3
4 ## 将fasta格式转化为tab格式
5 seqkit fx2tab test.fa > test_tab.fa (没有seq参数)
序列信息统计
1 ## 序列碱基含量
2 seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa
3
4 ## 序列长度的整体分布统计
5 seqkit stat test.fa
提取序列(grep)
1 ## 给定基因名字,gene.txt; 从基因所对应的fasta文件提取序列;
2 seqkit grep -f gene test.fa |seqkit seq -i >gene.fa
3 ## 参数
4 -i: 只输出ID,后面的信息不输出,比如长度等信息
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