AnnotationHub是一个包含大量注释信息的数据库,里面有很多物种,以及来源于很多数据库的注释信息。

1,安装这个包

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("AnnotationHub"),

2,载入这个包:

library(AnnotationHub)

(如有提示说需要载入其它包,比如BiocGenerics,parallel,那么就载入它们)

library(BiocGenerics)
library(parallel)
library(AnnotationHub)

3,建立AnnotationHub对象

ah = AnnotationHub()

接下来我们可以按自己的需求来完成,

比如a:想要查看AnonotationHub里面包括那些物种:

unique(ah$species)
由于包含东西太多,我们可以根据自己想要找的物种,来看这个AnonotationHub里面是否包含我们想要的物种:
ah$species[which(ah$species=="Mus musculus")]

可见是包含的,由于我们想要使用clusterProfiler包,这个包只针对含有OrgDb对象的,所以我们继续寻找

使用R中的qury函数可以看见一些信息:

OrgDb属于rdataclass里面的,所以使用

就找到了,名字为org.Mm.eg.db。

初学,如有不对还请指出。

大神详解:http://www.jianshu.com/p/ae94178918bc

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