推荐一个SAM文件中flag含义解释工具--转载

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf

很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。根据文档介绍我们可以计算，但是为了方便大家，下面给大家提供一个脚本工具，大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了。

该脚本的使用方法如下截图所示：

脚本工具的使用方法：

将下面的代码保存在记事本里面，另存为一个html文件，如文件名：FlagExplain.html（拓展名一定要为.html）。双击既可以在浏览器里面打开了。

查看源代码

打印帮助

`01`	`<html><head><meta` `http-equiv="Content-Type"` `content="text/html; charset=GBK">`

`02`	`<title>Explain SAM Flags</title>`

`03`	`<script` `type="text/javascript">`

`04`	`lstFlags = [["read paired", 0x1],`

`05`	`["read mapped in proper pair", 0x2],`

`06`	`["read unmapped", 0x4],`

`07`	`["mate unmapped", 0x8],`

`08`	`["read reverse strand", 0x10],`

`09`	`["mate reverse strand", 0x20],`

`10`	`["first in pair", 0x40],`

`11`	`["second in pair", 0x80],`

`12`	`["not primary alignment", 0x100],`

`13`	`["read fails platform/vendor quality checks", 0x200],`

`14`	`["read is PCR or optical duplicate", 0x400]];`

15

`16`	`function explainFlags() {`

`17`	`var flagValue = parseInt(document.getElementById('tb').value); //returns 0 or NaN if can't parse`

`18`	`var summary = "";`

`19`	`for(var i = 0; i <` `lstFlags.length; i++) {`

`20`	`var` `checkbox` `=` `document.getElementById('cb' + i)`

`21`	`if(lstFlags[i][1] & flagValue) {`

`22`	`summary += "     " + lstFlags[i][0] + "<br>";`

`23`	`checkbox.checked = true;`

`24`	`} else {`

`25`	`checkbox.checked = false;`

26 }

27 }

28

`29`	`document.getElementById('summary').innerHTML = summary;`

30 }

31

`32`	`function checkboxClicked() {`

`33`	`//compute the new flag value`

`34`	`var newFlagValue = 0;`

`35`	`for(var i = 0; i <` `lstFlags.length; i++) {`

`36`	`var` `checkBox` `=` `document.getElementById('cb' + i);`

`37`	`if(checkBox.checked) {`

`38`	`newFlagValue \|= lstFlags[i][1];`

39 }

40 }

`41`	`var` `textbox` `=` `document.getElementById('tb');`

`42`	`textbox.value` `=` `newFlagValue;`

`43`	`explainFlags();`

44 }

`45`	`</script>`

46

`47`	`<noscript>This page requires JavaScript. Please enable it in your browser settings.</noscript>`

48 </head>

49 <body>

50

`51`	`This utility explains SAM flags in plain English. <br>`

52 <br>

53

`54`	`<form` `onsubmit="explainFlags(); return false;">`

55 Flag: 

`56`	`<input` `id="tb"` `type="text"` `size="10">      `

`57`	`<input` `type="submit"` `value="Explain"><br>`

58 <br>

`59`	`Explanation:<br>`

`60`	`<script` `type="text/javascript">`

`61`	`for(var i = 0; i <` `lstFlags.length; i++) {`

`62`	`document.write("<input` `type=checkbox` `name=cb" + i + "` `id='cb" + i + "'onclick='checkboxClicked();'>   " +lstFlags[i][0] + "</input><br>");`

63 }

64 </script><input type="checkbox" name="cb0" id="cb0"onclick="checkboxClicked();"> read paired<br><input type="checkbox"name="cb1" id="cb1" onclick="checkboxClicked();"> read mapped in proper pair<br><input type="checkbox" name="cb2" id="cb2"onclick="checkboxClicked();"> read unmapped<br><input type="checkbox"name="cb3" id="cb3" onclick="checkboxClicked();"> mate unmapped<br><input type="checkbox" name="cb4" id="cb4" onclick="checkboxClicked();"> read reverse strand<br><input type="checkbox" name="cb5" id="cb5"onclick="checkboxClicked();"> mate reverse strand<br><inputtype="checkbox" name="cb6" id="cb6" onclick="checkboxClicked();"> first in pair<br><input type="checkbox" name="cb7" id="cb7"onclick="checkboxClicked();"> second in pair<br><input type="checkbox"name="cb8" id="cb8" onclick="checkboxClicked();"> not primary alignment<br><input type="checkbox" name="cb9" id="cb9"onclick="checkboxClicked();"> read fails platform/vendor quality checks<br><input type="checkbox" name="cb10" id="cb10"onclick="checkboxClicked();"> read is PCR or optical duplicate<br>

65 <br>

`66`	`Summary:<br>`

`67`	`<div` `id="summary">`

`68`	`</div></form></body></html>`

随机推荐

（转）找回Git中丢失的Commit
总结:更新代码前一定要先将本地修改的文件存到本地git仓库.今天脑残直接更新了远程仓库代码导入今天写的代码...... @[git|commit|reflog] 在使用Git的过程中,有时候会因为一些 ...
如何给Pycharm加上头行 # *_*coding:utf-8 *_*？
File>Setting>Editor>Code Style>File and Code Templates>Python Script 后面加上 # *_*codin ...
kvm日常管理
创建虚拟机快速启动虚拟机 [root@localhost ~]# yum install kvm libvirt python-virtinst qemu-kvm virt-viewer bridg ...
Hive的安装与配置
1.因为我使用MySQL做为Hive的元数据库,所以先安装MySQL. 参考:http://www.cnblogs.com/hunttown/p/5452205.html 登录命令:mysql -h主 ...
【剑指Offer学习】【面试题3 ：二维数组中的查找】
package 二维数组查找; public class Test03 { /** * 在一个二维数组中,每一行都按 package 二维数组查找; public class Test03 { /** ...
MYSQL主从不同步延迟原理分析及解决方案（摘自http://www.jb51.net/article/41545.htm）
1. MySQL数据库主从同步延迟原理.要说延时原理,得从mysql的数据库主从复制原理说起,mysql的主从复制都是单线程的操作,主库对所有DDL和DML产生binlog,binlog是顺序写,所 ...
WPF学习笔记-用Expression Design制作矢量图然后导出为XAML
WPF学习笔记-用Expression Design制作矢量图然后导出为XAML 第一次用Windows live writer写东西,感觉不错,哈哈~~ 1.在白纸上完全凭感觉,想象来画图难度很大, ...
http://ttaa.210997.com/恶意修改主页
嗯,,,,之前似乎写过关于篡改主页的文章. 但今天下了个游戏,然后不小心又出现了这个问题. 我先用原始的方式检测了一下(比如检索注册表之类的),但这个不奏效. 省略一些查看问题的方式. 最终得出:新的 ...
yii2关联查询两组一对一
public function getMember1(){ return $this->hasOne(Member::className(), ['wechat_id' => ...
hdu5195 二分+线段树+拓扑序
这题说的给了n个点m条边要求保证是一个有向无环图,可以删除至多k条边使得这个图的拓扑序的字典序最大,我们知道如果我们要排一个点的时候一定要考虑比他大的点是否可以.通过拆边马上拆出来,如果可以拆当然是拆 ...

推荐一个SAM文件中flag含义解释工具--转载

推荐一个SAM文件中flag含义解释工具--转载的更多相关文章

随机推荐

热门专题