picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下:

Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101

解决办法:在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

可成功运行

Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法的更多相关文章

  1. 使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法:

     使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法: 1.错误详情: Excepti ...

  2. flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错:UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte解决方法

    flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错: UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 解决方法: 将 py文件和 ...

  3. 【pycharm】pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法

    pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法 解决方法: 在pycharm的安装目 ...

  4. mycat重启报错Failed to connect to the Wrapper at port解决方法

    报错信息 ERROR | wrapper | 2018/05/11 14:01:55 | Startup failed: Timed out waiting for a signal from the ...

  5. Python报错UnicodeDecodeError: ascii codec can t decode byte 0xe0 ...解决方法

    用命令(python setup.py install)安装webpy时候总是报错 在网上搜索到的解决方法如下: 1. 这是Python 2 mimetypes的bug 2. 需要将Python2.7 ...

  6. 启动tomcat时,报错:IOException while loading persisted sessions: java.io.EOFException解决方法

    报错原因:加载持久化session错误,tomcat加载时读取的文件是是*.ser,session序列化文件,文件的位置是tomcat\work\Catalina\localhost,找到sessio ...

  7. 编译lua5.3.2报错提示libreadline.so存在未定义的引用解决方法

    从官网上下载5.3.2的源码后,make linux进行编译,提示报错: gcc -std=gnu99 -o lua lua.o liblua.a -lm -Wl,-E -ldl -lreadline ...

  8. 安装SQl Server 报错 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 ServicePack 1" 解决方法

    前言 之前装Sql Server都没遇到过这样的问题, 昨天重装了系统之后, 然后安装SQl Server 报错,提示 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 Ser ...

  9. MFC项目中:报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点”解决方法

    编译的时候,报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点” 解决方案1: 右键->属性->链接器->高级->入口点,设置成:WinMainCRTStartu ...

随机推荐

  1. 做中学(Learning by Doing)之背单词-扇贝网推荐

    做中学(Learning by Doing)之背单词-扇贝网推荐 看完杨贵福老师(博客,知乎专栏,豆瓣)的「继续背单词,8个月过去了」,我就有写这篇文章的冲动了,杨老师说: 有时候我会感觉非常后悔,如 ...

  2. 我们都是IT民工---------流浪人IDE开发札记

    你生命中的有些东西终究会失去,比如我住了6年的陈寨,这个聚集了郑州十几万IT民工的地方,说拆就拆了.再比如我玩了3年的坦克英雄,这个带给我太多快乐的游戏,说停就停了. 编程对我而言是种爱好,我上学6年 ...

  3. ping环回地址和ping主机地址的区别

    ping127.0.0.1和ping本机的过程是不一样的ip输出函数先检查地址是不是环回地址1.如果是环回地址 直接交给环回驱动程序处理 返回ip输入函数2.如果不是环回地址 检查是不是广播或者多播地 ...

  4. Linux的Shell

    Shell是命令行解释和执行器,是介于使用者和操作系统内核(Kernel)之间的一个接口: Bash (Bourne Again shell) 是Linux系统下经典的Shell;

  5. 研究Extension和Category的一个例子

    Category: 1. 无法添加实例变量 2.将类的实现分散到多个不同文件或多个不同框架中. Extension: 1. 可以添加实例变量 注: 如果Category的头文件中也使用Extensio ...

  6. mysql-You can’t specify target table for update in FROM clause错误

    mysql中You can't specify target table for update in FROM clause错误的意思是说,不能先select出同一表中的某些值,再update这个表( ...

  7. mvn-打jar运行包(含环境变量配置)

    前沿条件 maven下载:http://maven.apache.org/download.cgi 配置环境变量 MAVEN_HOME= D:\Softwares\apache-maven-3.2.2 ...

  8. SqlServer中使用正则表达式

    一.查看配置,如果‘show advanced options’,‘Ole Automation Procedures’,‘Ad Hoc Distributed Queries’的config_val ...

  9. Javascript两个感叹号的用法(!!)

    var foo; alert(!foo);//undefind情况下或者null,一个感叹号返回的是true; alert(!goo);//undefind情况下,一个感叹号返回的也是true; 但是 ...

  10. xshell有大量打印时,显示信息不全

    使用xshell远程登录ssh时,编译大型工程或在minicom打印嵌入式设备的信息,发现显示不全. 在网上搜索了一下也没有发现有解决办法. 经过实验发现 xshell terminal type设置 ...