jar包就是别人已经写好的一些类,然后将这些类进行打包,你可以将这些jar包引入你的项目中,然后就可以直接使用这些jar包中的类和属性了,这些jar包一般都会放在lib目录下。  
war是一个web模块,其中需要包括WEB-INF,是可以直接运行的WEB模块。而jar一般只是包括一些class文件,在声明了Main_class之后是可以用java命令运行的。 
它们都是压缩的包,拿Tomcat来说,将war文件包放置它的\webapps\目录下,启动Tomcat,这个包可以自动进行解压,也就是你的web目录,相当于发布了。   war包:是做好一个web应用后,通常是网站,打成包部署到容器中。 jar包:通常是开发时要引用通用类,打成包便于存放管理。 ear包:企业级应用,通常是EJB打成ear包。 
所有的包都是用jar打的,只不过目标文件的扩展名不一样。 
WAR是Sun提出的一种Web应用程序格式,与JAR类似,也是许多文件的一个压缩包。这个包中的文件按一定目录结构来组织:通常其根目录下包含有Html和Jsp文件或者包含这两种文件的目录,另外还会有一个WEB-INF目录,这个目录很重要。通常在WEB-INF目录下有一个web.xml文件和一个classes目录,web.xml是这个应用的配置文件,而classes目录下则包含编译好的Servlet类和Jsp或Servlet所依赖的其它类(如JavaBean)。通常这些所依赖的类也可以打包成JAR放到WEB-INF下的lib目录下,当然也可以放到系统的CLASSPATH中,但那样移植和管理起来不方便。

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