vcf文件(call variants得来的)怎么看变异是纯合还是杂合的
如下图片所示:
对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C

想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是否同时发生了变异,则看GT,GT对应的数值为0/1,说明该变异为杂合;
如果GT对应的数值为0/0,说明该变异为纯合。
vcf文件(call variants得来的)怎么看变异是纯合还是杂合的的更多相关文章
- 基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器
vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很 ...
- python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv
经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...
- bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )
下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...
- 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型(genotype)定相(phasing):查看两个突变是否来源于同一条链(染色体或父本或母本),two mutations carried by the same read
首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...
- plink格式文件转化为vcf文件(VCF versions convert)
plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...
- 【Bcftools】合并不同sample的vcf文件,通过bcftools
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的 ...
- Android vcard使用示例,生成vcf文件
Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 ( ...
- VCF文件导入导出
参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-exp ...
- VCF文件处理工具PyVCF
vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=A ...
随机推荐
- C_数据结构_栈
# include <stdio.h> # include <malloc.h> # include <stdlib.h> typedef struct Node ...
- 跟踪分析Linux内核的启动过程
潘俊洋 原创作品转载请注明出处<Linux内核分析>MOOC课程http://mooc.study.163.com/course/USTC-1000029000 一.准备 搭建环境 1 2 ...
- back
#include<stdio.h> int main() { int a[5],b[5][5]; int i,j,sum,max,m,n; printf("输 ...
- iOS开发线程安全问题
先来看一下代码: - (void)viewDidLoad { [super viewDidLoad]; self.testStr = @"String initial complete&qu ...
- Activiti的部署问题
http://www.kafeitu.me/activiti/2012/03/22/workflow-activiti-action.html 既可以通过每次Spring应用程序启动时,执行部署命令. ...
- Selenium自动化测试框架
如下图所示,为公司搭建的基于Selenium+Ant+TestNG+Jenkins的持续集成的自动化测试框架. Selenium: Page Object Model+Data Driver(Exce ...
- ping命令返回的TTL值判断操作系统
通过简单的ping命令,查看返回的TTL值来判断对方的操作系统 生存时间(TTL)是IP分组中的一个值,网络中的路由器通过察看这个值就可以判断这个IP分组是不是已经在网络中停留了很久,进而决定是否要将 ...
- Docker镜像加速设置
地址:https://www.daocloud.io/mirror#accelerator-doc 配置 Docker 加速器 Linux MacOS Windows curl -sSL https: ...
- PHP + JS 实现大文件分割上传
服务器上传文件会有一定的限制.避免内存消耗过大影响性能,在 php.ini 配置文件中,有几个影响参数: upload_max_filesize = 2M //PHP最大能接受的文件大小 post_m ...
- mouseover与mouseenter,mouseout与mouseleave的区别
mouseover事件:不论鼠标指针穿过被选元素或其子元素,都会触发 mouseover 事件,对应mouseout事件: mouseenter事件:只有在鼠标指针穿过被选元素时,才会触发 mouse ...