转载:http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html

嵌合体序列:由来自两条或者多条模板链的序列组成,示意图如下:

在PCR反应中,在延伸阶段,由于不完全延伸,就会导致嵌合体序列的出现,以上图为例,

在扩增序列X的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分X序列延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为其相似序列Y的引物接着延伸,扩增就会形成X和Y的嵌合体序列;

在放一张具体一点的示意图,不完全延伸产生的序列作为下一轮PCR反应的产物,进行延伸

在PCR过程中,大概有1%的几率会出现嵌合体序列,所以在16S 扩增子测序的分析中,需要去除嵌合体序列

参考文章:http://drive5.com/usearch/manual/chimera_formation.html

24、嵌合体序列Chimeras的更多相关文章

  1. 扩增子分析解读4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表

    本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分 ...

  2. 利用USearch去除嵌合体(chimeras)

    嵌合体序列指在pcr过程中,两条不同的序列产生杂交扩增的序列,属于人工污染,在ITS和16S分析中,应该首先去除,USearch提供去除嵌合体的功能 usearch -uchime_ref reads ...

  3. 剑指 Offer 题目汇总索引

    剑指 Offer 总目录:(共50道大题) 1. 赋值运算符函数(或应说复制拷贝函数问题) 2. 实现 Singleton 模式 (C#) 3.二维数组中的查找 4.替换空格              ...

  4. Chap4: question: 19 - 28

    19. 二叉树的镜像(递归) 即:交换所有节点的左右子树.从下往上 或 从上往下 都可以. #include <iostream> #include <string> usin ...

  5. Python内置函数详解——总结篇

    2个多月来,将3.5版本中的68个内置函数,按顺序逐个进行了自认为详细的解析,现在是时候进行个总结了.为了方便记忆,将这些内置函数进行了如下分类:     数学运算(7个)     类型转换(24个) ...

  6. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  7. OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元

    转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1.OTU是什么? OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元.通过一定的距离度量方 ...

  8. Iso-seq 必备基础

    Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名:是利用三代测序长读长的特点,不打断转录本,直接测序,从而得到全长转录 ...

  9. 5.python内置函数详解

    内置函数 声明,转载至这位大哥,感谢之至 http://blog.csdn.net/oaa608868/article/details/53506188 关于分类 数学运算(7个) 类型转换(24个) ...

随机推荐

  1. 字典树 HDU 1075 What Are You Talking About

    http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1075 ;}

  2. 剑指offer之 栈的压入、弹出序列

    题目描述:输入两个整数序列,第一个序列表示栈的压入顺序,请判断第二个序列是否为该栈的弹出序列.假设压入栈的所有数字均不相等.例如序列1/2/3/4/5是某栈的压栈序列,序列4/5/3/2/1是该压栈序 ...

  3. Oracle可能会遇到问题和解决方法

    1.plsql developer查询一列用中文,出现乱码 添加环境变量NLS_LANG = SIMPLIFIED CHINESE_CHINA.ZHS16GBK->软件重启 2.ORA-1251 ...

  4. oracle 从select的结果update其他表

    update a set a.id=(selelct b.id from temp b where b.line = a.line)  where a.line = (select line from ...

  5. requests获取响应时间(elapsed)与超时(timeout)

    前言 requests发请求时,接口的响应时间,也是我们需要关注的一个点,如果响应时间太长,也是不合理的.如果服务端没及时响应,也不能一直等着,可以设置一个timeout超时的时间 关于request ...

  6. DoTween插件

    doteeen(hotween第二个版本) hotween leantween gokit itween(多个相同动画类型的插件):性能最高的是dotween 引用命名空间:using DG.Twee ...

  7. 分享知识-快乐自己:快速理解(Java内部类)

    1):成员内部类 什么是内部类?: 内部类就是在一个类中定义另一个类. 定义语法: 使用命令行查看编译 产生的文件: 如何生成内部类对象? 创建规则:内部类对象 需要先声明外部类对象. 内部类以及外部 ...

  8. 7 Python 数据类型—列表

    列表(list)是Python以及其他语言中最常用到的数据结构之一.Python使用使用中括号 [ ] 来解析列表 序列是Python中最基本的数据结构.序列中的每个元素都分配一个数字 - 它的位置, ...

  9. 关于c++中命名空间namespace

    一.定义命名空间: 步骤一:在.h文件中:namespace  ns{.......}//将定义的类和全局变量,全局函数写入花括号内. 步骤二:在.cpp文件中: using namespace ns ...

  10. codeforces 622B B. The Time

    B. The Time time limit per test 1 second memory limit per test 256 megabytes input standard input ou ...