VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files.

./vcftools --vcf input_data.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink

将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态的更多相关文章

  1. 怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式

    # -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式 import os #找出所有的txt格式的文 ...

  2. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  3. vcf格式文件转化为Excel(csv)格式文件(R语言的write.csv,write.table功能,Excel表的文件导入功能)

    最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge ...

  4. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型(genotype)定相(phasing):查看两个突变是否来源于同一条链(染色体或父本或母本),two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  5. 将搜狗词库.scel格式转化为.txt格式

    由于项目中要用到词库,而下载的搜狗词库是.scel格式,所以就用python脚本将搜狗词库.scel格式文件转化为.txt格式文件. #!/bin/python # -*- coding: utf-8 ...

  6. 如何将freemarker文件转化为html文件

    最近在做静态的页面报表服务,将前端生成的ftl文件转化为html格式的文件,供后面合成pdf使用. freemarker基础可以参见:freemarker官方文档 前期准备:需要一个基础的ftl格式的 ...

  7. plink格式文件转化为vcf文件(VCF versions convert)

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

  8. 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式

    ## 安装.cer证书并将证书从.cer格式转化为.pem格式 ### 安装.cer证书到本地 打开*运行*窗口 输入MMC.exe, 单击*确定* 在打开的控制台1的窗口中. 选择*文件*, 选择* ...

  9. Interproscan, xml文件转化为tsv

    将interproscan的结果转化格式 很奇怪 tsv格式里没有go, kegg, inter-domain信息,但是xml文件里面却有,tsv文件比较好处理,所以先将xml文件转化为tsv.用软件 ...

随机推荐

  1. Django--CRM--QueryDict, 模糊搜索, 加行级锁

    一 . QueryDict的修改 # QueryDict正常是不允许修改的,要想往里面添加内容,需要另mutable=True dic = request.GET print(dic) # <Q ...

  2. CDH 6.0.1 集群搭建 「Before install」

    从这一篇文章开始会有三篇文章依次介绍集群搭建 「Before install」 「Process」 「After install」 继上一篇使用 docker 部署单机 CDH 的文章,当我们使用 d ...

  3. DNS 到底怎么工作的? (How does dns work?)

    其实这个问题每次看的时候都觉得很明白,但是很久之后就忘记了,所以这次准备记录下来.深入到这个过程的各个细节之中,以后多看看. Step 1 请求缓存信息: 当你在开始访问一个 www.baidu.co ...

  4. 除了binlog2sql工具外,使用python脚本闪回数据(数据库误操作)

    利用binlog日志恢复数据库误操作数据 在人工手动进行一些数据库写操作的时候(比方说数据修改),尤其是一些不可控的批量更新或删除,通常都建议备份后操作.不过不怕万一,就怕一万,有备无患总是好的.在线 ...

  5. 在Hmtl页面中只让其中单独的一个div隐藏滚动条但是仍可滚动浏览下边的内容

    <style> .box ::-webkit-scrollbar {width: 0px;} </style> <div class="box"> ...

  6. codeforces525B

    Pasha and String CodeForces - 525B Pasha got a very beautiful string s for his birthday, the string ...

  7. 【嵌入式】Arduino编程基础到应用全解析

    Arduino Author: Andrew.Du 基础 基础语法: setup() loop() pinMode(引脚,模式) pinMode(13,OUTPUT):设置13号引脚为输出 //在使用 ...

  8. 进程间通讯:有名管道FIFO

    接收端: #include <sys/stat.h> #include <sys/types.h> #include <stdio.h> #include < ...

  9. property装饰器

    # 需要了解的property的用法 class People: def __init__(self,name): self.__name=name @property def name(self): ...

  10. Xadmin 组件基础使用以及全局配置

    xadmin 的安装 方式一 pip 安装 会因为编码问题导致报错 因此需要下载 更改 README.rst 后本地安装 详情点击这里 方式二 源码方式安装 在 github 上下载源码后 将 xad ...