在分析转录组数据时，用bowtie2比对生成的bam文件，下一步call peak使用m6Aviewer，需要bam文件的index文件。所以我直接敲命令

samtools index xx.bam 
[E::hts_idx_push] NO_COOR reads not in a single block at the end  -

报上面的错误。后来发现，samtools建索引时，bam或sam文件必须是排序好了的，而且必须使用samtools的默认排序方法，即坐标顺序排序。

time nohup samtools sort -@  .m6A.bam -o .m6A.sort.bam &

然后在进行index

[E::hts_idx_push] NO_COOR reads not in a single block at the end 10 -1的更多相关文章

  1. C语言的AES加密

    C语言的AES加密 稍微封装了几个函数 方便使用 #if 1 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <strin ...

  2. POJ1742Coins(并不理解是什么意思）

    Coins Time Limit: 3000MS   Memory Limit: 30000K Total Submissions: 32309   Accepted: 10986 Descripti ...

  3. Oracle Tuning 基础概述01 - Oracle 常见等待事件

    对Oracle数据库整体性能的优化,首先要关注的是在有性能问题时数据库排名前几位等待事件是哪些.Oracle等待事件众多,随着版本的升级,数量还在不断增加,可以通过v$event_name查到当前数据 ...

  4. Coins

    Description Whuacmers use coins.They have coins of value A1,A2,A3...An Silverland dollar. One day Hi ...

  5. POJ1742 Coins[多重背包可行性]

    Coins Time Limit: 3000MS   Memory Limit: 30000K Total Submissions: 34814   Accepted: 11828 Descripti ...

  6. HDU-2844 Coins(多重背包)

    Problem Description Whuacmers use coins.They have coins of value A1,A2,A3...An Silverland dollar. On ...

  7. hdu 2844 多重背包coins

    http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=2844 题意: 有n个硬币,知道其价值A1.....An.数量C1...Cn.问在1到m价值之间,最多能组成多少种 ...

  8. The Secrets of Oracle Row Chaining and Migration

    from http://www.akadia.com/services/ora_chained_rows.html Overview If you notice poor performance in ...

  9. poj 1430 Binary Stirling Numbers

    Binary Stirling Numbers Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 1761   Accepted ...

随机推荐

  1. Django学习（1）一首情诗

    Django是Python中Web开发的最有代表性的框架之一.本文将简单介绍如何入门Django开发. 首先确保你的linux系统已安装django模块.打开Python3,利用以下命令可找到djan ...

  2. JavaSE之绘制菱形

    在JavaSE的算法练习中,绘制菱形是一个比较常见的案例.菱形效果如下图所示: 我们在解决算法问题时,通常情况下,先不要急于马上编码,而是要先观察,找出解决问题的关键所在. 在上图中,我们可以看到,菱 ...

  3. HDU 5194 DZY Loves Balls

    DZY Loves Balls Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/65536 K (Java/Others) ...

  4. CS:APP3e 深入理解计算机系统_3e CacheLab实验

    详细的题目要求和资源可以到 http://csapp.cs.cmu.edu/3e/labs.html 或者 http://www.cs.cmu.edu/~./213/schedule.html 获取. ...

  5. PHP7类型约束

    在PHP7之前,函数和类方法不需要声明变量类型,任何数据都可以被传递和返回,导致几乎大部分的调用操作都要判断返回的数据类型是否合格. 为了解决这个问题,PHP7引入了类型声明. 目前有两类变量可以声明 ...

  6. centos7 忘记mysql root密码办法

    1．首先确认服务器出于安全的状态,也就是没有人能够任意地连接MySQL数据库. 因为在重新设置MySQL的root密码的期间,MySQL数据库完全出于没有密码保护的状态下,其他的用户也可以任意地登录和 ...

  7. easyUI带复选框的组合树

    代码: <input id="depts"><script type="text/javascript">$(document).rea ...

  8. jQuer __Ajax DOM

    链接:在线jQueryhttp://www.bootcdn.cn   一.each(遍历)   $("ul li").each(function(index,value){ ale ...

  9. 使用 dotnet core 和 Azure PaaS服务进行devOps开发（Web API 实例）

    作者:陈希章 发表于 2017年12月19日 引子 这一篇文章将用一个完整的实例,给大家介绍如何基于dotnet core(微软.NET的最新版本,支持跨平台,跨设备的应用开发,详情请参考 https ...

  10. 【Win 10 应用开发】MIDI 音乐合成——乐理篇

    针对 MIDI 音乐的 API ,其实在 Win 8.1 的时候就出现.在UWP中采用了新的驱动模式,MIDI 消息传递更加高效. 首先得说明的是,UWP 的 MIDI 相关 API 不是针对 MID ...