GWAS分析结果中pvalue/p.ajust为0时如何处理？
在GWAS分析的结果中，偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点，这时如果直接做曼哈顿或QQ图，会出错，因为log0无意义。
此时，该如何处理？
如果你用的是Plink1.9来做的GWAS，可加一个参数：
--output-min-p 1e-99，即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99，0也不例外。
如果你用的是其他软件，手动将结果改动。可先用NA填充，再以最小值或更小值替换，如：
dat[dat==0] <- NA
dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.rm = T)*0.01
为何会出现pvalue为0的时候？好好想想。。。
GWAS分析结果中pvalue/p.ajust为0时如何处理？的更多相关文章
- 【豆科基因组】大豆适应性位点GWAS分析 [转载]
目录 材料与方法 结果分析 本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE,PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群,这些亚群表现出地理上的遗 ...
- 【Win 10 应用开发】分析 URI 中的查询字符串
分析URI中的字符有K种方法(K >= 2),如果查询字符串中的参数比较简单,可以通过子字符串查找的方式来处理:如果查询字符串相对复杂,你可以使用正则表达式来匹配 key1=value1 , ...
- [转]DllMain中不当操作导致死锁问题的分析——DllMain中要谨慎写代码（完结篇）
在CSDN中发现这篇文章,讲解的比较详细,所以在这里备份一个.原文链接:http://blog.csdn.net/breaksoftware/article/details/8167641 DllMa ...
- 一个使用C#的TPL Dataflow Library的例子：分析文本文件中词频
博客搬到了fresky.github.io - Dawei XU,请各位看官挪步.最新的一篇是:一个使用C#的TPL Dataflow Library的例子:分析文本文件中词频.
- 在js中做数字字符串加0补位,效率分析
分类: Jquery/YUI/ExtJs 2010-08-30 11:27 2700人阅读 评论(0) 收藏 举报 functiondate算法语言c 通常遇到的一个问题是日期的“1976-02-03 ...
- 从虚拟机指令执行的角度分析JAVA中多态的实现原理
从虚拟机指令执行的角度分析JAVA中多态的实现原理 前几天突然被一个"家伙"问了几个问题,其中一个是:JAVA中的多态的实现原理是什么? 我一想,这肯定不是从语法的角度来阐释多态吧 ...
- Linux的nmon监控结果分析文件中网络分析NET
1.首先,使用# ifconfig查看Linux系统中的网卡名称,有的是eth0,有的是em1,以查看结果为准,下图为em1 2.先试试Linux系统中有没有安装ethtool工具,没有的话,下载et ...
- 【Java入门提高篇】Day23 Java容器类详解（六）HashMap源码分析（中）
上一篇中对HashMap中的基本内容做了详细的介绍,解析了其中的get和put方法,想必大家对于HashMap也有了更好的认识,本篇将从了算法的角度,来分析HashMap中的那些函数. HashCod ...
- 数据库表设计时一对一关系存在的必要性 数据库一对一、一对多、多对多设计 面试逻辑题3.31 sql server 查询某个表被哪些存储过程调用 DataTable根据字段去重 .Net Core Cors中间件解析 分析MySQL中哪些情况下数据库索引会失效
数据库表设计时一对一关系存在的必要性 2017年07月24日 10:01:07 阅读数:694 在表设计过程中,我无意中觉得一对一关系觉得好没道理,直接放到一张表中不就可以了吗?真是说,网上信息什么都 ...
随机推荐
- ffmpeg剪视频
ffmpeg裁剪合并视频 ffmpeg提供简单的命令参数: ffmpeg -ss START -t DURATION -i INPUT -vcodec copy -acodec copy OUTP ...
- logstash的安装和简单使用
logstash的安装和简单使用 一.安装 1.下载并解压 2.logstash 一些命令行参数 1.查看帮助信息 2.加载指定pipeline文件路径 3.检测配置文件语法是否有错误 4.热加载pi ...
- python redis自带门神 lock 方法
redis 支持的数据结构比较丰富,自制一个锁也很方便,所以极少提到其原生锁的方法.但是在单机版redis的使用时,自带锁的使用还是非常方便的.自己有车还打啥滴滴顺风车是吧,本篇主要介绍redis-p ...
- Noip模拟21（持续翻车）2021.7.20
读题总是读错是不是没救了... T1 Median 中位数:按顺序排列的一组数据中居于中间位置的数. 能用上的高亮符号都用上了... 当时忘了就离谱.... 理解什么是中位数(真是个憨憨)后就可以开始 ...
- STM32单片机的学习方法（方法大体适用所有开发版入门）
1,一款实用的开发板. 这个是实验的基础,有时候软件仿真通过了,在板上并不一定能跑起来,而且有个开发板在手,什么东西都可以直观的看到,效果不是仿真能比的.但开发板不宜多,多了的话连自己都不知道该学哪个 ...
- cf13A Numbers（，，）
题意: Little Petya likes numbers a lot. He found that number 123 in base 16 consists of two digits: th ...
- loto仪器_如何模拟输出凸轮轴和曲轴波形_用任意波形信号源SIG852？
loto仪器_如何模拟输出凸轮轴和曲轴波形_用任意波形信号源SIG852? 在汽车传感器的波形检测应用中,有时候需要模拟各种汽车传感器的输出信号,用来驱动和监测对应的执行机构或者电路是否正常,这其中, ...
- Redis源码分析（skiplist）
源码版本: redis-4.0.1 源码位置: server.h :zskiplistNode和zskiplist的数据结构定义. t_zset.c: 以zsl开头的函数是SkipList相关的操作函 ...
- kafaka高效吞吐量-生产端，服务端，消费端
零拷贝:sendfile 生产端 生产端:消息压缩,缓存批量发送,异步解耦 多线程并发:防止某一个业务阻塞等待 接收消息缓存 BufferPool设计:不释放 服务端 Reactor模型,顺序写,页缓 ...
- LeetCode 重排链表 OPPO笔试
重排链表 几个关键点: 1. 双指针(快慢指针找中点)(用于反转后一部分) 2. 反转后一部分 (reverse函数) 3. 合并链表 合并的时候在笔试的时候想了一种比我之前想的简单的方法 从slow ...