连锁不平衡LD
在某一群体中,不同座位上某两个等位基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率的现象,称连锁不平衡 (linkage disequilibrium) 。由于 HLA 不同基因座位的某些等位基因经常连锁在一起遗传,而连锁的基因并非完全随机地组成单体型,有些基因总是较多地在一起出现,致使某些单体型在群体中呈现较高的频率,从而引起连锁不平衡。
如果在研究过的群体中,A和B两个位点上的等位基因不是独立关联的,我们就说这两个位点是连锁不平衡的。
在群体遗传学中, 连锁不平衡是非随机组合的等位基因在两个或多个位点 ,而不一定要在同一染色体上。
在群体遗传学中, 联锁不平衡性是指在两个或者多个位点上的非随机关联性,这些位点既可能在同一条染色体上,也可以在不同的染色体上。连锁不平衡性也被称作配子水平的不不平衡性或配子不平衡性。从另一个角度讲,连锁不平衡是等位基因或者遗传标记在一个人群中表现出高于或低于由等位基因的随机频率而预测的单模标本的频率。联锁是指染色体上的两个或者多个位点进行有限的组合,而联锁不平衡性不等同于联锁。连锁不平衡的数量取决于观察和预期的位点频率的差异。对于那些重组后位点或者基因型的频率等于预期的群体我们称其为连锁平衡。 联锁不平衡的程度取决于多方面的因素,包括遗传连锁,选择,和重组的概率,遗传漂变,选型交配以及群体结构。对于采用无性繁殖的生物,比如细菌,则不会发生重组进而体现了连锁平衡。
连锁不平衡LD的更多相关文章
- soft selective sweeps 下的群体进化
1.Hard and soft selective sweeps 长期以来,快速适应主要与选择作用于高度多基因的数量性状有关,例如在育种试验期间.这些性状可以通过对大量已经存在的多态性的群体频率的微小 ...
- GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing
现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...
- LDheatmap | SNP连锁不平衡图(LD)可视化,自己数据实现版!
本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图 ...
- plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值(LD)
PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据 ...
- 哈代平衡 &连锁不平衡
哈代-温伯格平衡定律(Hardy-Weinberg equilibrium),即HW平衡,是指对于一个大且随机交配的种群,基因频率和基因型频率在没有迁移.突变和选择的条件下会保持不变. 它是建立在一个 ...
- /usr/bin/ld.bfd.real: cannot find -lGL /usr/bin/ld.bfd.real: cannot find -lX11
/usr/bin/ld.bfd.real: cannot find -lGL /usr/bin/ld.bfd.real: cannot find -lX11 根据网上大多数的说法,以及官网的介绍.截至 ...
- LD算法获取字符串相似度
一个如何识别相似语句的问题,于是上网找了找,一个叫Levenshtein Distance的算法比较简单,就写了段代码实现了一下,效果还不错. 这个算法是一个俄国人Lvenshtein提出的,用于计算 ...
- Undefined symbols for architecture x86_64: "_OBJC_CLASS_$_The49DayPersonalFullscreenGiftModel", referenced from: objc-class-ref in The49DayPersonalRoomGiftModel.o ld: symbol(s) not found for a
Undefined symbols for architecture x86_64: "_OBJC_CLASS_$_The49DayPersonalFullscreenGiftModel&q ...
- 关于问题ld:library not found for -lXXX的错误
我猜想错误引起的原因可能是因为我复制target的时候原来的工程中的的link binary with libraries中原来的libpods-xxx.a没有删除.我将多余的libPods删除后解决 ...
随机推荐
- winxp iis5中修改最大连接数及添加多个站点
winxp iis5中修改最大连接数及添加多个站点 最 近用asp做一些东西,需要用到iis,还需要用photoshop做一些图片.以前都是在win2003下面做,可是photoshop里面很多中文字 ...
- USB的八个问题和答案(转)
http://www.amobbs.com/thread-901041-1-1.html 问题一:USB的传输线结构是如何的呢? 答案一:一条USB的传输线分别由地线.电源线.D+.D-四条线构成,D ...
- (转)收集:Hibernate中常见问题 No row with the given identifier exists问题的原因及解决
Hibernate中No row with the given identifier exists问题的原因及解决 产生此问题的原因: 有两张表,table1和table2.产生此问题的原因就是tab ...
- centos 安装FTP server详情(转)
centos 安装FTP server详情 分类: linux 2013-12-27 16:45 227人阅读 评论(0) 收藏 举报 我们这里以安装vsftpd 服务器端为例子: 1.进入到cent ...
- L11,one good turn deserves another
one good turn deserves another 礼尚往来 gets a good salary 有一份很好的薪水 never pays it back 从不归还 deserve 应得的 ...
- AD进行行PCB DRC检查时,软件提示...report_drc.xsl不存在
之前装过一次AD软件没有报过这样的错误,卸掉后重新装了之后,在对电气规则检查检查时“软件提示...report_drc.xsl不存在”. 原因:之前装的目录默认在C盘下,所以AD软件输出的报告也是默认 ...
- webapp之路--理解viewport的使用
随着高端手机(Andriod,Iphone,Ipod,WinPhone等)的盛行,移动互联应用开发也越来越受到人们的重视,用html5开发移动应用是最好的选择.然而,每一款手机有不同的分辨率,不同屏幕 ...
- Python中super的用法
super 是用来解决多重继承问题的,直接用类名调用父类方法在使用单继承的时候没问题,但是如果使用多继承,会涉及到查找顺序(MRO).重复调用(钻石继承)等种种问题.总之前人留下的经验就是:保持一致性 ...
- A标签中通过href和onclick传递的this对象
在blog的后台管理中允许为一个分类添加一个地址,但是不好添加onclick事件.想传递当前对象给一个函数,于是就将这个URL写成"Javascript:shoControlSidebar( ...
- 读书笔记——thinking in java
1.一切都是对象,用引用操作对象 1.1程序存储的地方 引用存放在堆栈区(通用的RAM),所有对象存储在堆(一种通用的内存池).堆和堆栈的区别:堆栈中的这些引用,java系统是要知道确切的生命周期,堆 ...