VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files.

./vcftools --vcf input_data.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink

将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态的更多相关文章

  1. 怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式 import os #找出所有的txt格式的文 ...

  2. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  3. vcf格式文件转化为Excel(csv)格式文件(R语言的write.csv,write.table功能,Excel表的文件导入功能)

    最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge ...

  4. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型(genotype)定相(phasing):查看两个突变是否来源于同一条链(染色体或父本或母本),two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  5. 将搜狗词库.scel格式转化为.txt格式

    由于项目中要用到词库,而下载的搜狗词库是.scel格式,所以就用python脚本将搜狗词库.scel格式文件转化为.txt格式文件. #!/bin/python # -*- coding: utf-8 ...

  6. 如何将freemarker文件转化为html文件

    最近在做静态的页面报表服务,将前端生成的ftl文件转化为html格式的文件,供后面合成pdf使用. freemarker基础可以参见:freemarker官方文档 前期准备:需要一个基础的ftl格式的 ...

  7. plink格式文件转化为vcf文件(VCF versions convert)

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

  8. 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式

    ## 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式 ### 安装.cer证书到本地 打开*运行*窗口 输入MMC.exe, 单击*确定* 在打开的控制台1的窗口中. 选择*文件*, 选择* ...

  9. Interproscan, xml文件转化为tsv

    将interproscan的结果转化格式 很奇怪 tsv格式里没有go, kegg, inter-domain信息,但是xml文件里面却有,tsv文件比较好处理,所以先将xml文件转化为tsv.用软件 ...

随机推荐

  1. loadrunner -vuser

    在每个负载生成器上,安装 remote agent dispatcher(process) 和 loadrunner agent 控制器指示remote agent dispatcher 在load ...

  2. 数据库语法group by

    因为在做pgsql和mysql数据库时group by 有报错,但是在以前做mysql5.6的时候没有问题,虽然知道时违反了sql的语法问题,但是没有搞清楚什么原因,也找了不少资料,查找原因,在盆友的 ...

  3. Lodop中特殊符号¥打印设计和预览不同

    Lodop中¥符号样式改变问题 Lodop中对超文本样式的解析,虽然说是按照调用的本机ie引擎,但是调用的ie版本可能不同,导致在ie下是一种样式,预览又是另一种样式.可能是有些样式没有具体设置,走的 ...

  4. Spring4 MVC Hibernate4 maven集成

    http://www.cnblogs.com/leiOOlei/p/3727859.html

  5. 皮皮虾FAQ

    我们提供的软件,是市场上比较好操作的,如果有其他的软件也是可以使用我们的ip的 Windows 1.windows找不到粘贴的地方 window打开窗口后,请在屏幕右下角找小飞机,右键即可 2.win ...

  6. hdu-4825(01字典树)

    题意:中文题意 解题思路:01字典树板子题 代码: #include<iostream> #include<algorithm> #include<cstdio> ...

  7. Centos安装python3

    安装环境 系统:阿里云服务器centos7.5系统 看见好多博客对centos安装python3的方式各不相同且都不完整,今天我来完整的演示安装python3 1.下载python3源码包 命令 wg ...

  8. JS获取宽度高度大集合

    网页可见区域宽:document.body.clientWidth 网页可见区域高:document.body.clientHeight 网页可见区域宽:document.body.offsetWid ...

  9. BZOJ4177Mike的农场——最小割

    题目描述 Mike有一个农场,这个农场n个牲畜围栏,现在他想在每个牲畜围栏中养一只动物,每只动物可以是牛或羊,并且每个牲畜围栏中的饲养条件都不同,其中第i个牲畜围栏中的动物长大后,每只牛可以卖a[i] ...

  10. 二分图最小点覆盖König定理的简单证明 (加入自己理解)

    第一次更改:http://blog.sina.com.cn/s/blog_51cea4040100h152.html 讲的更细致 增广路:https://blog.csdn.net/qq_374572 ...