picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下:

Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101

解决办法:在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

可成功运行

Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法的更多相关文章

  1. 使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法:

     使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法: 1.错误详情: Excepti ...

  2. flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错:UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte解决方法

    flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错: UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 解决方法: 将 py文件和 ...

  3. 【pycharm】pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法

    pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法 解决方法: 在pycharm的安装目 ...

  4. mycat重启报错Failed to connect to the Wrapper at port解决方法

    报错信息 ERROR | wrapper | 2018/05/11 14:01:55 | Startup failed: Timed out waiting for a signal from the ...

  5. Python报错UnicodeDecodeError: ascii codec can t decode byte 0xe0 ...解决方法

    用命令(python setup.py install)安装webpy时候总是报错 在网上搜索到的解决方法如下: 1. 这是Python 2 mimetypes的bug 2. 需要将Python2.7 ...

  6. 启动tomcat时,报错:IOException while loading persisted sessions: java.io.EOFException解决方法

    报错原因:加载持久化session错误,tomcat加载时读取的文件是是*.ser,session序列化文件,文件的位置是tomcat\work\Catalina\localhost,找到sessio ...

  7. 编译lua5.3.2报错提示libreadline.so存在未定义的引用解决方法

    从官网上下载5.3.2的源码后,make linux进行编译,提示报错: gcc -std=gnu99 -o lua lua.o liblua.a -lm -Wl,-E -ldl -lreadline ...

  8. 安装SQl Server 报错 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 ServicePack 1" 解决方法

    前言 之前装Sql Server都没遇到过这样的问题, 昨天重装了系统之后, 然后安装SQl Server 报错,提示 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 Ser ...

  9. MFC项目中:报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点”解决方法

    编译的时候,报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点” 解决方案1: 右键->属性->链接器->高级->入口点,设置成:WinMainCRTStartu ...

随机推荐

  1. 【JavaWeb学习】文件的上传和下载

    一.文件上传 1.1.概述 实现web开发中的文件上传功能,需完成如下二步操作: 在web页面中添加上传输入项 在servlet中读取上传文件的数据,并保存到本地硬盘中 如何在web页面中添加上传输入 ...

  2. 【WPF】WPF 布局

    1.window 类继承自 ContentControl 所以内部只能有一个元素2.遵循原则:            不应显示的设置元素(控件)尺寸,可以通过设置最大最小尺寸来限制大小         ...

  3. 在html中添加script脚本的方法和注意事项

    在html中添加script脚本有两种方法,直接将javascript代码添加到html中与添加外部js文件,这两种方法都比较常用,大家可以根据自己需要自由选择 在html中添加<script& ...

  4. 20170103简单解析MySQL查询优化器工作原理

    转自博客http://www.cnblogs.com/hellohell/p/5718238.html 感谢楼主的贡献 查询优化器的任务是发现执行SQL查询的最佳方案.大多数查询优化器,包括MySQL ...

  5. MVC项目中,如何访问Views目录下的静态文件!

    <!--注意,是system.webServer节点,而非system.web--><system.webServer> <handlers> <add na ...

  6. Xftp连接linux(ubuntu)时提示ssh服务器拒绝了密码,请再试一次

    用xftp root连接时显示ssh服务器拒绝了密码,请重新连接.由于sshd的设置不允许root用户用密码远程登录,修改/etc/ssh/sshd_config文件,但必须是安装了openssh才会 ...

  7. jQuery—常用操作

    一.jquery各版本变化 1.3:增加live(),为当前和将来增加的元素绑定事件 1.4:增加delegate().undelegate(),替代live(),可以遍历绑定 1.6:2个破坏性变更 ...

  8. ubuntu10.04配置XMAPP中的环境变量

    1. 显示环境变量:[root@localhost ~]# echo $PATH/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/lo ...

  9. MQTT开发笔记之《安全传输-自问自答》

    Mosquito使用SSL/TLS进行安全通信时的使用方法:http://www.it165.net/pro/html/201404/12615.htmljava版mosquitto客户端使用SSL功 ...

  10. ECC-Elliptic Curves Cryptography,椭圆曲线密码编码学

    ECC ECC-Elliptic Curves Cryptography,椭圆曲线密码编码学,是目前已知的公钥体制中,对每比特所提供加密强度最高的一种体制.在软件注册保护方面起到很大的作用,一般的序列 ...