interpro 通过整合多个蛋白相关的数据库,提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台,功能注释的内容包括蛋白质家族预测,domain 和 结合位点预测

interoro 在整合多个数据库的同时,去掉了冗余,提供了一个统一的接口,用来对序列进行功能注释;而且还提供了interproscan 这样的命令行工具,可以方便的对

大规模的蛋白序列进行注释,目前, UniprotKB 和 Gene Ontology 就是使用 interproscan 对蛋白序列进行注释的。

interpro 数据库每两个月更新一次

interpro 的成员数据库包括:

CATH-Gene3D

CDD

MobiDB:

HAMAP:

PANTHER:

PIRSF:

PRINTS:

ProDom:

PROSITE:

SFLD:

SMART:

SUPERFAMILY:

TIGRFAMS:

Pfam

:

interpro 数据库的更多相关文章

  1. interproscan 软件对序列进行GO 注释

    interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对,将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中,每条蛋白质序列有一个唯 ...

  2. JSP应用开发 -------- 电纸书(未完待续)

    http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动 ...

  3. 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. nodejs进阶(6)—连接MySQL数据库

    1. 建库连库 连接MySQL数据库需要安装支持 npm install mysql 我们需要提前安装按mysql sever端 建一个数据库mydb1 mysql> CREATE DATABA ...

  5. GreenDao 数据库:使用Raw文件夹下的数据库文件以及数据库升级

    一.使用Raw文件夹下的数据库文件 在使用GreenDao框架时,数据库和数据表都是根据生成的框架代码来自动创建的,从生成的DaoMaster中的OpenHelper类可以看出: public sta ...

  6. ASP.NET MVC with Entity Framework and CSS一书翻译系列文章之第二章:利用模型类创建视图、控制器和数据库

    在这一章中,我们将直接进入项目,并且为产品和分类添加一些基本的模型类.我们将在Entity Framework的代码优先模式下,利用这些模型类创建一个数据库.我们还将学习如何在代码中创建数据库上下文类 ...

  7. Java MyBatis 插入数据库返回主键

    最近在搞一个电商系统中由于业务需求,需要在插入一条产品信息后返回产品Id,刚开始遇到一些坑,这里做下笔记,以防今后忘记. 类似下面这段代码一样获取插入后的主键 User user = new User ...

  8. 在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值

    在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型: ...

  9. 分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间)

    分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间) 很多时候我们都需要计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间 这里共享一个脚本 CREATE TABLE #tab ...

随机推荐

  1. 管理 python logging 日志使用

    1.日志级别 日志一共分成5个等级,从低到高分别是:DEBUG INFO WARNING ERROR CRITICAL. DEBUG:详细的信息,通常只出现在诊断问题上INFO:确认一切按预期运行WA ...

  2. JAVA-数据库之Statement对象

    相关资料:<21天学通Java Web开发> 语句对象Statement1.语句对象Statement可以用来执行SQL语句,从而实现数据库操作.2.可以通过调用连接对象的createSt ...

  3. JAVA-JSP内置对象之out对象求得缓冲区使用大小

    相关资料:<21天学通Java Web开发> out对象 out对象求得缓冲区使用大小1.通过out对象的getBufferSize()方法可以获得缓冲区的大小.2.通过getRemain ...

  4. java将图片转换成二进制

    package com.oumyye.图片; import java.awt.image.BufferedImage; import java.io.ByteArrayInputStream; imp ...

  5. 实践 ArcGIS Web 3D

    ArcGIS 产品家族的 Web 3D 功能众多用户期待已久.从 ArcGIS 10.3.1 版本号開始,Esri 放了个大招,千呼万唤始出来的 Web 3D 功能,最终不再犹抱琵琶半遮面了. 那究竟 ...

  6. Caused by: java.io.IOException: Added a key not lexically larger than previous.

    为了重复这个实验,遇到不少坑 https://www.iteblog.com/archives/1889.html /** * Created by Administrator on 2017/8/1 ...

  7. git的使用总结

    git使用技巧 git使用技巧 windows下git使用 git ignore file git 打tag vim编码设置 git ls显示中文乱码问题 git view history 查看某个文 ...

  8. [Issue]git做rebase时,弹出编辑器为nano,不会使用

    今天在做一个branch的rebase, 执行git rebase -i master的时候,自动弹出了nano 编译器,捣鼓了很久,还是不会编译,保存退出,执行Ctrl+X就自动结束了,查了下,需要 ...

  9. ansible普通用户su切换

    [root@361way.com ~]# cat /etc/ansible/hosts [test01] 10.212.52.14 ansible_ssh_user=test ansible_ssh_ ...

  10. linux rsync介绍(八)

    [教程主题]:rsync [1] rsync介绍 Rsync(Remote Synchronize) 是一个远程资料同步工具,可通过LAN/WAN快速同步多台主机,Rsync使用所为的“Rsync演算 ...