fastq 转换为 fasta
使用 awk
awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' XXX.fastq > XXX.fasta
fastq 转换为 fasta的更多相关文章
- C语言 fastq文件转换为fasta文件2
		
修改可读取压缩格式文件 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #in ...
 - C语言 fastq文件转换为fasta文件
		
目前只能处理短序列,若要处理长序列,可按照https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/13036039.html的读取方法. 1 #include <stdio.h> ...
 - FASTQ format
		
FASTQ format 每个FASTQ文件中每个序列通常有四行信息: 1: 以 '@' 字符开头,后面紧接着的是序列标识符和可选字段的描述(类似FASTA title line). 2: 序列 3: ...
 - shell关于文件操作
		
一.如何将一个十进制的整数用2进制表示出来? echo "obase=2;50" | bc 二.Linux下经常需要删除空白行,grep,sed,awk,tr等工具均可实现 gre ...
 - fasta/fastq格式解读
		
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...
 - fastx tookit 操作fasta/fastq 文件 (1)
		
准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA + ...
 - FASTQ格式
		
FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sange ...
 - fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
		
格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...
 - Quality assessment and quality control of NGS data
		
http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...
 
随机推荐
- Python进阶----进程之间通信(互斥锁,队列(参数:timeout和block),), ***生产消费者模型
			
Python进阶----进程之间通信(互斥锁,队列(参数:timeout和block),), ***生产消费者模型 一丶互斥锁 含义:    每个对象都对应于一个可称为" 互斥锁&qu ...
 - 使用jmeter对dubbo接口进行性能测试教程及常见问题处理
			
一. 测试脚本编写 脚本可参考git项目: https://github.com/aland-1415/dubbo-interface-test.git 1. pom依赖 (注意添加的jmeter ...
 - iOS开发,导入c文件引发的Could not build module 'UIKit'问题
			
导致出现异常的原因是是因为工程中添加了某(第三方开源库) 一般情况下出现“Unknown type name”是头文件互相引用出现的,这里可以排除,由于源码使用是c\c++与oc混编, 考虑新的XCo ...
 - 深入理解es6(上)
			
一.let和const 1.let与var的区别 不存在变量提升 块级作用域 不允许重复声明 2.const常量 const与let一样,唯一区别在于声明的常量不能被修改 二.解构赋值 es6按照一定 ...
 - iOS完整学习路线
			
来源:http://www.cnblogs.com/mjios/p/3226954.html
 - 如何使用GUID硬盘分区格式安装新windows系统
			
全局唯一标识分区表(GUID Partition Table,缩写:GPT)是一个实体硬盘的分区结构.目前硬盘格式有两种,一种MBR,另一个就是GUID.一般电脑买过来是windows7以上,比如wi ...
 - Linux命令——chgrp、chown、chmod
			
简介 这三个命令都用于更改文件permission(权限).即下图红框位置 除此之外还有个“连结”,那个指的是硬链接,不是软连接.FS使用inode区分不同文件,而目录树使用文件名区分不同文件,因此可 ...
 - MySQL/MariaDB数据库的各种日志管理
			
MySQL/MariaDB数据库的各种日志管理 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.事务日志 (transaction log) 1>.Innodb事务日志相 ...
 - 一个.Net的混淆防反编译工具ConfuserEx
			
给大家推荐一个.Net的混淆防反编译工具ConfuserEx. 由于项目中要用到.Net的混淆防反编译工具. 在网上找了很多.Net混淆或混淆防反编译工具,如.NET Reactor.Dotfusca ...
 - 使用Apollo做配置中心
			
https://blog.51cto.com/12980017/2158490?source=dra 由于Apollo支持的图形化界面相对于我们更加的友好,所以此次我们使用Apollo来做配置中心 本 ...