DNA sequence open reading frames (ORFs) | DNA序列的开放阅读框ORF预测
常见的ORF预测工具
Open Reading Frame Finder- NCBI
ORF Finder - SMS
OrfPredictor - YSU
基本概念
开放阅读框(英语:Open reading frame;缩写:ORF;其他译名:开放阅读框架、开放读架等)是指在给定的阅读框架中,不包含终止密码子的一串序列。这段序列是生物个体的基因组中,可能作为蛋白质编码序列的部分。基因中的ORF包含并位于开始编码与终止编码之间。由于一段DNA或RNA序列有多种不同读取方式,因此可能同时存在许多不同的开放阅读框架。有一些计算机程序可分析出最可能是蛋白质编码的序列。
关键词:
1. 不包含终止密码子的一串序列;
2. 可能作为蛋白质编码序列的部分;
3. 有多种不同读取方式,因此可能同时存在许多不同的开放阅读框架;
4. 有些工具会用blast比对来提高可信度
示例
一段5'-UCUAAAGGUCCA-3'序列。此序列共有3种读取法:
- UCU AAA GGU CCA
- CUA AAG GUC
- UAA AGG UCC
由于UAA为终止编码,因此第三种读取法不具编译出蛋白质的潜力,故只有前两者为开放阅读框架
个人当然是推荐使用NCBI大佬开发的工具的啦,发文章可信度高些。
以下是Linux版该工具的说明:
USAGE
ORFfinder [-h] [-help] [-xmlhelp] [-in Input_File] [-id Accession_GI]
[-b begin] [-e end] [-c circular] [-g Genetic_code] [-s Start_codon]
[-ml minimal_length] [-n nested_ORFs] [-strand Strand] [-out Output_File]
[-outfmt output_format] [-logfile File_Name] [-conffile File_Name]
[-version] [-version-full] [-dryrun] DESCRIPTION
Searching open reading frames in a sequence OPTIONAL ARGUMENTS
-h
Print USAGE and DESCRIPTION; ignore all other parameters
-help
Print USAGE, DESCRIPTION and ARGUMENTS; ignore all other parameters
-xmlhelp
Print USAGE, DESCRIPTION and ARGUMENTS in XML format; ignore all other
parameters
-logfile <File_Out>
File to which the program log should be redirected
-conffile <File_In>
Program's configuration (registry) data file
-version
Print version number; ignore other arguments
-version-full
Print extended version data; ignore other arguments
-dryrun
Dry run the application: do nothing, only test all preconditions *** Input query options (one of them has to be provided):
-in <File_In>
name of file with the nucleotide sequence in FASTA format
(more than one sequence is allowed)
Default = `'
-id <String>
Accession or gi number of the nucleotide sequence
(ignored, if the file name is provided)
Default = `' *** Query sequence details:
-b <Integer>
Start address of sequence fragment to be processed
Default = `1'
-e <Integer>
Stop address of sequence fragment to be processed (0 - to the end of the
sequence)
Default = `0'
-c <Boolean>
Is the sequence circular? (t/f) *** Under development
Default = `false' *** Search parameters:
-g <Integer>
Genetic code to use (1-31)
see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi for details
Default = `1'
-s <Integer>
ORF start codon to use:
0 = "ATG" only
1 = "ATG" and alternative initiation codons
2 = any sense codon
Default = `1'
-ml <Integer>
Minimal length of the ORF (nt)
Value less than 30 is automatically changed by 30.
Default = `75'
-n <Boolean>
Ignore nested ORFs (completely placed within another)
Default = `false'
-strand <String>
Output ORFs on specified strand only (both|plus|minus)
Default = `both' *** Output options:
-out <File_Out>
Output file name
-outfmt <Integer>
Output options:
0 = list of ORFs in FASTA format
1 = CDS in FASTA format
2 = Text ASN.1
3 = Feature table
Default = `0'
ORFfinder -in in.fasta -s 2 -ml 100 -out test.out -outfmt 3
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