sratookit

sratookit

下载后解压

tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz

移动到专门安装生物信息软件的目录下

mv sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft

加入环境变量

echo 'PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

测试

prefetch -v

下载测试文件SRR390728，默认存放在家目录下的ncbi文件夹中

prefetch -c SRR390728

 

转换sra文件的套路：

fastq-dump --gzip --split-3 -O path -A accession

-O 指定输出路径

--gzip 指定输出格式为gzip压缩格式（fastqc软件可以直接识别gzip压缩的文件）

--split-3 如果是双端测序数据，则输出两个文件，如果不是则只输出一个文件

 

具体到我们下载的数据：

for i in `seq 56 62`
do 
   fastq-dump --gzip --split-3 -O ./fastq/ -A SRR35899${i}.sra
done

以上命令在vim中编辑，保存为.sh文件后，通过bash运行，注意seq前的撇不是单引号

 

转换fastq

fastq-dump *.sra

转换fasta

fastq-dump  --fasta *.sra