circso 对数据进行可视化

circos可以用来绘制圈图，能够对染色体上的数据进行可视化，首先需要一个染色体的文件

染色体的文件如下，每列之间空格分隔

chr - chr1    chr1
chr - chr2    chr2
chr - chr3    chr3
chr - chr4    chr4
chr - chr5    chr5
chr - chr6    chr6
chr - chr7    chr7
chr - chr8    chr8
chr - chr9    chr9

第一列 ： 表名这行数据是染色体的数据

第二列： -

第三列： 染色体的名称，会显示在图上

第四列： 染色体编号

第五列：染色体的起始位置

第六列： 染色体的终止位置

第七列：染色体的颜色

在circos中有一些默认的颜色设置，用rgb设置一些默认的颜色名， 可以在circos的安装目录的etc/colors.conf 文件中查看，比如chr1 的颜色设置保存在colors.ucsc.conf 中，内容如下

chr1  = ,,
chr2  = ,,
chr3  = ,,
chr4  = ,,
chr5  = ,,
chr6  = ,,
chr7  = ,,
chr8  = ,,
chr9  = ,,
chr10 = ,,
chr11 = ,,
chr12 = ,,
chr13 = ,,
chr14 = ,,
chr15 = ,,
chr16 = ,,
chr17 = ,,
chr18 = ,,
chr19 = ,,
chr20 = ,,
chr21 = ,,
chr22 = ,,
chr23 = ,,
chrX  = ,,
chr24 = ,,
chrY  = ,,
chrM  = ,,
chr0  = ,,
chrUn = ,,
chrNA = ,,

我们也可以自定义一些颜色的名称，将其添加到colors.conf 文件中保存即可，比如自定义颜色

sample1 = ,,

然后就可以使用sample1 作为颜色名了，在circos中还有很多颜色的名字，都是有规律的，比如

vvlred  : very very light red

vlred    : very light red

lred      : light red

red      :  red

dred    : dark red

vdred  : very dark red

vvdred : very very dark red

常用的颜色red, green, blue, yellow 都支持上面的颜色定义, 除此之外，还有其他很多的内置颜色， 详细信息可以查看circos安装目录下的/etc/colors.conf 文件查看， 里面的注释部分详细说明了颜色的定义方式。

接下来定义想要展示的数据，这里展示基因在染色体上的区间信息，通过 tile 的方式进行展示

chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1  

第一列： 染色体名称

第二列：基因的起始位置

第三列：基因的终止位置

在下来准备突变位点的信息，用scatter 的方式进行展示

chr1   glyph_size=,fill_color=red

第一列： 染色体名称

第二列： 突变的起始位置

第三列： 突变的终止位置

前三列的数据是必须的，第四列用来设置每个店的大小和颜色

最后是cir<<include colors_fonts_patt<ideogram>

<spacing>
default = 10u
break   = 2u
</spacing>

radius           = .9r
thickness        = 40p
fill             = yes
fill_color       = black
stroke_thickness =
stroke_color     = black
show_label       = yes
label_font       = default
label_radius     = dims(ideogram,radius) + .05r
label_with_tag   = yes
label_size       =
label_parallel   = yes
label_case       = lower
label_format     = eval(sprintf("%s",var(label)))
</ideogram>

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

karyotype   = monkey_karyotype.txt
chromosomes_units = <plots>
<plot>
type            = tilefile        = genes.txt
r1          = .0r
r0          = .88r
orientation = out
layers      =
margin      = .02u
thickness   =
padding     =
layers_overflow       = hide
stroke_thickness =
stroke_color     = blue
color            = blue
</plot>

<plot>
type             = scatter
file             = scatter.txt
stroke_thickness =
glyph            = circle
max   =
min   =
r1    = .8r
r0    = .3r<rules>
<rule>
condition = var(value) <
glyph_size =
</rule>
<rule>
condition  = var(value) >  && var(value) <
glyph_size =
</rule>
<rule>
condition = var(value) >
gplyph_size =
</rule>
</rules>
<backgrounds>
<background>
color     = vvlgrey
y0        =
</background>
</backgrounds>
</plot>
</plots>

<<include etc/housekeeping.conf>>

直接在circos.conf的目录运行circos,就会生成circos.png 和circos.svg;

因为circos中没有添加图例的方法，只能手工添加，利用R绘制图列，再用windows自带的画图工具对图片进行剪裁，

最终效果如下：