Linux 命令速查

学生信，Linux是最最基本的技能，要尽量将自己的工作平台转移到Linux，编程写脚本，这样会极大的提升工作效率，找工作时也不会太怂。Linux所有的任务都是通过命令来完成的，具有高度的统一性。Linux命令多，不可能都会，根据具体需求掌握部分即可。

索引

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目录文件管理：pwd/tree/ls/cd/touch/mv/rm/unlink/cp/mkdir/rmdir/

文本操作：less/cat/more/head/tail/ – vi/nano/sed/emacs/ – cut/paste/join/sort/uniq/diff/cmp/nl

文件分隔合并：grep/split/printf/wc/uniq/paste/sort/join

查找：find/grep/wc – which/whereis/locate/

传输：wget/ssh/scp/curl/ftp/lftp/mysql/

系统：top/ps/kill/df/free/qsub/qdel/qstat

权限：chmod/chown/chgrp/file/stat

打包压缩解压：tar/gzip/bzip2

其他：ln/ssh/alias/date/cal/sleep/clear/who/whatis/man/echo/history/nohup/xargs

awk

重定向

管道

多种方法连接Linux（Xshell、putty、VNC）和Windows

shell脚本

PATH环境变量设置

软件安装

软件版本管理，编程环境管理，模块管理

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vi配置

几乎所有的程序和脚本都是在vi下编写的，因此配置好vi将会大大的提高编程效率，也可以看出一个程序员的专业性。

首先就是要显示行号，便于调试时错误定位，临时的在vi下输入：nu；或将set nu写入本地vi配置文件；root用户可以修改/etc/vim/配置

vi ~/.vimrc
> set nu

我选择了github上热门的配置：The Ultimate vimrc

vi常用命令

awk

qstat -u zxli | awk '{if($10=="Q") print $1}' | xargs qdel

awk '{arr[$1]}END{for(key in arr){print key}}' > $read_names

sort和uniq

sort -u和uniq都可以去重,但应用的情况不同,其实sort -u等价于sort | uniq。

uniq只能对连续的重复归一，sort -u就是排序后归一去重。

参考：生信分析人员如何系统入门linux？