VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files.

./vcftools --vcf input_data.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink

将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态的更多相关文章

  1. 怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式 import os #找出所有的txt格式的文 ...

  2. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  3. vcf格式文件转化为Excel(csv)格式文件(R语言的write.csv,write.table功能,Excel表的文件导入功能)

    最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge ...

  4. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型(genotype)定相(phasing):查看两个突变是否来源于同一条链(染色体或父本或母本),two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  5. 将搜狗词库.scel格式转化为.txt格式

    由于项目中要用到词库,而下载的搜狗词库是.scel格式,所以就用python脚本将搜狗词库.scel格式文件转化为.txt格式文件. #!/bin/python # -*- coding: utf-8 ...

  6. 如何将freemarker文件转化为html文件

    最近在做静态的页面报表服务,将前端生成的ftl文件转化为html格式的文件,供后面合成pdf使用. freemarker基础可以参见:freemarker官方文档 前期准备:需要一个基础的ftl格式的 ...

  7. plink格式文件转化为vcf文件(VCF versions convert)

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

  8. 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式

    ## 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式 ### 安装.cer证书到本地 打开*运行*窗口 输入MMC.exe, 单击*确定* 在打开的控制台1的窗口中. 选择*文件*, 选择* ...

  9. Interproscan, xml文件转化为tsv

    将interproscan的结果转化格式 很奇怪 tsv格式里没有go, kegg, inter-domain信息,但是xml文件里面却有,tsv文件比较好处理,所以先将xml文件转化为tsv.用软件 ...

随机推荐

  1. linux ps命令用法

    -A    列出所有的进程-w    显示加宽可以显示较多的资讯-au    显示较详细的资讯-aux    显示所有包含其他使用者的行程 -A 显示所有进程(等价于-e)(utility)-a 显示 ...

  2. js一元运算符

    否运算符(按位非):~    加1取反 console.log(~-); console.log(~-); console.log(~); //-1 void():计算表达式,但是不返回值(仅仅是不返 ...

  3. Python——Flask框架——模板

    一.渲染模板 render_template 函数把Jinja2模板引擎集成到程序中 二.Jinja2变量过滤器 过滤器名 说明 safe 渲染值是不转义 capitalize 把值得首字母转换成大写 ...

  4. sql left join多表

    表A---------------------------------关联第一张表B-----------------------关联第二张表c select * fomr 表名A left join ...

  5. Lodop“对象不支持SET__LICENSES属性或方法”SET__LICENSES is not a function”

    Lodop中的方法如果书写错误,就会报错:“对象不支持XXX属性或方法”调试JS会报错”SET__LICENSES is not a function” LODOP.SET_LICENSES是加注册语 ...

  6. javascript中关于value的一个小知识点(value既是属性也是变量)

    今天在学习input的value值时,发现这么一个小知识点,以前理解不太透彻 [1]以下这种情况是常见情况,会弹出“测试内容” <input type="button" va ...

  7. java 中的包概念

    Java 中的包package, 就是电脑中的文件夹.我们平时在工作中,文件太多时,都会新建文件夹进行分类管理,java 中的包也是类似的道理,当我们的类太多时,也需要进行分类管理,这时我们就会把类文 ...

  8. Let's Encrypt免费泛域名证书申请

    一. 下载acme.sh,以下四条命令任选一条即可 curl https://get.acme.sh | shwget -O - https://get.acme.sh | sh curl https ...

  9. BZOJ4477[Jsoi2015]字符串树——可持久化trie树

    题目描述 萌萌买了一颗字符串树的种子,春天种下去以后夏天就能长出一棵很大的字符串树.字符串树很奇特,树枝上都密密麻麻写满了字符串,看上去很复杂的样子.[问题描述]字符串树本质上还是一棵树,即N个节点N ...

  10. BZOJ5418[Noi2018]屠龙勇士——exgcd+扩展CRT+set

    题目链接: [Noi2018]屠龙勇士 题目大意:有$n$条龙和初始$m$个武器,每个武器有一个攻击力$t_{i}$,每条龙有一个初始血量$a_{i}$和一个回复值$p_{i}$(即只要血量为负数就一 ...