picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下:

Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101

解决办法:在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

可成功运行

Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法的更多相关文章

  1. 使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法:

     使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法: 1.错误详情: Excepti ...

  2. flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错:UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte解决方法

    flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错: UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 解决方法: 将 py文件和 ...

  3. 【pycharm】pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法

    pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法 解决方法: 在pycharm的安装目 ...

  4. mycat重启报错Failed to connect to the Wrapper at port解决方法

    报错信息 ERROR | wrapper | 2018/05/11 14:01:55 | Startup failed: Timed out waiting for a signal from the ...

  5. Python报错UnicodeDecodeError: ascii codec can t decode byte 0xe0 ...解决方法

    用命令(python setup.py install)安装webpy时候总是报错 在网上搜索到的解决方法如下: 1. 这是Python 2 mimetypes的bug 2. 需要将Python2.7 ...

  6. 启动tomcat时,报错:IOException while loading persisted sessions: java.io.EOFException解决方法

    报错原因:加载持久化session错误,tomcat加载时读取的文件是是*.ser,session序列化文件,文件的位置是tomcat\work\Catalina\localhost,找到sessio ...

  7. 编译lua5.3.2报错提示libreadline.so存在未定义的引用解决方法

    从官网上下载5.3.2的源码后,make linux进行编译,提示报错: gcc -std=gnu99 -o lua lua.o liblua.a -lm -Wl,-E -ldl -lreadline ...

  8. 安装SQl Server 报错 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 ServicePack 1" 解决方法

    前言 之前装Sql Server都没遇到过这样的问题, 昨天重装了系统之后, 然后安装SQl Server 报错,提示 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 Ser ...

  9. MFC项目中:报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点”解决方法

    编译的时候,报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点” 解决方案1: 右键->属性->链接器->高级->入口点,设置成:WinMainCRTStartu ...

随机推荐

  1. 基于C/S架构的3D对战网络游戏C++框架 _06搭建C/S架构的基本通信框架(尚未写完会重新编辑后再发出)

    本系列博客主要是以对战游戏为背景介绍3D对战网络游戏常用的开发技术以及C++高级编程技巧,有了这些知识,就可以开发出中小型游戏项目或3D工业仿真项目. 笔者将分为以下三个部分向大家介绍(每日更新): ...

  2. C#使用zxing,zbar,thoughtworkQRcode解析二维码,附源代码

    最近做项目需要解析二维码图片,找了一大圈,发现没有人去整理下开源的几个库案例,花了点时间 做了zxing,zbar和thoughtworkqrcode解析二维码案例,希望大家有帮助. zxing是谷歌 ...

  3. c++多重继承

    可以在子类中通过基类名访问函数 // oj4.cpp : Defines the entry point for the console application.// #include "s ...

  4. PHP 之道

    http://wulijun.github.io/php-the-right-way/

  5. BZOJ 后缀自动机四·重复旋律7

    后缀自动机四·重复旋律7 时间限制:15000ms 单点时限:3000ms 内存限制:512MB 描述 小Hi平时的一大兴趣爱好就是演奏钢琴.我们知道一段音乐旋律可以被表示为一段数构成的数列. 神奇的 ...

  6. codeforces754D Fedor and coupons

    本文版权归ljh2000和博客园共有,欢迎转载,但须保留此声明,并给出原文链接,谢谢合作. 本文作者:ljh2000 作者博客:http://www.cnblogs.com/ljh2000-jump/ ...

  7. 18. class

    Class 基本用法 class n { constructor(x,y) { this.x = x; this.y = y; console.log(x,y) } proint() { consol ...

  8. JSPatch 技术要点

    作者:干掉crash链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/21884786来源:知乎著作权归作者所有.商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处. 如果有方法不遵守语言 ...

  9. php获得远程信息到本地使用的3个函数:file_get_contents和curl函数和stream_get_contents

    1:file_get_contents echo file_get_contents("http://www.php.com/index.php");   2:curl funct ...

  10. [原创] C# dynamic拼接Json串

    using Newtonsoft.Json; 之前拼接两个json串,是用的这样的代码 , json1.Length - ); json2 = json2.Insert(json2 - , tmp); ...