假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度

首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置，查询链接：http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000132681;r=1:160121360-160156767;t=ENST00000368081

如下图所示，可以看到该基因有6个转录本，假定选择第二个转录本ENST00000470705.1，点击进去，显示该转录本有5个外显子

具体外显子的详细信息如下所示：

获得该基因的所有外显子的起始终止位置后，就可以用Samtool提取该位置，并且计算碱基覆盖度了，用到的命令如下：

1、先提取外显子的起始终止位置：

/software/samtools view -h file.bam 1:160147201-16014454 > ATP1A4_exon1.sam #提取基因ATP1A4上转录本ENST00000470705.1的第一个外显子片段

2、计算每个exon的碱基覆盖度：

/software/samtools depth ATP1A4_exon1.sam > ATP1A4_exon1_coverage.txt #计算基因ATP1A4上转录本ENST00000470705.1的第一个外显子碱基覆盖度

　　

　　

计算基因上外显子碱基覆盖度（exon coverage depth）：Samtool工具使用的更多相关文章

  1. java 计算地球上两点间距离

    /** * 计算地球上任意两点(经纬度)距离 * * @param long1 * 第一点经度 * @param lat1 * 第一点纬度 * @param long2 * 第二点经度 * @para ...

  2. JAVA 计算地球上任意两点(经纬度)距离

    /** * 计算地球上任意两点(经纬度)距离 * * @param long1 * 第一点经度 * @param lat1 * 第一点纬度 * @param long2 * 第二点经度 * @para ...

  3. 四种不同的SNP calling算法call低碱基覆盖度测序数据时，SNVs数量的比较（Comparing a few SNP calling algorithms using low-coverage sequencing data）

    摘要:如果不设置任何过滤标准的话,SOAPsnp会call出更多的SNVs:AtlasSNP2算法比较严格,因此call出来的SNVs数量是最少的,GATK 和 SAMtools call出来的数量位 ...

  4. OpenStack-Ocata版+CentOS7.6 云平台环境搭建 — 6.在计算节点上安装并配置计算服务Nova

    安装和配置计算节点这个章节描述如何在计算节点上安装和配置计算服务. 计算服务支持几种不同的 hypervisors.为了简单起见,这个配置在计算节点上使用 :KVM <kernel-based ...

  5. 计算地球上两个坐标点（经度，纬度）之间距离sql函数

    go --计算地球上两个坐标点(经度,纬度)之间距离sql函数 --作者:lordbaby --整理:www.aspbc.com CREATE FUNCTION [dbo].[fnGetDistanc ...

  6. 计算地图上两点间的距离PHP类

    计算地图上两点间的距离,使用的是谷歌地图 <?php class GeoHelper { /** * @param int $lat1 * @param int $lon1 * @param i ...

  7. 在IOS中根据圆心坐标、半径和角度计算圆弧上的点坐标

    /** 日期:2015-10-15 版本: 1.0.0 -------------------------------------------------------------- 功能说明 ---- ...

  8. 在windwo server2008服务器上配置ftp服务器、及配置phpstrom工具、实现项目同步。

    在windwo server2008服务器上配置ftp服务器.及配置phpstrom工具.实现项目同步. 在windwo server2008服务器上配置ftp服务器 参考该篇文章:http://bl ...

  9. Git 上传本地项目到远程仓库 （工具篇）

    前言:前面一开始写了一篇通过命令来操作本地项目上传远程仓库的文章,后来发现此方式没有那么灵活.故跟开发同事请教了下,知道了通过工具来操作更方便.所以写了这篇文章来分享&记录. 前提条件:本地安 ...

随机推荐

  1. Java多线程3：Thread中的实例方法

    一.Thread类中的方法调用方式 学习Thread类中的方法是学习多线程的第一步.在学习多线程之前特别提出一点,调用Thread中的方法的时候,在线程类中,有两种方式,一定要理解这两种方式的区别: ...

  2. 老男孩python学习自修第十七天【装饰器】

    装饰器:在某个方法执行前后去执行其他新定义的行为 例如: #!/usr/bin/env python # _*_ coding:UTF-8 _*_ def before_say_hello(): pr ...

  3. 二、core abp 数据库迁移

    一.数据库迁移-ABP(库) 1.配置链接数据库:  贴以下代码: { "ConnectionStrings": { "Default": "Serv ...

  4. 10.Service资源发现

    Kubernetes Pods是不可控的.每当一个pod停止后,他不是重启,而是重建.ReplicaSets特别是Pods动态地创建和销毁(例如,当向外扩展或向内扩展时).虽然每个PodIP地址都有自 ...

  5. 给dom对象添加事件

  6. BZOJ4653 [NOI2016] 区间 【线段树】

    题目分析: 首先思考一个二分答案的做法.我们可以注意到答案具有单调性,所以可以二分答案. 假设当前二分的答案是$ k $.那么按照大小顺序插入每个区间,同时在末端删除会对答案产生影响的区间.这里不妨用 ...

  7. 洛谷P2278操作系统

    题目 这个题是一个名副其实的考验细节和头脑清醒的一个题. 根据提议我们可以进行分类讨论. 我们用优先队列来模拟CPU,我们可以用在线的算法来写,每次输入一个进程都要判断这个进程是否可以挤掉优先队列里的 ...

  8. Vijos P1459 车展 (treap 任意区间中位数)

    题面: 描述 遥控车是在是太漂亮了,韵韵的好朋友都想来参观,所以游乐园决定举办m次车展.车库里共有n辆车,从左到右依次编号为1,2,…,n,每辆车都有一个展台.刚开始每个展台都有一个唯一的高度h[i] ...

  9. P2521 [HAOI2011]防线修建

    题目链接:P2521 [HAOI2011]防线修建 题意:给定点集 每次有两种操作: 1. 删除一个点 (除开(0, 0), (n, 0), 与指定首都(x, y)) 2. 询问上凸包长度 至于为什么 ...

  10. LA3490 Generator(KMP + 高斯消元)

    题意 一开始给你一个长为 \(S\) 的字符串. 从空串开始,不断在后面添加一个 \([A, A + n]\) 的一个字符. 第一次包含 \(S\) 的时候会停止添加.问期望的添加次数. 有 \(T\ ...