SAM宏观生态学空间分析帮助文档

宏观生态学分析软件帮助文档：

引言：

该软件是由布鲁塞尔。。大学开发，目的是提供一个综合的空间分析计算平台，主要针对的是宏观生态学数据。该软件可以从网站。。。上自由获取，该软件的主要特征以及发表在2006年geb杂志上面以及在2010年的ecography杂志上面做了完善补充。此处的简短的指导目的是为了帮助你探索该软件。

萨姆软件有四个主要基础组件，包括文件、数据、结构和模型，每一个都由多个子功能和路径组成，关于这些细节，可以在www.ecoevol.ufg.br/sam.wiki上面找到，这个网站非常有用。下面要叙述的练习主要根据这些模块和子模块构成。萨姆软件逐渐在变大，因此无法使用单一的案例来演示所有功能，我们采用了多个联系来演示，你可以尝试使用你自己的数据进行操作

该说明文档的基本目标是利用一些案例使得学生可以探索萨姆软件的所有各个方面。这里的所有学习过程都可以使用你自己的数据进行，但为了教学目的，实际使用的是一些标准数据集。

该说明假设你已经在你电脑上成功下载并安装了最新的萨姆软件，而且对经典的统计方法有合理的理解，尤其是回归。如果你在操作的时候有问题，或者出错，请同作者联系以取得帮助。

DATA菜单

这部分包括几个子模块，主要是针对不同类型数据处理的，包括简单统计，制图，成图，转换，空间单元的连通性定义，GIS操作，数据降维的主成分分析。

构建萨姆数据库

萨姆4.0软件及之后的版本都支持构建生物地理数据库。构建此类数据库需要如下数据：

1）物种地理分布范围：应该是shp格式，可以是面或者点数据。我们将使用natureserve数据联系此部分内容，该数据集提供了免费的西半球的哺乳动物和鸟类的地理空间分布数，以及全球范围的两栖类分布数据。你可以在这个网站下载数据。

http://www.natureserve.org/conservation-tools/digital-distribution-maps-mammals-western-hemisphere

http://www.natureserve.org/conservation-tools/digital-distribution-maps-birds-western-hemisphere

http://www.natureserve.org/conservation-tools/digital-distribution-maps-worlds-amphibians

2）气候/环境数据：

此类数据应当是萨姆软件可以识别的栅格格式，如bil,bip,asc,xyz,txt等等。为了联系，我们使用worldclim的数据，这提供了最小、平均和最大的月温度和降水数据，以及海拔和其他生物气候数据，以及不同空间分辨率的数据。可以在这个网站下载

构建格网：

构建萨姆数据库的第一步是构建格网。格网就是一系列的空间矢量格网，需要覆盖你的全部研究区域。在大部分情况下，格网单元具有相似或相同的面积。

在萨姆软件中，找到菜单-）数据-）数据处理-）GIS格网-）创建格网。如果你正确安装了软件，那么你可以看到如下界面：

这个蓝色正方形区域是由坐标定义的区域（左：-20；下：-20；右：20；上：20）。这些数字都是经纬度值。这个矩形框就是你研究区的范围所在的矩形框。这些值都可以自由改动，因为数据是西半球的，你可以在西半球范围内任意改动这些值。注意，左边的要小于右边的，下面的要小于上面的。通过按住 shift 或者 ctrl 键的同时，点击并拖动鼠标左键你可以自定义矩形区域，萨姆也会告诉你当前绘制的区域的坐标值。

萨姆软件中的所有地图，你都可以使用滚轮来放大缩小你的地图，你也可以使用左键拖动地图。这些可以帮助你定义你的研究区域。

第二步就是定义你的格网分辨率。当前版本的萨姆还不支持建立等面积格网单元，只能建立等弧度格网。为此，这样得到的格网中，位于60度纬度上的格网的实际东西向长度仅有赤道上的一半。在分析时需要注意这点。这时可以定义此纬度上的格网边长为两个弧度。

先留下这个问题，看看其他的选择项目吧。点击创建格网按钮，你就可以得到一个如下的窗口。

萨姆软件此时已经建立了格网分布，但是有些格网上面没有物种分布数据，因此这样的格网需要被排除在外。