24、嵌合体序列Chimeras
转载:http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html
嵌合体序列:由来自两条或者多条模板链的序列组成,示意图如下:

在PCR反应中,在延伸阶段,由于不完全延伸,就会导致嵌合体序列的出现,以上图为例,
在扩增序列X的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分X序列延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为其相似序列Y的引物接着延伸,扩增就会形成X和Y的嵌合体序列;
在放一张具体一点的示意图,不完全延伸产生的序列作为下一轮PCR反应的产物,进行延伸

在PCR过程中,大概有1%的几率会出现嵌合体序列,所以在16S 扩增子测序的分析中,需要去除嵌合体序列
参考文章:http://drive5.com/usearch/manual/chimera_formation.html
24、嵌合体序列Chimeras的更多相关文章
- 扩增子分析解读4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表
本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分 ...
- 利用USearch去除嵌合体(chimeras)
嵌合体序列指在pcr过程中,两条不同的序列产生杂交扩增的序列,属于人工污染,在ITS和16S分析中,应该首先去除,USearch提供去除嵌合体的功能 usearch -uchime_ref reads ...
- 剑指 Offer 题目汇总索引
剑指 Offer 总目录:(共50道大题) 1. 赋值运算符函数(或应说复制拷贝函数问题) 2. 实现 Singleton 模式 (C#) 3.二维数组中的查找 4.替换空格 ...
- Chap4: question: 19 - 28
19. 二叉树的镜像(递归) 即:交换所有节点的左右子树.从下往上 或 从上往下 都可以. #include <iostream> #include <string> usin ...
- Python内置函数详解——总结篇
2个多月来,将3.5版本中的68个内置函数,按顺序逐个进行了自认为详细的解析,现在是时候进行个总结了.为了方便记忆,将这些内置函数进行了如下分类: 数学运算(7个) 类型转换(24个) ...
- SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理
[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...
- OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元
转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1.OTU是什么? OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元.通过一定的距离度量方 ...
- Iso-seq 必备基础
Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名:是利用三代测序长读长的特点,不打断转录本,直接测序,从而得到全长转录 ...
- 5.python内置函数详解
内置函数 声明,转载至这位大哥,感谢之至 http://blog.csdn.net/oaa608868/article/details/53506188 关于分类 数学运算(7个) 类型转换(24个) ...
随机推荐
- [原创]java WEB学习笔记01:javaWeb之tomcat的安装和配置
本博客为原创:综合 尚硅谷(http://www.atguigu.com)的系统教程(深表感谢)和 网络上的现有资源(博客,文档,图书等),资源的出处我会标明 本博客的目的:①总结自己的学习过程,相当 ...
- 广义表(C++实现)
广义表是非线性结构,其定义是递归的. 以下给出几种简单的广义表模型: 由上图我们可以看到,广义表的节点类型无非head.value.sub三种,这里设置枚举类型,利用枚举变量来记录每个节点的类型: e ...
- UIView的概念与使用
什么是UIView UIView可以称之为控件/视图 屏幕上所有能看到的东西都是UIView 按钮(UIButton).文本(UILabel)都是控件 控件都有一些共同的属性 -- 尺寸 -- 位置 ...
- MSSQL遇到以零作除数错误的处理方法
在sql server中做除法处理的时候,我们经常需要处理除数为零的情况,因为如果遇到这种情况的时候,sqlserver会抛出遇到以零作除数错误的异常,我们总不希望把这个异常显示给用户吧. 做个会报这 ...
- Ubuntu application
inkscape 矢量画图 gimp 类PS gpick 抓色工具 kdenlive 视频编辑 blender 3D Tweaks 外观设置 Krita 绘画工具 Fontforge 字体制作工具 B ...
- 使用ajax与iframe嵌套实现页面局部刷新
使用ajax与iframe嵌套实现页面局部刷新.该javascript代码仅供参考,需按自己需要修改.1. [代码]javascript代码 function cj_start(depname,gr ...
- BZOJ 1096 [ZJOI2007]仓库建设:斜率优化dp
题目链接:http://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=1096 题意: 有n个工厂,从左往右排成一排,分别编号1到n. 每个工厂里有p[i]件产品, ...
- python习题-替换敏感词
#3.有一个文件,里面有一些敏感词汇,如下,如果输入这些词,就用**代替,#然后输出,例如输入今天没吃饭,碰到一个傻逼,原来那个sb是小明.输出今天没吃饭,碰到一个**,原来那个**是小明.#需求分析 ...
- Git_学习_01_ 常用 Git 命令清单
我每天使用 Git ,但是很多命令记不住. 一般来说,日常使用只要记住下图6个命令,就可以了.但是熟练使用,恐怕要记住60-100个命令. 下面是我整理的常用 Git 命令清单.几个专用名词的译名如下 ...
- QToolBox
QToolBox类似与以前qq好友分组的那种控件.每个分组是一个Item. 一.添加分组: 其中每个分组是通过一下函数添加的: int addItem(QWidget * w, const QIcon ...