picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下:

Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101

解决办法:在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

可成功运行

Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法的更多相关文章

  1. 使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法:

     使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法: 1.错误详情: Excepti ...

  2. flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错:UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte解决方法

    flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错: UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 解决方法: 将 py文件和 ...

  3. 【pycharm】pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法

    pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法 解决方法: 在pycharm的安装目 ...

  4. mycat重启报错Failed to connect to the Wrapper at port解决方法

    报错信息 ERROR | wrapper | 2018/05/11 14:01:55 | Startup failed: Timed out waiting for a signal from the ...

  5. Python报错UnicodeDecodeError: ascii codec can t decode byte 0xe0 ...解决方法

    用命令(python setup.py install)安装webpy时候总是报错 在网上搜索到的解决方法如下: 1. 这是Python 2 mimetypes的bug 2. 需要将Python2.7 ...

  6. 启动tomcat时,报错:IOException while loading persisted sessions: java.io.EOFException解决方法

    报错原因:加载持久化session错误,tomcat加载时读取的文件是是*.ser,session序列化文件,文件的位置是tomcat\work\Catalina\localhost,找到sessio ...

  7. 编译lua5.3.2报错提示libreadline.so存在未定义的引用解决方法

    从官网上下载5.3.2的源码后,make linux进行编译,提示报错: gcc -std=gnu99 -o lua lua.o liblua.a -lm -Wl,-E -ldl -lreadline ...

  8. 安装SQl Server 报错 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 ServicePack 1" 解决方法

    前言 之前装Sql Server都没遇到过这样的问题, 昨天重装了系统之后, 然后安装SQl Server 报错,提示 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 Ser ...

  9. MFC项目中:报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点”解决方法

    编译的时候,报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点” 解决方案1: 右键->属性->链接器->高级->入口点,设置成:WinMainCRTStartu ...

随机推荐

  1. 简单的浏览器调试——console命令

    一.显示信息 <script type="text/javascript"> console.log('hello'); console.info('信息'); con ...

  2. 设计模式之单例模式——Singleton

                        设计模式之单例模式--Singleton 设计意图: 保证类仅有一个实例,并且可以供应用程序全局使用.为了保证这一点,就需要这个类自己创建自己的对象,并且对外有 ...

  3. Redis的三种启动方式

    转载:http://www.tuicool.com/articles/aQbQ3u Part I. 直接启动 下载 官网下载 安装 tar zxvf redis-2.8.9.tar.gz cd red ...

  4. asp.net 正则获取url参数

    现在有一种场景:Url是数据库里面的,里面带有很多参数,如何获取具体参数的值呢? var uri = new Uri(pageUrl); var queryString = uri.Query; va ...

  5. bzoj 3506 && bzoj 1552 splay

    查最小值,删除,翻转... 显然splay啊... #include<iostream> #include<cstdio> #include<algorithm> ...

  6. 分布式开放消息系统(RocketMQ)的原理与实践

    分布式消息系统作为实现分布式系统可扩展.可伸缩性的关键组件,需要具有高吞吐量.高可用等特点.而谈到消息系统的设计,就回避不了两个问题: 消息的顺序问题 消息的重复问题 RocketMQ作为阿里开源的一 ...

  7. validate表单验证插件

    1.引入validate.js包 <script src="xx/xx/jquery.validate.min.js"></script> 2.表单验证 / ...

  8. redis中的跳跃表

    参考:http://www.leoox.com/?p=347

  9. jexus /Tinyfox Owin适配器

    public class Adapter { static Func<IDictionary<string, object>, Task> _owinApp; /// < ...

  10. Linux 下 查看以及修改文件权限

    查看权限 在终端输入: ls -l xxx.xxx (xxx.xxx是文件名) 那么就会出现相类似的信息,主要都是这些: -rw-rw-r-- 其中: 最前面那个 - 代表的是类型 中间那三个 rw- ...