MySQL实例crash的案例分析

【作者】

王栋：携程技术保障中心数据库专家，对数据库疑难问题的排查和数据库自动化智能化运维工具的开发有强烈的兴趣。

【问题描述】

我们生产环境有一组集群的多台MySQL服务器(MySQL 5.6.21)，不定期的会crash，但error log中只记录了重启信息，未记录crash时的堆栈：

mysqld_safe Number of processes running now: 0
mysqld_safe mysqld restarted

接下来首先排查系统日志/var/log/message文件，crash时没有其他异常信息，也不是OOM导致的。

【排查思路】

由于日志中未记录有价值的信息。为定位crash的原因，首先开启mysql core dump的功能。

下面是开启core dump的步骤：

1、 在my.cnf文件中增加2个配置项

[mysqld]
core_file
[mysqld_safe]
core-file-size=unlimited

2、修改系统参数，配置suid_dumpable

echo 1 >/proc/sys/fs/suid_dumpable

3、重启mysql服务，配置生效

【问题分析】

开启core dump后，服务器再次crash时生成了core file。

用gdb分析生成的core file，可以看到crash时的堆栈信息如下：

从函数table_esms_by_digest::delete_all_rows可以看出触发crash的是truncate table events_statements_summary_by_digest操作。

我们内部有个DML的分析工具，用来统计数据库每分钟增删改查的访问量。该工具的数据源是events_statements_summary_by_digest表，采集程序会每一分钟采集一次这张表的数据，采集完成后执行truncate操作。

暂停这组集群上DML采集程序后MySQL没有再发生crash。

进一步分析多个core file，发现最终函数的调用都发生在_lf_pinbox_real_free函数上。

结合现场环境，有两处地方值得分析：

1、 内存的不正常值。当打印该变量时，此处变量的地址偏低，不太正常：

(gdb) p pins->pinbox
$2 = (LF_PINBOX *) 0x1367208

2、红字部分为pfs逐条释放digest记录的操作，正在释放某行数据时出现错误：

void reset_esms_by_digest()
{
  uint index;
  if (statements_digest_stat_array == NULL)
    return;
  PFS_thread *thread= PFS_thread::get_current_thread();
  if (unlikely(thread == NULL))
    return;
  for (index= 0; index statements_digest_stat_array[index].reset_index(thread);
    statements_digest_stat_array[index].reset_data();
  }
  digest_index= 1;
}

猜测有两种可能导致错误：

1、高并发下，对内存访问出现冲突；

2、某个特殊SQL导致，在处理hash时。

在网上搜索类似的问题，有了进一步的进展，基本确定了这个问题是bug导致

如下Mysql的bug report中讲述了类似问题

https://bugs.mysql.com/bug.php?id=73979

更详细的环境描述如下连接中

https://bugs.launchpad.net/percona-server/+bug/1351148

查到5.6.35上的bug fix的修复内容，和我们碰到的情况非常类似。

对比_lf_pinbox_real_free的修改，该部分确实进行很大的调整。

下面是MySQL 5.6.35函数_lf_pinbox_real_free的代码片段：

static void _lf_pinbox_real_free(LF_PINS *pins)
{
  LF_PINBOX *pinbox= pins->pinbox;
  struct st_match_and_save_arg arg = {pins, pinbox, pins->purgatory};
  pins->purgatory= NULL;
  pins->purgatory_count= 0;
  lf_dynarray_iterate(&pinbox->pinarray,
                      (lf_dynarray_func)match_and_save, &arg);
  if (arg.old_purgatory)
  {
    void *last= arg.old_purgatory;
    while (pnext_node(pinbox, last))
      last= pnext_node(pinbox, last);
    pinbox->free_func(arg.old_purgatory, last, pinbox->free_func_arg);
  }
}

下面是MySQL 5.6.21函数的_lf_pinbox_real_free的代码片段

static void _lf_pinbox_real_free(LF_PINS *pins)
{
  int npins;
  void *list;
  void **addr= NULL;
  void *first= NULL, *last= NULL;
  LF_PINBOX *pinbox= pins->pinbox;
  npins= pinbox->pins_in_array+1;
  if (pins->stack_ends_here != NULL)
  {
    int alloca_size= sizeof(void *)*LF_PINBOX_PINS*npins;
    if (available_stack_size(&pinbox, *pins->stack_ends_here) > alloca_size)
    {
      struct st_harvester hv;
      addr= (void **) alloca(alloca_size);
      hv.granary= addr;
      hv.npins= npins;
      _lf_dynarray_iterate(&pinbox->pinarray,
                           (lf_dynarray_func)harvest_pins, &hv);
      npins= hv.granary-addr;
      if (npins)
        qsort(addr, npins, sizeof(void *), (qsort_cmp)ptr_cmp);
    }
  }

同时观察到出问题的集群有指标异常，QPS不到6000，Threads_connected将近8000。（对比其他高并发的集群，QPS在20000以上，Threads_connected也只有300左右）。

排查应用端的连接方式，了解到其中一个应用有近百台应用服务器，可能同时发起请求，却没有合理的复用连接，维持大量的连接线程增大了bug触发的概率。

Bugs Fixed的描述如下：

Miscalculation of memory requirements for qsort operations could result in stack overflow errors in situations with a large number of concurrent server connections. (Bug #73979, Bug #19678930, Bug #23224078)

【解决思路】

我们通过分析crash时的core file文件，找到crash时的触发条件，暂停DML采集程序（truncate table events_statements_summary_by_digest操作）后恢复。

后面了解到这是MySQL的一个bug，在MySQL 5.6.35版本后已修复。这个bug在应用端与数据库建立大量的连接时，更容易触发。