VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files.

./vcftools --vcf input_data.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink

将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态的更多相关文章

  1. 怎么将txt文件转化为html格式的文件？--极为丑陋的方式

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式 import os #找出所有的txt格式的文 ...

  2. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  3. vcf格式文件转化为Excel（csv）格式文件（R语言的write.csv，write.table功能，Excel表的文件导入功能）

    最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge ...

  4. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  5. 将搜狗词库.scel格式转化为.txt格式

    由于项目中要用到词库,而下载的搜狗词库是.scel格式,所以就用python脚本将搜狗词库.scel格式文件转化为.txt格式文件. #!/bin/python # -*- coding: utf-8 ...

  6. 如何将freemarker文件转化为html文件

    最近在做静态的页面报表服务,将前端生成的ftl文件转化为html格式的文件,供后面合成pdf使用. freemarker基础可以参见:freemarker官方文档 前期准备:需要一个基础的ftl格式的 ...

  7. plink格式文件转化为vcf文件（VCF versions convert）

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

  8. 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式

    ## 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式 ### 安装.cer证书到本地 打开*运行*窗口 输入MMC.exe, 单击*确定* 在打开的控制台1的窗口中. 选择*文件*, 选择* ...

  9. Interproscan, xml文件转化为tsv

    将interproscan的结果转化格式 很奇怪 tsv格式里没有go, kegg, inter-domain信息,但是xml文件里面却有,tsv文件比较好处理,所以先将xml文件转化为tsv.用软件 ...

随机推荐

  1. python之路--网络编程之socket

    一 . 网络编程 CS架构 客户端服务端架构 服务端:提供服务的 客户端:享受服务的 BS架构:浏览器和服务端 网络通信流程: 集线器:将所有连接上它的电脑全部联通起来 交换机:升级版的集线器 网卡: ...

  2. gitlab+jenkins

    一.安装好gitlab.jenkins yum install -y java wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/jenkins/redhat-sta ...

  3. adoquery.refresh和adoquery.query的区别

    大的区别没有 1: requery是通过重新发出原始命令并再次检索数据,可使用 Requery 方法刷新来自数据源的 Recordset 对象的全部内容.调用该方法等于相继调用 Close 和 Ope ...

  4. vscode git设置

    vscode只能打开一下界面: 在setting.path增加git.path选项,再使用linux的方法配置路径,就是使用D:/../bin/git.exe而不是\\ 重启vscode,git设置即 ...

  5. 6.docker的私用镜像仓库registry

    docker方式启动镜像仓库 / # cat /etc/docker/registry/config.yml version: 0.1 log: fields: service: registry s ...

  6. Ajax 调用的WCF

    支持ajax 跨域调用的WCF搭建 1.新建一个"ASP.NET空Web应用程序"项目. 2.新建一个“WCF服务(支持ajax)”. 3.修改WCFAjaxService.svc ...

  7. 洛谷P1074 靶形数独(算竞进阶习题)

    还是数独.. 比上一个多了个分数矩阵,其实没什么差别,但是数据好像水了许多... #include <bits/stdc++.h> #define INF 0x3f3f3f3f using ...

  8. 关于2-sat的建图方法及解决方案

    转载增减: https://blog.csdn.net/qq_24451605/article/details/47126143 https://blog.csdn.net/u012915516/ar ...

  9. 【XSY2762】插线板 分块

    题目大意 有\(n\)个插线板,每个插线板会在\(l_i\)时刻初插入到队列中(队列是按插线板的编号排序的),\(r_i\)时刻末移除. 插入一个插线板时会对当前所有接在队列中这个插线的下一个插线板上 ...

  10. C#常用的命名规则汇总

    C#常用的命名规则汇总 来源 https://www.cnblogs.com/pengyouqiang88/p/5021128.html 本文转载自脚本之家 本文详细汇总了C#常用的命名规则.分享给大 ...