ERROR 3009 (HY000): Column count of mysql.user is wrong. Expected 45, found 43. Created with MySQL 5的解决方案。

错误是由于你曾经升级过数据库，升级完后没有使用
mysql_upgrade升级数据结构造成的。
解决办法：
使用mysql_upgrade命令
root@localhost ~]# mysql_upgrade -u root -p 13456

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