转载:http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html

嵌合体序列:由来自两条或者多条模板链的序列组成,示意图如下:

在PCR反应中,在延伸阶段,由于不完全延伸,就会导致嵌合体序列的出现,以上图为例,

在扩增序列X的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分X序列延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为其相似序列Y的引物接着延伸,扩增就会形成X和Y的嵌合体序列;

在放一张具体一点的示意图,不完全延伸产生的序列作为下一轮PCR反应的产物,进行延伸

在PCR过程中,大概有1%的几率会出现嵌合体序列,所以在16S 扩增子测序的分析中,需要去除嵌合体序列

参考文章:http://drive5.com/usearch/manual/chimera_formation.html

24、嵌合体序列Chimeras的更多相关文章

  1. 扩增子分析解读4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表

    本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分 ...

  2. 利用USearch去除嵌合体(chimeras)

    嵌合体序列指在pcr过程中,两条不同的序列产生杂交扩增的序列,属于人工污染,在ITS和16S分析中,应该首先去除,USearch提供去除嵌合体的功能 usearch -uchime_ref reads ...

  3. 剑指 Offer 题目汇总索引

    剑指 Offer 总目录:(共50道大题) 1. 赋值运算符函数(或应说复制拷贝函数问题) 2. 实现 Singleton 模式 (C#) 3.二维数组中的查找 4.替换空格              ...

  4. Chap4: question: 19 - 28

    19. 二叉树的镜像(递归) 即:交换所有节点的左右子树.从下往上 或 从上往下 都可以. #include <iostream> #include <string> usin ...

  5. Python内置函数详解——总结篇

    2个多月来,将3.5版本中的68个内置函数,按顺序逐个进行了自认为详细的解析,现在是时候进行个总结了.为了方便记忆,将这些内置函数进行了如下分类:     数学运算(7个)     类型转换(24个) ...

  6. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  7. OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元

    转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1.OTU是什么? OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元.通过一定的距离度量方 ...

  8. Iso-seq 必备基础

    Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名:是利用三代测序长读长的特点,不打断转录本,直接测序,从而得到全长转录 ...

  9. 5.python内置函数详解

    内置函数 声明,转载至这位大哥,感谢之至 http://blog.csdn.net/oaa608868/article/details/53506188 关于分类 数学运算(7个) 类型转换(24个) ...

随机推荐

  1. 事件监听机制——鼠标事件MouseEvent

    鼠标事件 鼠标事件包括鼠标的双击.左击.右击.中间键等等,本文进行事件加载进行简单介绍,具体可以参考键盘事件. import java.awt.*; import java.awt.event.*; ...

  2. python 3 mysql 索引原理与慢查询优化

    python 3 mysql 索引原理与慢查询优化 一 介绍 为何要有索引? 一般的应用系统,读写比例在10:1左右,而且插入操作和一般的更新操作很少出现性能问题,在生产环境中,我们遇到最多的,也是最 ...

  3. [算法]数组的partition调整

    题目一: 给定一个有序数组arr,调整arr使得这个数组的左半部分没有重复部分且升序,而不用保证右部分是否有序. 例如:arr=[1,2,2,2,3,3,4,5,6,6,7,7,8,8,9,9],调整 ...

  4. Docker-使用Dockerfile创建镜像

    Dockerfile是一个文本格式的配置文件,用户可以使用Docker来快速创建自定义的镜像 基本结构 Dockerfile由一行行命令语句组成,并且支持以#开头的注释行 一般而言,Dockerfil ...

  5. 3.微信小程序-B站:wxml和wxss文件

    WXML WXML(WeiXin Markup Language)是微信的一套标签语言,结合基础组件.事件系统,可以构建出页面的结构. (小安娜:好像很厉害的样子,那基础组件.事件系统是什么?感觉更厉 ...

  6. 更改ubuntu主机名称

    vim /etc/hostname 将root更改为admin vim /etc/passwd

  7. Sqoop- sqoop将mysql数据表导入到hive报错

    sqoop将mysql数据表导入到hive报错 [root@ip---- lib]# sqoop import --connect jdbc:mysql://54.223.175.12:3308/gx ...

  8. BEC listen and translation exercise 40

    However, recently there's been more and more interest in the development of ostrich farming in other ...

  9. HNOI2008玩具装箱 斜率优化

    题目描述 P教授要去看奥运,但是他舍不下他的玩具,于是他决定把所有的玩具运到北京.他使用自己的压缩器进行压缩,其可以将任意物品变成一堆,再放到一种特殊的一维容器中.P教授有编号为1...N的N件玩具, ...

  10. 树套树Day2

    滚回来更新,,, 在Day1我们学了最基本的线段树套平衡树 Day2开始我们要学习一些黑科技 (所以很大概率会出现Day3 w 1.线段树上的黑科技 这一段我们分几项来讲 1.权值线段树 权值线段树以 ...