Allen基因图谱：python Aabgen的安装

1. abagen 使用教程的官方链接：abagen: A toolbox for the Allen Brain Atlas genetics data — abagen 0.1.3-doc+0.g2aeab5b.dirty documentation

2. 在安装abagen之前先提前安装好一下的包

window系统操作步骤：
（1）安装好python（假如安装在E盘, E:\python\）

（2）win+R打开任务管理器，输入cmd进入终端

（3）定位到python的”Scripts“文件路径：首先在终端输入E:，然后回车，接着输入 cd E:\python\Scripts （后续使用pip命令安装时都需要先cd到这个路径下）

（4）使用pip install命令一次将以上的包安装好：在终端输入： pip install numpy ,安装成功后继续安装下一个，pip nibabel，依次类推......

链接：abagen: A toolbox for the Allen Brain Atlas genetics data — abagen 0.1.4+15.gdc4a007.dirty documentation

（5）额外下载另一个包setuptools，后续安装abagen需要，终端输入命令：pip install setuptools

（6）进入GitHub链接，下载最新的abagen包（虽然也可以通过命令 pip install abagen下载，但是这种方法下载的abagen有时候可能不是最新的，在后续使用的时候会遇到一些bug，所以最好还是通过GitHub下载，一劳永逸）

GitHub 链接：GitHub - rmarkello/abagen: A toolbox for working with Allen Human Brain Atlas microarray expression data

（如果GitHub链接失效，也可以直接浏览器搜索页面搜索： GitHub abagen）

（7）下载文件压缩包并解压（假设解压在这个路径下 E:\abagen-main）

（8）再次进入终端，定位到上面解压文件的路径（即定位到有setup.py这个文件的路径下）：第一步终端输入E:；回车接着输入cd E:\software\abagen-main

（9）安装abagen，输入以下命令：python setup.py install

大功告成！