picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下:

Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101

解决办法:在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

可成功运行

Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法的更多相关文章

  1. 使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法:

     使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法: 1.错误详情: Excepti ...

  2. flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错:UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte解决方法

    flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错: UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 解决方法: 将 py文件和 ...

  3. 【pycharm】pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法

    pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法 解决方法: 在pycharm的安装目 ...

  4. mycat重启报错Failed to connect to the Wrapper at port解决方法

    报错信息 ERROR | wrapper | 2018/05/11 14:01:55 | Startup failed: Timed out waiting for a signal from the ...

  5. Python报错UnicodeDecodeError: ascii codec can t decode byte 0xe0 ...解决方法

    用命令(python setup.py install)安装webpy时候总是报错 在网上搜索到的解决方法如下: 1. 这是Python 2 mimetypes的bug 2. 需要将Python2.7 ...

  6. 启动tomcat时,报错:IOException while loading persisted sessions: java.io.EOFException解决方法

    报错原因:加载持久化session错误,tomcat加载时读取的文件是是*.ser,session序列化文件,文件的位置是tomcat\work\Catalina\localhost,找到sessio ...

  7. 编译lua5.3.2报错提示libreadline.so存在未定义的引用解决方法

    从官网上下载5.3.2的源码后,make linux进行编译,提示报错: gcc -std=gnu99 -o lua lua.o liblua.a -lm -Wl,-E -ldl -lreadline ...

  8. 安装SQl Server 报错 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 ServicePack 1" 解决方法

    前言 之前装Sql Server都没遇到过这样的问题, 昨天重装了系统之后, 然后安装SQl Server 报错,提示 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 Ser ...

  9. MFC项目中:报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点”解决方法

    编译的时候,报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点” 解决方案1: 右键->属性->链接器->高级->入口点,设置成:WinMainCRTStartu ...

随机推荐

  1. 分享“12306 P2P平台”创业Idea

      结合云平台抢票,社区,P2P等性质,实施供求抢票平台,能有效提高和整合抢票市场,抢票优势以杜绝黄牛,给散户提供更有利的抢票途径.本在11月计划实施,后去搞比特币,故分享摘要集思广益.     背景 ...

  2. WebApp 九宫格抽奖简易demo

    代码如下: <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="utf-8"> <met ...

  3. java 上传图片

    1.导入smartupload.jar包 ,添加uploadIMG.jsp,upfileIMG.jsp. 2.需要在项目下面建立一个保存文件的文件夹pic或者upload 3.在调用的地方调用子框架u ...

  4. 一些常用的git指令

    PyCharm编辑器 如何切换分支 git branch 查看当前在哪个分支,也会显示本地所有的分支名 git branch dev-chenqiao 新建分支 git checkout dev-ch ...

  5. python venv下安装mysql出错 解决方法

    1.首先使用exe文件安装python-mysql.链接: http://pan.baidu.com/s/1kVqILTX 密码: manj. 2.虚拟环境创建后,我们把已经在公共环境使用exe安装好 ...

  6. 使用stylelint对CSS/Sass做代码审查

    对样式审查?很少人会这么做吧,但实际上开发者应该有这样的态度,尤其是不同团队多人开发时,这一点尤为重要. 在本文中,我将陈述两点:一是为什么我们需要对样式进行审查,二是如何将审查工具融合到整体的构建流 ...

  7. C#的接口

    什么是接口?其实,接口简单理解就是一种约定,使得实现接口的类或结构在形式上保持一致.个人觉得,使用接口可以使程序更加清晰和条理化,这就是接口的好处,但并不是所有的编程语言都支持接口,C#是支持接口的. ...

  8. django models进行数据库增删查改

    在cmd 上运行 python manage.py shell   引入models的定义 from app.models import  myclass   ##先打这一行    ------这些是 ...

  9. iOS代码规范

    一.文档结构管理 1.建立Libraries文件夹,所有第三方库放入其中. 2.建立Utilities文件夹,自已封装的类放入其中. 3.建立Constants.h头文件,所有的常量定义于其中.Con ...

  10. 制作宅基腐主页 && 制作个人简历--材料:BootStrap

    宅基腐主页 主页分为四大板块:导航栏,轮播图,主页内容,相关信息. 导航栏:<nav>标签,class="navbar",navbar-inverse为反色,navba ...