VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files.

./vcftools --vcf input_data.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink

将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态的更多相关文章

  1. 怎么将txt文件转化为html格式的文件？--极为丑陋的方式

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式 import os #找出所有的txt格式的文 ...

  2. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  3. vcf格式文件转化为Excel（csv）格式文件（R语言的write.csv，write.table功能，Excel表的文件导入功能）

    最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge ...

  4. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  5. 将搜狗词库.scel格式转化为.txt格式

    由于项目中要用到词库,而下载的搜狗词库是.scel格式,所以就用python脚本将搜狗词库.scel格式文件转化为.txt格式文件. #!/bin/python # -*- coding: utf-8 ...

  6. 如何将freemarker文件转化为html文件

    最近在做静态的页面报表服务,将前端生成的ftl文件转化为html格式的文件,供后面合成pdf使用. freemarker基础可以参见:freemarker官方文档 前期准备:需要一个基础的ftl格式的 ...

  7. plink格式文件转化为vcf文件（VCF versions convert）

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

  8. 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式

    ## 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式 ### 安装.cer证书到本地 打开*运行*窗口 输入MMC.exe, 单击*确定* 在打开的控制台1的窗口中. 选择*文件*, 选择* ...

  9. Interproscan, xml文件转化为tsv

    将interproscan的结果转化格式 很奇怪 tsv格式里没有go, kegg, inter-domain信息,但是xml文件里面却有,tsv文件比较好处理,所以先将xml文件转化为tsv.用软件 ...

随机推荐

  1. linux 查看网段内所有IP

    如有转载,不胜荣幸.http://www.cnblogs.com/aaron-agu/ 方法一: nmap –nsP 192.168.1.0/24 #从192.168.1.0到192.168.1.25 ...

  2. Mybatis-java.lang.RuntimeException: org.apache.ibatis.exceptions.PersistenceException: ### Error building SqlSession. ### The error may exist in sqlmap/User.xml ### Cause: org.apache.ibatis.builder.B

    mappers(映射器) 使用相对于类路径的资源 如:<mapper resource="sqlmap/User.xml" /> 使用完全限定路径 如:<mapp ...

  3. Lodop中特殊符号￥打印设计和预览不同

    Lodop中￥符号样式改变问题 Lodop中对超文本样式的解析,虽然说是按照调用的本机ie引擎,但是调用的ie版本可能不同,导致在ie下是一种样式,预览又是另一种样式.可能是有些样式没有具体设置,走的 ...

  4. Memcached cas 陷阱

    本地使用的 php7环境,测试好上传到服务器后发现memcached get 报错,服务器上是php5环境: 出错代码如下: $memConnect->get($key,null, Memcac ...

  5. Sql server 系统表

    sql server系统表详细说明 SQL Server 用户库中系统表说明 名称 说明 备注 syscolumns 每个表和视图中的每列在表中占一行,存储过程中的每个参数在表中也占一行.   sys ...

  6. PC平台的SIMD支持检测

    如果我们希望在用SIMD来提升程序处理的性能,首先需要做的就是检测程序所运行的平台是否支持相应的SIMD扩展.平台对SIMD扩展分为两部分的支持: CPU对SIMD扩展的支持.SIMD扩展是随着CPU ...

  7. IntelliJ IDEA通过Tomcat启动项目过程分析

    Tomcat部署项目的多种方式 Tomcat安装目录:${TOMCAT_HOME} 1.常规的webapps下直接部署到${TOMCAT_HOME}/webapps下 2.利用控制台进行部署 3.外部 ...

  8. Suffix

    $ 题目描述 给定一个序列\(A\),请你输出\(\sum_{1< i< j < k < h}A_iA_jA_kA_h(mod ~~1e9+7)\) \(Solution\) ...

  9. window文件过长无法删除的处理方式

    解决方案: 如:aaa是要删除的文件夹,进入到要删除的文件夹下,新建一个test  1.以管理员身份打开CMD:  2 新建test空白目录:  3 执行命令,删除aaa文件夹:robocopy te ...

  10. 【XSY1519】彩灯节 DP 数学 第二类斯特林数

    题目大意 ​ 有\(n\)盏灯,\(m\)个限制.每个限制\((x,y)\)表示第\(x\)盏灯与第\(y\)盏灯之间必须且只能亮一盏. ​ 记一种情况\(x\)亮着的灯的数量为\(f_x\),求\( ...