picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下:

Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101

解决办法:在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

可成功运行

Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法的更多相关文章

  1. 使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法:

     使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法: 1.错误详情: Excepti ...

  2. flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错:UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte解决方法

    flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错: UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 解决方法: 将 py文件和 ...

  3. 【pycharm】pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法

    pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法 解决方法: 在pycharm的安装目 ...

  4. mycat重启报错Failed to connect to the Wrapper at port解决方法

    报错信息 ERROR | wrapper | 2018/05/11 14:01:55 | Startup failed: Timed out waiting for a signal from the ...

  5. Python报错UnicodeDecodeError: ascii codec can t decode byte 0xe0 ...解决方法

    用命令(python setup.py install)安装webpy时候总是报错 在网上搜索到的解决方法如下: 1. 这是Python 2 mimetypes的bug 2. 需要将Python2.7 ...

  6. 启动tomcat时,报错:IOException while loading persisted sessions: java.io.EOFException解决方法

    报错原因:加载持久化session错误,tomcat加载时读取的文件是是*.ser,session序列化文件,文件的位置是tomcat\work\Catalina\localhost,找到sessio ...

  7. 编译lua5.3.2报错提示libreadline.so存在未定义的引用解决方法

    从官网上下载5.3.2的源码后,make linux进行编译,提示报错: gcc -std=gnu99 -o lua lua.o liblua.a -lm -Wl,-E -ldl -lreadline ...

  8. 安装SQl Server 报错 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 ServicePack 1" 解决方法

    前言 之前装Sql Server都没遇到过这样的问题, 昨天重装了系统之后, 然后安装SQl Server 报错,提示 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 Ser ...

  9. MFC项目中:报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点”解决方法

    编译的时候,报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点” 解决方案1: 右键->属性->链接器->高级->入口点,设置成:WinMainCRTStartu ...

随机推荐

  1. [LeetCode] Excel Sheet Column Number 求Excel表列序号

    Related to question Excel Sheet Column Title Given a column title as appear in an Excel sheet, retur ...

  2. solr.net的使用

    引子 最近在做一个日志系统,用普通关系型数据库做数据查询遇到了查询的瓶颈,想到了用成熟的搜索应用服务,我所知道的比较成熟的搜索应用服务有solr和es(elasticsearch),由于时间比较仓促, ...

  3. 一次基于etcd的分布式锁自动延时失败问题的排查

    今天在测试基于etcd的分布式锁过程中,在测试获取锁后,释放之前超出TTL时长的情况下自动延长TTL这部分功能,在延长指定key的TTL时总是返回404错误信息,在对目标KEY更新TTL时目标KEY已 ...

  4. C阅读与学习

    征服C指针 C语言接口与实现:创建可重用软件的技术

  5. mysql更新密码

    mysql -u root mysql> use mysql; mysql> UPDATE user SET Password = PASSWORD('newpass') WHERE us ...

  6. EntityFramework错误:Unable to update the EntitySet because it has a DefiningQuery

    错误截图: 解决方法: 在所操作的数据库表中添加一个主键即可解决此问题

  7. maven管理本地jar包注意事项

    今天lucene中集成第三方中文分词器IKAnalyzer的时候遇到了相似的问题:lucene版本4.9.IKAnalyzer版本2012FF_hf1 直接去maven仓库下载,pom配置如下: &l ...

  8. okhttp封装时,提示 cannot resolve method OkHttpClient setConnectTimeout() 函数

    如标题所示,okhttp封装时,提示 cannot resolve method  OkHttpClient setConnectTimeout() 函数,有遇到这样现象的朋友吗? 原因:因使用的是 ...

  9. vue.js开发环境搭建

    1.安装node.js(http://www.runoob.com/nodejs/nodejs-install-setup.html) 2.基于node.js,利用淘宝npm镜像安装相关依赖 在cmd ...

  10. UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode characters in position 820-823: ordinal not in range(128)

    真是奇怪了,在itermi里 print(data) 就能直接运行,而在sublime里,就非得写成这样 print(data.encode('utf-8'))