GWAS分析结果中pvalue/p.ajust为0时如何处理？

在GWAS分析的结果中，偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点，这时如果直接做曼哈顿或QQ图，会出错，因为log0无意义。

此时，该如何处理？

如果你用的是Plink1.9来做的GWAS，可加一个参数：

--output-min-p 1e-99，即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99，0也不例外。

如果你用的是其他软件，手动将结果改动。可先用NA填充，再以最小值或更小值替换，如：

  dat[dat==0] <- NA
  dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.rm = T)*0.01

为何会出现pvalue为0的时候？好好想想。。。

https://www.biostars.org/p/145607/