问题：有两个平行测序样本，分别得到1.vcf和2.vcf两个文件，想知道这两个文件有多少个重合点。

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1

chr1	10	10

chr1	11	11

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2

chr1	10	10

[wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2

chr1	10	10

chr1	11	11

　　

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1

chr1	10	10

chr1	11	11

chr1	12	12

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2

chr1	10	10

[wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2

chr1	10	10

chr1	11	11

　　从上面两个例子可以得出，bedtools的bed文件的start和end至少会有1 base距离，没有的话，它会自动添加。

换一种解决方法：R的merge函数。

使用bedtools的一个问题的更多相关文章

  1. 关于bedtools merge 功能中sort 命令的解释

    Bedtools 是一个很好的用来处理区间的工具,很多时候用这个底层语言编写的小工具比自己写的脚本运行快很多,但是这个工具中的某些功能对输入文件有一定的要求,比如说里面的一个merge函数,这是里面的 ...

  2. RNA-seq分析htseq-count的使用

    HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python fra ...

  3. 为什么很多人坚信“富贵险中求”？

    之家哥 2017-11-15 09:12:31 微信QQ微博 下载APP 摘要 网贷之家小编根据舆情频道的相关数据,精心整理的关于<为什么很多人坚信"富贵险中求"?>的 ...

  4. python基础全部知识点整理,超级全(20万字+)

    目录 Python编程语言简介 https://www.cnblogs.com/hany-postq473111315/p/12256134.html Python环境搭建及中文编码 https:// ...

  5. bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算

    我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用. http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全 ...

  6. bedtools简介及应用

    1)背景处理基因组数据中,比较基因组不同区域,例如寻找overlap等,是一种基本的且常见的问题.虽然UCSC 中‘Table Browser’或者Galaxy可以用来处理,但是当这些工具面对大的数据 ...

  7. bedtools 用法大全

    原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个 ...

  8. Bedtools如何比较两个参考基因组注释版本的基因？

    目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个 ...

  9. Tomcat一个BUG造成CLOSE_WAIT

    之前应该提过,我们线上架构整体重新架设了,应用层面使用的是Spring Boot,前段日子因为一些第三方的原因,略有些匆忙的提前开始线上的内测了.然后运维发现了个问题,服务器的HTTPS端口有大量的C ...

随机推荐

  1. Tensorflow如何选择GPU

    CUDA_VISIBLE_DEVICES=1 python run.py or import os os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"]=" ...

  2. references non-existing project XXX, launch configuration问题的解决办法

    Go to Project->properties In properties window's left pane select "Run/Debug Settings". ...

  3. android 细节之 AndroidRuntimeException：This message is already in use

    今天在做项目处理消息队列的时候.遇到了这样一个问题.一个异常.AndroidRuntimeException:This message is already in use. 我当时的详细业务需求情境为 ...

  4. WPF数据模板样式选择器

    在使用数据模板样式选择器时,不能设置ItemContainerStyle的属性值,如果设置了该值,那么数据模板样式选择器会失去作用. 在使用数据模板样式选择器时,首先要创建数据模板样式选择器对象,此对 ...

  5. MySQL的语法高级之SELECT

    1.语法:select 字段列表 from  子句 [where 子句][group by 子句][ order by 子句][having 子句][limit 子句]; 注解: 1.where子句对 ...

  6. Android 自定义权限 (<permission> <uses-permission>)

    在android系统的安全模型中,应用程序在默认的情况下不可以执行任何对其他应用程序,系统或者用户带来负面影响的操作.如果应用需要执行某些操作,就需要声明使用这个操作对应的权限. (在manifest ...

  7. 解决CSS3多列样式column-width布局时内容被截断、错乱

    一.问题 使用CSS3的column-width: auto | <length>属性时,出现排列的内容被截断,出现错位的现象. 二.原因 需要为图片容器设置高度,不然会崩掉. 三.解决方 ...

  8. MySQL中Index Condition Pushdown(ICP)优化

    在MySQL 5.6开始支持的一种根据索引进行查询的优化方式.之前的MySQL数据库版本不支持ICP,当进行索引查询是,首先根据索引来查找记录,然后在根据WHERE条件来过滤记录.在支持ICP后,My ...

  9. 回顾: Python面向对象三大特性

    继承 待整理^_^ 封装 待整理^_^ 多态 待整理^_^

  10. 002-unity3d插件使用

    一.导入第三方的工具包(.unitypackage文件) 1.NGUI项 NGUI是一款收费的插件,在Asset Store中大家可以看到价格.在未购买正版的前提下我们可以通过两种方法来使用NGUI, ...