关于AnnotationHub的一些应用
AnnotationHub是一个包含大量注释信息的数据库,里面有很多物种,以及来源于很多数据库的注释信息。
1,安装这个包
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("AnnotationHub"),
2,载入这个包:
library(AnnotationHub)
(如有提示说需要载入其它包,比如BiocGenerics,parallel,那么就载入它们)
library(BiocGenerics)
library(parallel)
library(AnnotationHub)
3,建立AnnotationHub对象
ah = AnnotationHub()
接下来我们可以按自己的需求来完成,
比如a:想要查看AnonotationHub里面包括那些物种:
unique(ah$species)
由于包含东西太多,我们可以根据自己想要找的物种,来看这个AnonotationHub里面是否包含我们想要的物种:
ah$species[which(ah$species=="Mus musculus")]

可见是包含的,由于我们想要使用clusterProfiler包,这个包只针对含有OrgDb对象的,所以我们继续寻找
使用R中的qury函数可以看见一些信息:
OrgDb属于rdataclass里面的,所以使用
就找到了,名字为org.Mm.eg.db。
初学,如有不对还请指出。
大神详解:http://www.jianshu.com/p/ae94178918bc
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