clustalX2使用以及相关的问题

Clustalx的操作

第一步：输入序列文件。

第二步：设定比对的一些参数。

参数设定窗口。

第三步：开始序列比对。

第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式

相关问题

CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

这里总结一下在使用ClustalX做序列比对过程中一些常见的问题~

1，从网上看来说CLUSTALX软件使用的时候，开始要输入FASTA格式准备的DNA序列test.seq文件。请问这种文件怎么生成啊?记事本?

其实没有规定的文件名，不一定是叫test.seq，任何你想要的都可以，除了中文名（下面会说明）。主要里面的内容是正确的格式就行了~。Clustal支持的格式有多种，如NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), GCG9/RSF and GDE等

2，什么使用ClustalX时，总是导入不了序列，出现 ERROR:Can not open output file??

这个问题挺多人碰到过的~这是因为你导入的文件的路径包含有中文名。把文件放在其它地方看看。最好路径也不要有空格了。当然前提是你的格式要正确了。这个问题同样适用于ClustalW或其它dos类的软件

3，ClustalX比对后的结果中.aln文件是什么？

这个是序列比对结果的文件。关于这部分，你可以看如何把clusterX的结果转为漂亮的图片

4，ClustalX比对后的结果中.dnd文件是什么？

这个文件是系统进化树文件，需要装TreeView软件才能看（用Dnaman也可以的），进化树显示工具TreeView的下载地址：http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html