使用 awk

awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' XXX.fastq > XXX.fasta

fastq 转换为 fasta的更多相关文章

  1. C语言 fastq文件转换为fasta文件2

    修改可读取压缩格式文件 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #in ...

  2. C语言 fastq文件转换为fasta文件

    目前只能处理短序列,若要处理长序列,可按照https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/13036039.html的读取方法. 1 #include <stdio.h> ...

  3. FASTQ format

    FASTQ format 每个FASTQ文件中每个序列通常有四行信息: 1: 以 '@' 字符开头,后面紧接着的是序列标识符和可选字段的描述(类似FASTA title line). 2: 序列 3: ...

  4. shell关于文件操作

    一.如何将一个十进制的整数用2进制表示出来? echo "obase=2;50" | bc 二.Linux下经常需要删除空白行,grep,sed,awk,tr等工具均可实现 gre ...

  5. fasta/fastq格式解读

    1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...

  6. fastx tookit 操作fasta/fastq 文件 (1)

    准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA + ...

  7. FASTQ格式

    FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sange ...

  8. fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并

    格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...

  9. Quality assessment and quality control of NGS data

    http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...

随机推荐

  1. 2019 迅雷java面试笔试题 (含面试题解析)

    本人3年开发经验.18年年底开始跑路找工作,在互联网寒冬下成功拿到阿里巴巴.今日头条.迅雷等公司offer,岗位是Java后端开发,最终选择去了迅雷. 面试了很多家公司,感觉大部分公司考察的点都差不多 ...

  2. Java之路---Day03

    2019-10-17-21:18:33 方法 定义格式: public static void 方法名称() { 方法体 } 完整格式: 修饰符  返回值类型  方法名称(参数类型  参数名称,... ...

  3. 2019-07-25 PDO

    PDO是什么? pdo是php数据对象,即php data object .使用pdo是为了让我们能够使用相同的代码连接不同的数据库.PDO扩展是以面向对象的方式来进行封装,也就是说,我们的PDO扩展 ...

  4. requirejs:模块加载(require)及定义(define)时的路径理解

    给新来的实习生普及下JS基本知识,看到比较好的文章 转载https://blog.csdn.net/xuxiaoping1989/article/details/52384778 接触过require ...

  5. CSS揭秘(引言)

    1.标准的制定过程 a 人员结构:W3C会员公司的成员.特邀专家.W3C工作人员 b 尽管“CSS3”非常流行,但它实际上并没有在任何规范中定义过.它实际上是指一个非正式的集合,包括CSS规范第三版再 ...

  6. float与position间的区别

    float与position间的区别:    个人理解为:脱离文档流不一定脱离文本流:但脱离文本流,则也脱离文档流.[如有更好的理解还望评论区一起探讨,共同学习进步]一.float 浮动(脱离文档流, ...

  7. 微信小程序下拉框组件

    >>下拉组件 1.组件结构: 2.index.js: //index.js Component({ /** * 组件的属性列表 */ properties: { propArray: { ...

  8. js 获取 对象 属性名称(转载)

    来源:https://www.cnblogs.com/YuyuanNo1/p/9257634.html dataObj = {name : su,age : 26,height : 18cm }; f ...

  9. Python_正则表达式语法

    1.正则表达式中的操作符: 2.re库的使用: import re #search方法要求只要待匹配的字符串中包含正则表达式中的字符串就可以 match = re.search('python+',' ...

  10. Linux之RHEL7root密码破解(三)

    Linux系列root密码破解第三种方式,利用修改boot分区里的开机启动顺序来修改密码,即我们进入BIOS,修改boot启动顺序为CD-ROM: 接下来按F10保存退出 选择Troubleshoot ...