VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files.

./vcftools --vcf input_data.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink

将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态的更多相关文章

  1. 怎么将txt文件转化为html格式的文件？--极为丑陋的方式

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式 import os #找出所有的txt格式的文 ...

  2. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  3. vcf格式文件转化为Excel（csv）格式文件（R语言的write.csv，write.table功能，Excel表的文件导入功能）

    最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge ...

  4. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  5. 将搜狗词库.scel格式转化为.txt格式

    由于项目中要用到词库,而下载的搜狗词库是.scel格式,所以就用python脚本将搜狗词库.scel格式文件转化为.txt格式文件. #!/bin/python # -*- coding: utf-8 ...

  6. 如何将freemarker文件转化为html文件

    最近在做静态的页面报表服务,将前端生成的ftl文件转化为html格式的文件,供后面合成pdf使用. freemarker基础可以参见:freemarker官方文档 前期准备:需要一个基础的ftl格式的 ...

  7. plink格式文件转化为vcf文件（VCF versions convert）

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

  8. 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式

    ## 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式 ### 安装.cer证书到本地 打开*运行*窗口 输入MMC.exe, 单击*确定* 在打开的控制台1的窗口中. 选择*文件*, 选择* ...

  9. Interproscan, xml文件转化为tsv

    将interproscan的结果转化格式 很奇怪 tsv格式里没有go, kegg, inter-domain信息,但是xml文件里面却有,tsv文件比较好处理,所以先将xml文件转化为tsv.用软件 ...

随机推荐

  1. ajax获得后台传来的一个json值，在js中获得其中的属性值

    首先 ajax的dataType需要设置为json, 默认的text获取属性值在jquery3.2.1中尝试不成功 获得属性值的方式: 类似数组,键值对的方式 下面例子: 设置dataType为jso ...

  2. delphi 中出现dataset not in edit or insert mode的问题

    self.ADOQuery2.Edit;self.ADOQuery2.First;while not self.ADOQuery2.Eof dobeginself.ADOQuery2.FieldByN ...

  3. SpringBoot之修改单个文件后立刻生效

    问题: 在使用SpringBoot进行开发时,如果修改了某个文件比如前端页面html,不能立刻起效. 解决: 在idea中打开修改后的文件,使用快捷键Ctrl+Shift+F9 进行重新编译,然后刷新 ...

  4. 十、docker扩展

    一.memcached docker pull memcached docker run --name my-memcache -d -p 11211:11211 memcached telnet 1 ...

  5. Windows上安装 TensorFlow及简单命令

    1.官网及帮助文档 官网: https://www.tensorflow.org/install/install_windows 中文帮助文档:https://efeiefei.gitbooks.io ...

  6. LAMP架构部署和动态网站环境的配置

    实验环境: 操作系统:centos 7.5 服务器IP:192.168.10.5 运行用户:root 连接工具:xshell工具 web环境:Linux+apache+php+mariadb(LAMP ...

  7. Yahoo Programming Contest 2019 自闭记

    A:签到. #include<iostream> #include<cstdio> #include<cmath> #include<cstdlib> ...

  8. scrapy 登陆知乎

    参考 https://github.com/zkqiang/Zhihu-Login # -*- coding: utf-8 -*- import scrapy import time import r ...

  9. lemon special judge模板

    /* argv[1]:输入文件 argv[2]:选手输出文件 argv[3]:标准输出文件 argv[4]:单个测试点分值 argv[5]:输出最终得分的文件 argv[6]:输出错误报告的文件 */ ...

  10. BZOJ4695 最假女选手（势能线段树）

    BZOJ题目传送门 终于体会到初步掌握势能分析思想的重要性了. 一开始看题,感觉套路还是很一般啊qwq.直接在线段树上维护最大值和最小值,每次递归更新的时候,如果不能完全覆盖就暴力递归下去.挺好写的欸 ...