interpro 通过整合多个蛋白相关的数据库,提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台,功能注释的内容包括蛋白质家族预测,domain 和 结合位点预测

interoro 在整合多个数据库的同时,去掉了冗余,提供了一个统一的接口,用来对序列进行功能注释;而且还提供了interproscan 这样的命令行工具,可以方便的对

大规模的蛋白序列进行注释,目前, UniprotKB 和 Gene Ontology 就是使用 interproscan 对蛋白序列进行注释的。

interpro 数据库每两个月更新一次

interpro 的成员数据库包括:

CATH-Gene3D

CDD

MobiDB:

HAMAP:

PANTHER:

PIRSF:

PRINTS:

ProDom:

PROSITE:

SFLD:

SMART:

SUPERFAMILY:

TIGRFAMS:

Pfam

:

interpro 数据库的更多相关文章

  1. interproscan 软件对序列进行GO 注释

    interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对,将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中,每条蛋白质序列有一个唯 ...

  2. JSP应用开发 -------- 电纸书(未完待续)

    http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动 ...

  3. 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. nodejs进阶(6)—连接MySQL数据库

    1. 建库连库 连接MySQL数据库需要安装支持 npm install mysql 我们需要提前安装按mysql sever端 建一个数据库mydb1 mysql> CREATE DATABA ...

  5. GreenDao 数据库:使用Raw文件夹下的数据库文件以及数据库升级

    一.使用Raw文件夹下的数据库文件 在使用GreenDao框架时,数据库和数据表都是根据生成的框架代码来自动创建的,从生成的DaoMaster中的OpenHelper类可以看出: public sta ...

  6. ASP.NET MVC with Entity Framework and CSS一书翻译系列文章之第二章:利用模型类创建视图、控制器和数据库

    在这一章中,我们将直接进入项目,并且为产品和分类添加一些基本的模型类.我们将在Entity Framework的代码优先模式下,利用这些模型类创建一个数据库.我们还将学习如何在代码中创建数据库上下文类 ...

  7. Java MyBatis 插入数据库返回主键

    最近在搞一个电商系统中由于业务需求,需要在插入一条产品信息后返回产品Id,刚开始遇到一些坑,这里做下笔记,以防今后忘记. 类似下面这段代码一样获取插入后的主键 User user = new User ...

  8. 在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值

    在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型: ...

  9. 分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间)

    分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间) 很多时候我们都需要计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间 这里共享一个脚本 CREATE TABLE #tab ...

随机推荐

  1. git file mode change

    近期在做ffmpeg版本合并时发现,TortoiseGit的Check for Modifications的修改对话框中有未修改的问题,直接导出diff,会有类似下面的输出: compat/plan9 ...

  2. maven多环境发布.

    需要设定profile和build <profiles> <profile> <id>develop</id> <properties> & ...

  3. js弹出层的插件

    1.jquery.fancybox.pack.js 2.artdialog 3.

  4. HTTP请求与响应报文详解

    如图所示,这是客户端往服务器发送请求时的报文: 一般来说,将报文分成三个部分,请求行.请求头.请求体 如图,请求行包括三部分内容 1.请求方法,在HTTP里的请求方法种类较多,但就移动端开发来说,常用 ...

  5. 正益无线首页jQuery焦点图

    分享一款正益无线首页jQuery焦点图,带索引按钮,自动轮播切换特效焦点图代码. 在线预览   源码下载 实现的代码. html代码: <div id="slideBox" ...

  6. EntityFramework Model有外键时,Json提示循环引用 解决方法

    正文之前先说两句,距离上篇博客已将近两个月,这方面的学习和探索并没有停止,而是前进道路上遇上了各种各样的问题,需要不断的整理.反思和优化,这段时间的成果,将在最近陆续整理发出来. 个人感觉国内心态太浮 ...

  7. java框架篇---struts之OGNL详解

    OGNL(Object Graph Navigation Language),是一种表达式语言.使用这种表达式语言,你可以通过某种表达式语法,存取Java对象树中的任意属性.调用Java对象树的方法. ...

  8. sed——linux下对文本当控制操作(替换,追加)

    sed——linux下对文本当控制操作(替换,追加) 2011-12-12 19:27:17 分类: LINUX Linux下sed命令 1. Sed简介 sed 是一种在线编辑器,它一次处理一行内容 ...

  9. tensorflow入门 (一)

    转载:作者:地球的外星人君链接:https://www.zhihu.com/question/49909565/answer/207609620来源:知乎著作权归作者所有.商业转载请联系作者获得授权, ...

  10. C# .net微信开发,开发认证,关注触发消息,自动应答,事件响应,自定义菜单

    成为开发者 string[] ArrTmp = { "token", Request["timestamp"], Request["nonce&quo ...