I am calculating cox propotional hazards models with the coxph 
function from the survival package.  My data relates to failure of 
various types of endovascular interventions.  I can successfully 
obtain the LR, Wald, and Score test p-values from the coxph.object, as 
well as the hazard ratio as follows:

formula.obj = Surv(days, status) ~ type 
coxph.model = coxph(formula.obj, df) 
fit = summary(coxph.model) 
hazard.ratio = fit$conf.int[1] 
lower95 = fit$conf.int[3] 
upper95 = fit$conf.int[4] 
logrank.p.value = fit$sctest[3]  (Score (logrank) test)

wald.p.value = fit$waldtest[3]  (Wald test)

lr.p.value = fit$logtest[3]    ----    Likelihood ratio test (优先)

I had intended to report logrank P values with the hazard ratio and CI 
obtained from this function.  In one case the P was 0.04 yet the CI 
crossed one, which confused me, and certainly will raise questions by 
reviewers.  In retrospect I can see that the CI calculated by coxph is 
intimately related to the Wald p-value (which in this specific case 
was 0.06), so this would appear to me not a good strategy for 
reporting my results (mixing the logrank test with the HR and CIs from 
coxph).

I can report the Wald p-values instead, but I have read that the Wald 
test is inferior to the score test or LR test.  My questions for 
survival analysis jockeys out there / TT:

1. Should I just stop here and use the wald.p.value?  This appears to 
be what Stata does with the stcox function (albeit Breslow method).

2. Should I calculate HR and CIs that "agree" with the LR or logrank 
P?  How do I do that?

Thank you,

Coxph model Pvalue Select的更多相关文章

  1. Coxph model Pvalue Select2

    4   1) Put summary(coxphobject) into a variable summcph <- summary(coxphobject) 2) examine it wit ...

  2. 懒人小工具:自动生成Model,Insert,Select,Delete以及导出Excel的方法

    在开发的过程中,我们为了节约时间,往往会将大量重复机械的代码封装,考虑代码的复用性,这样我们可以节约很多时间来做别的事情.最近跳槽到一节webform开发的公司,主要是开发自己公司用的ERP.开始因为 ...

  3. 懒人小工具:T4自动生成Model,Insert,Select,Delete以及导出Excel的方法

    之前写了篇文章,懒人小工具:[自动生成Model,Insert,Select,Delete以及导出Excel的方法](http://www.jianshu.com/p/d5b11589174a),但是 ...

  4. 懒人小工具:T4生成实体类Model,Insert,Select,Delete以及导出Excel的方法

    由于最近公司在用webform开发ERP,用到大量重复机械的代码,之前写了篇文章,懒人小工具:自动生成Model,Insert,Select,Delete以及导出Excel的方法,但是有人觉得这种方法 ...

  5. 懒人小工具1:winform自动生成Model,Insert,Select,Delete以及导出Excel的方法

       懒人小工具2:T4自动生成Model,Insert,Select,Delete以及导出Excel的方法    github地址:https://github.com/Jimmey-Jiang/J ...

  6. mybatis和model关联

    <select id="getSubCreditLogBySubCreditId" parameterType="long" resultType=&qu ...

  7. QtSQL学习笔记(4)- 使用SQL Model类

    除了QSqlQuery,Qt提供了3个高级类用于访问数据库.这些类是QSqlQueryModel.QSqlTableModel和QSqlRelationalTableModel. 这些类是由QAbst ...

  8. Dos.ORM Select查询 自定义列

    自定义列 .Select( p = >new{ test = p.id}) // 同sql 列名 as 新列名 如下是 自己在写代码的例子,查询,分页,where条件,排序 var where ...

  9. Ibatis collect select用法详解

    问题:之前接触过Ibatis的使用,在做一对多的时候,一般都是手动去填充,非自动让ibatis去填充数据. 下面就用ibatis的自动填充功能来实现. 关键使用到collection 标签下的sele ...

随机推荐

  1. android_serialport_api hacking

    /************************************************************************************ * * android_se ...

  2. LIBCURL踩坑记

    这里一个java程序员进行C++开发使用libcurl踩过的坑: 1.  发送指定请求类型body,比较通用方法如下,可以直接填写数据并手动指定content type,如果是form表单等形式,则需 ...

  3. TJU Problem 1065 Factorial

    注意数据范围,十位数以上就可以考虑long long 了,断点调试也十分重要. 原题: 1065.   Factorial Time Limit: 1.0 Seconds   Memory Limit ...

  4. 20155229 2016-2017-2 《Java程序设计》第八周学习总结

    20155229 2016-2017-2 <Java程序设计>第八周学习总结 教材学习内容总结 第十四章 NIO使用频道(Channel)来衔接数据节点,在处理数据时,NIO可以设定缓冲区 ...

  5. python3获取当前目录和上级目录

    d = path.dirname(__file__) #返回当前文件所在的目录 # __file__ 为当前文件 获得某个路径的父级目录: parent_path = os.path.dirname( ...

  6. 在有 UI 线程参与的同步锁(如 AutoResetEvent)内部使用 await 可能导致死锁

    AutoResetEvent.ManualResetEvent.Monitor.lock 等等这些用来做同步的类,如果在异步上下文(await)中使用,需要非常谨慎. 本文将说一个在同步上下文中非常常 ...

  7. @ModelAttribute的用法

  8. frameset的用法

    碰到一个frameset的问题,因为我比较懒,就先从网上拿来一篇基础知识,呵呵,好记性不如烂笔头啊        所谓框架便是网页画面分成几个框窗,同时取得多个 URL.只需要 <FRAMESE ...

  9. 弱也有弱的ACM经历

    作为一名弱校的acm渣渣,在经历了三年的acm生涯后,现在终于要毕业了,最后也来总结下自己在这几年中做acm的经历与感受.以下是参赛总结: 2013年: ACM/ICPC长沙邀请赛(打铁=_=) AC ...

  10. 【转】每天一个linux命令(35):ln 命令

    原文网址:http://www.cnblogs.com/peida/archive/2012/12/11/2812294.html ln是linux中又一个非常重要命令,它的功能是为某一个文件在另外一 ...