【GWAS文献解读】疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析

英文名：Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum

中文名：疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析

期刊：Nature Genetics
影响因子：29.352

一、研究背景
以青蒿素为主的联合疗法一直以来都是治疗疟疾的有效方法，值得关注的是横跨亚洲到非洲都出现了对一线药物的抗药性。阻止出现更高水平的抗药性以及阻止抗药性扩散到非洲刻不容缓。为了更好同抗药性进行斗争，了解遗传因素在抗药性的混合和传播中的作用非常重要。

二、材料
选取来自柬埔寨、越南、老挝、缅甸、孟加拉国、刚果和尼日利亚的13个地方的疟原虫样本1063（取自血液如下图）。  

三、测序
Illumina测序平台。
paired-end sequencing reads of 200–300bp 

1Gb of read data per sample 

四：研究结果

1）Manhattan plot  
没有意义的SNP的都是圆点，有意义的都是菱形的，处于中间有意义的点，要比没有意义的点大。

其中这些SNP关联的基因如下：
 

2）构建系统进化树，种群结构主要分为三个部分：
 

3）选择清楚分析
 

五数据分析
1）使用bwa进行比对
2）call snp使用的是samtools，总共得到3,373,632  SNP
3）生成的snp list使用SNP-o-matic algorithm 进行realignment 减少错误比对
（http://www.sanger.ac.uk/science/tools/snp-o-matic）
4）SNP过滤：
noncoding SNPs;
SNPs where polymorphisms had extremely low support (<10 reads in 1 sample); 
SNPs with more than 2 alleles, with the exception of loci known to be important for drug resistance, which were manually verified to not have artifacts;
SNPs where coverage across samples was lower than the 25th percentile or higher than the 95th percentile of 
(v) SNPs located in regions of relatively low uniqueness; 

(vi) SNPs where heterozygosity levels were found to be inconsistent with the heterozygosity distribution at the SNP’s allele frequency;

(vii) SNPs where the genotype could not be established in at least 70% of samples. 

5）关联分析使用：FaST-LMM v2.06 （因为样本多）

6）样本间关系矩阵计算使用snp的一个子集，主要是排除SNP当中的连锁的SNP，使用plink软件，参数为：–indep-pairwise 100 10 0.3 –maf 0.01 

a) consider a window of 100 SNPs, b) calculate LD between each pair of SNPs in the window, b) remove one of a pair of SNPs if the LD is greater than 0.3, c) shift the window 10 SNPs forward and repeat the procedure.
（http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/summary.shtml#prune）

原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102w2wg.html