picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下:

Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101

解决办法:在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

可成功运行

Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法的更多相关文章

  1. 使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法:

     使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法: 1.错误详情: Excepti ...

  2. flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错:UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte解决方法

    flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错: UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 解决方法: 将 py文件和 ...

  3. 【pycharm】pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法

    pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法 解决方法: 在pycharm的安装目 ...

  4. mycat重启报错Failed to connect to the Wrapper at port解决方法

    报错信息 ERROR | wrapper | 2018/05/11 14:01:55 | Startup failed: Timed out waiting for a signal from the ...

  5. Python报错UnicodeDecodeError: ascii codec can t decode byte 0xe0 ...解决方法

    用命令(python setup.py install)安装webpy时候总是报错 在网上搜索到的解决方法如下: 1. 这是Python 2 mimetypes的bug 2. 需要将Python2.7 ...

  6. 启动tomcat时,报错:IOException while loading persisted sessions: java.io.EOFException解决方法

    报错原因:加载持久化session错误,tomcat加载时读取的文件是是*.ser,session序列化文件,文件的位置是tomcat\work\Catalina\localhost,找到sessio ...

  7. 编译lua5.3.2报错提示libreadline.so存在未定义的引用解决方法

    从官网上下载5.3.2的源码后,make linux进行编译,提示报错: gcc -std=gnu99 -o lua lua.o liblua.a -lm -Wl,-E -ldl -lreadline ...

  8. 安装SQl Server 报错 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 ServicePack 1" 解决方法

    前言 之前装Sql Server都没遇到过这样的问题, 昨天重装了系统之后, 然后安装SQl Server 报错,提示 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 Ser ...

  9. MFC项目中:报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点”解决方法

    编译的时候,报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点” 解决方案1: 右键->属性->链接器->高级->入口点,设置成:WinMainCRTStartu ...

随机推荐

  1. SQLite3源程序分析之虚拟机

    前言 最早的虚拟机可追溯到IBM的VM/370,到上个世纪90年代,在计算机程序设计语言领域又出现一件革命性的事情——Java语言的出现,它与c++最大的不同在于它必须在Java虚拟机上运行.Java ...

  2. HashMap

    HashMap的定义 public class HashMap<K,V> extends AbstractMap<K,V> implements Map<K,V>, ...

  3. JNI开发的常见错误

    1. 写错了load的library java.lang.UnsatisfiedLinkError: Couldn't load hell0: findLibrary returned null 2. ...

  4. 在mysql 查询语句中将时间戳格式转化为年月日格式

    SELECT  FROM_UNIXTIME('时间戳的字段名称', '%Y-%m-%d %H:%i:%s')   FROM `表名` http://www.cnblogs.com/tdalcn/arc ...

  5. Twisted随笔

    学习了socket后决定尝试使用框架,目标锁定了Twisted. 什么是Twisted? twisted是一个用python语言写的事件驱动的网络框架,他支持很多种协议,包括UDP,TCP,TLS和其 ...

  6. 疯狂JAVA16课之对象与内存控制

    java内存管理分为两个方面:内存分配和内存回收.这里的内存分配特指创建java对象时JVM为该对象在对内存中所分配的内存空间.内存回收指的是当该java对象失去引用,变成垃圾时,JVM的垃圾回收机制 ...

  7. centos手动编译安装apache、php、mysql

    64位centos 5.5手动安装lamp,要求curl.json.pdo_mysql.gd,记录如下. centos 5.4.5.5.5.6的内核都是2.6.18,都可以安装php 5.3. 卸载旧 ...

  8. 关于SQL的相关笔记【长期更新,只发一帖】

    场景[1]多表联查时,主表与关联表同时与同一张(第三张表)有关联,类似三角恋关系- - 涉及表: HOUSE:记录了房屋信息 ROOMS:记录了房间信息 HOUSE_STATUS:记录了状态信息的中文 ...

  9. 接口测试 postman

    1.可以应用一些简单的测试点 2. api有多个域名,放进collection里面进行批量测试,点击左上角'runner'

  10. C3P0连接池配置和实现详解

    一.配置 <c3p0-config> <default-config> <!--当连接池中的连接耗尽的时候c3p0一次同时获取的连接数.Default: 3 --> ...