问题：有两个平行测序样本，分别得到1.vcf和2.vcf两个文件，想知道这两个文件有多少个重合点。

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1

chr1	10	10

chr1	11	11

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2

chr1	10	10

[wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2

chr1	10	10

chr1	11	11

　　

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1

chr1	10	10

chr1	11	11

chr1	12	12

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2

chr1	10	10

[wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2

chr1	10	10

chr1	11	11

　　从上面两个例子可以得出，bedtools的bed文件的start和end至少会有1 base距离，没有的话，它会自动添加。

换一种解决方法：R的merge函数。

使用bedtools的一个问题的更多相关文章

  1. 关于bedtools merge 功能中sort 命令的解释

    Bedtools 是一个很好的用来处理区间的工具,很多时候用这个底层语言编写的小工具比自己写的脚本运行快很多,但是这个工具中的某些功能对输入文件有一定的要求,比如说里面的一个merge函数,这是里面的 ...

  2. RNA-seq分析htseq-count的使用

    HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python fra ...

  3. 为什么很多人坚信“富贵险中求”？

    之家哥 2017-11-15 09:12:31 微信QQ微博 下载APP 摘要 网贷之家小编根据舆情频道的相关数据,精心整理的关于<为什么很多人坚信"富贵险中求"?>的 ...

  4. python基础全部知识点整理,超级全(20万字+)

    目录 Python编程语言简介 https://www.cnblogs.com/hany-postq473111315/p/12256134.html Python环境搭建及中文编码 https:// ...

  5. bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算

    我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用. http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全 ...

  6. bedtools简介及应用

    1)背景处理基因组数据中,比较基因组不同区域,例如寻找overlap等,是一种基本的且常见的问题.虽然UCSC 中‘Table Browser’或者Galaxy可以用来处理,但是当这些工具面对大的数据 ...

  7. bedtools 用法大全

    原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个 ...

  8. Bedtools如何比较两个参考基因组注释版本的基因？

    目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个 ...

  9. Tomcat一个BUG造成CLOSE_WAIT

    之前应该提过,我们线上架构整体重新架设了,应用层面使用的是Spring Boot,前段日子因为一些第三方的原因,略有些匆忙的提前开始线上的内测了.然后运维发现了个问题,服务器的HTTPS端口有大量的C ...

随机推荐

  1. Spring4 MVC表单验证

    在这篇文章中,我们将学习如何使用Spring表单标签, 表单验证使用 JSR303 的验证注解,hibernate-validators,提供了使用MessageSource和访问静态资源(如CSS, ...

  2. 008android初级篇之jni中数组的传递

    008android初级篇之jni中数组的传递 jni中在native中数据类型的实际类型 jchar 占两个字节,跟native c中的char(占一个字节)是两个数据类型 jbyte, unsig ...

  3. js instanceof （2）

    instanceof运算符可以用来判断某个构造函数的prototype属性是否存在另外一个要检测对象的原型链上.实例一:普遍用法 A instanceof B :检测B.prototype是否存在于参 ...

  4. CFindReplaceDialog学习

    The CFindReplaceDialog class allows you to implement standard string Find/Replace dialog boxes in yo ...

  5. poj 1470(LCA)

    题目链接:http://poj.org/problem?id=1470 思路:题目的意思很简单,就是求树中每个节点作为某两个节点的最近公共祖先的次数,这里我们可以用sum数组来保存,然后就是从根节点开 ...

  6. 头一次玩博客，记录下我的java之路吧

    今天写了简单的后台管理系统,发现光靠脑子记住知识真的很难,笔记本不好翻,之前写的代码更难找,所以写写博客,记录一些知识,为了以后上班用得到.

  7. TOC之关键链项目管理遇到软件project7原则

    编著者:张克强    微博:张克强-敏捷307 软件project7原则简单介绍 美国著名软件project专家鲍伊姆(B.W.Boehm,也又另译为勃姆)在总结软件project准则和信条的基础上, ...

  8. 《从零开始学Swift》学习笔记（Day 29）——访问级别

    Swift 2.0学习笔记(Day 29)——访问级别 原创文章,欢迎转载.转载请注明:关东升的博客 访问级别: Swift提供了3种不同访问级别,对应的访问修饰符为:public.internal和 ...

  9. windows解除端口占用

    1.步骤如图: 图片原文:https://stackoverflow.com/questions/33108185/intellij-keeps-displaying-annoying-message ...

  10. 如何用SQL为每一行均产生一个随机数

    ) as int) as RndId from 表名