Rmarkdown用法与R语言动态报告

Rmarkdown用法与R语言动态报告
数据分析用R语言非常便捷，因为R语言的社区强大，并且在不断更新和完善，提供了各种分析利器。Knitr和Rmarkdown包则是数据分析中的动态报告利器。

下面是一份输出HTML文档的Rmd文件。备忘---

# 一级标题（#+空格+文字）
## 二级标题（##+空格+文字）
。。。。。。。
。。。。。。。

##### 五级标题

### 无序列表
运动：
- 篮球
- 足球

### 有序列表
排名：
1. 第一名
2. 第二名
3. 第三名

## 嵌入代码

把r换成python，就可以嵌入python代码

```{r, warning=TRUE}

1:20

```

### 链接

<http://rpubs.com/loness/167347>
[点击查看](http://rpubs.com/loness/167347)

### 插入R代码
```{r}
x<-seq( 0,2*pi,0.2 )
y<-sin( x )
plot( x,y )
```

### 其他
1. 注意新行是在每行的末尾加两个以上的空格
2. 可以在markdown中插入HTML，但不是R代码中。例如:<a href="http://rpubs.com/loness/167347">点击进入</a>

### 再次插入R代码
```{r}
1+1
```

参数1
eval: (TRUE; 逻辑)：是否执行代码
tidy: (TRUE; 逻辑)：是否整理代码
prompt: (FALSE; 逻辑)：是否添加引导符’>‘
highlight: (TRUE; 字符)：是否高亮代码
size: (’normalsize’; 字符)：大小 background: (‘#F7F7F7’; 字符或数值)：背景颜色
comment: (‘##’; 字符)：结果输出前缀符号
echo: (TRUE; 逻辑或数值)：是否输出代码或输出哪些行
results: (‘markup’; 字符): 装裱输出(‘markup’)、原样输出(‘asis’)、隐藏(‘hide’)
warning, error, message: (TRUE; 逻辑)：是否显示相应信息
split: (FALSE; 逻辑)：是否剥离代码和文本到外部文件
include: (TRUE; 逻辑)：是否保留代码或结果到最终文档
参数2
fig.path: (‘figure/’; 字符)：图片路径，支持前缀模式(‘figure/prefix-’)
fig.keep: (‘high’; 字符)：保存图形类型，高级图形(‘high’)、不保存(‘none’)、所有图形(‘all’)、第一张(‘first’)、最后一张(‘last’)
fig.show: (‘asis’; 字符)：展示方式，紧随代码输出(‘asis’)、最后统一输出(‘hold’)、动画输出(‘animate’)
dev: (LaTeX 为’pdf’, HTML/markdown 为’png’; 字符)：输出设备，knitr 支持很多种设备
fig.width, fig.height: (7; 数值)：图片文件的宽、高(英寸2.54cm 为单位)
out.width, out.height: (NULL; 字符)：图片在输出文档中的宽、高
fig.align: (‘default’; 字符)：对齐方式，不做调节(‘default’)、左(‘left’)、右(‘right’)、居中(‘center’)
interval: (1; 数值)：动画参数，切换画面时间，单位为秒


***Markdown 指南

常用语法帮助

最常见的 Markdown 格式选项和键盘快捷键:

输出后的效果	Markdown	快捷键
Bold	text	Ctrl/⌘ + B
Emphasize	text	Ctrl/⌘ + I
~~Strike-through~~	~~text~~	Ctrl + Alt + U
Link	[title](http://)	Ctrl/⌘ + K
`Inline Code`	`code`	Ctrl/⌘ + Shift + K
Image	![alt](http://)	Ctrl/⌘ + Shift + I
List	* item	Ctrl + L
Blockquote	> quote	Ctrl + Q
H1	# Heading
H2	## Heading	Ctrl/⌘ + H
H3	### Heading	Ctrl/⌘ + H (x2)

标题

标题能显示出文章的结构。行首插入 1-6 个 # ，每增加一个 # 表示更深入层次的内容，对应到标题的深度由 1-6 阶。

H1 : # Header 1
H2 : ## Header 2
H3 : ### Header 3
H4 : #### Header 4
H5 : ##### Header 5
H6 : ###### Header 6

文本样式

链接 : [Title](URL)
加粗 : **Bold**
斜体字 : *Italics*
删除线 : ~~text~~
高亮 : ==text==
段落 : 段落之间空一行
换行符 : 一行结束时输入两个空格
列表 : * 添加星号成为一个新的列表项。
引用 : > 引用内容
内嵌代码 : `alert('Hello World');`
画水平线 (HR) : --------

图片

使用 Markdown 将图像插入文章，你需要在 Markdown 编辑器输入 ![]()。这时在预览面板中会自动创建一个图像上传框。你可以从电脑桌面拖放图片 (.png, .gif, .jpg) 到上传框, 或者点击图片上传框使用标准的图像上传方式。如果你想通过链接插入网络上已经存在的图片，只要单击图片上传框的左下角的“链接”图标，这时就会呈现图像 URL 的输入框。想给图片添加一个标题, 你需要做的是将标题文本插图中的方括号，e.g; ![This is a title]().

脚注

使用这样的占位符号可以将脚注添加到文本中: [^1]. 另外，你可以使用“n”而不是数字的 [^n] 所以你可以不必担心使用哪个号码。在您的文章的结尾，你可以如下图所示定义匹配的注脚，URL 将变成链接:



[^1]: This is my first footnote

[^n]: Visit http://ghost.org

[^n]: A final footnote

写代码

添加内嵌代码可以使用一对回勾号 `alert('Hello World')`.对于插入代码, Ghost 支持标准的 Markdown 代码和 GitHub Flavored Markdown (GFM)。标准 Markdown 基于缩进代码行或者4个空格位:

    <header>

        <h1>{{title}}</h1>

    </header>

GFM 使用三个回勾号 ```

´´´

<header>

    <h1>{{title}}</h1>

</header>

´´´

# 具体例子
计算
```{r}
library(DT)
datatable(iris)
summary(iris)
```

散点图
```{r}
library(plotly)
plot_ly(data = iris, x = Sepal.Length, y = Petal.Length, mode = "markers",
color = Species)
```
时间序列图
```{r}
p <- plot_ly(economics, x = date, y = uempmed, name = "unemployment")
p %>% add_trace(y = fitted(loess(uempmed ~ as.numeric(date))), x = date)
```

转自：
- https://zhuanlan.zhihu.com/p/22303989

- http://www.cnblogs.com/steamed-bread/p/5347949.html