如下图片所示:

对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C

想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是否同时发生了变异,则看GT,GT对应的数值为0/1,说明该变异为杂合;

如果GT对应的数值为0/0,说明该变异为纯合。

vcf文件(call variants得来的)怎么看变异是纯合还是杂合的的更多相关文章

  1. 基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器

    vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很 ...

  2. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  3. bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )

    下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...

  4. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型(genotype)定相(phasing):查看两个突变是否来源于同一条链(染色体或父本或母本),two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  5. plink格式文件转化为vcf文件(VCF versions convert)

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

  6. 【Bcftools】合并不同sample的vcf文件,通过bcftools

    通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的 ...

  7. Android vcard使用示例,生成vcf文件

     Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 ( ...

  8. VCF文件导入导出

    参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-exp ...

  9. VCF文件处理工具PyVCF

    vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=A ...

随机推荐

  1. Linux下"负载均衡+高可用"集群的考虑点 以及 高可用方案说明(Keepalive/Heartbeat)

    当下Linux运维技术越来越受到企业的关注和追捧, 在某些企业, 尤其是牵涉到电子商务和电子广告类的网站,通常会要求作负载均衡和高可用的Linux集群方案.那么如何实施Llinux集群架构,才能既有效 ...

  2. 基于Python的ModbusTCP客户端实现

    Modbus协议是由Modicon公司(现在的施耐德电气Schneider Electric)推出,主要建立在物理串口.以太网TCP/IP层之上,目前已经成为工业领域通信协议的业界标准,广泛应用在工业 ...

  3. python-知识回顾-16

    知识回顾 小数据池:int -5~256str 特殊字符,*数字20 ascii : 8位 1字节 表示1个字符unicode 32位 4个字节 表示一个字符utf- 8 1个英文 8位,1个字节 欧 ...

  4. last individual reading task 12061183叶露婷

    http://www.cnblogs.com/yltyy/p/4025426.html 1.Different people deserve different tasks; Once team ro ...

  5. 第三个Sprint冲刺第五天(燃尽图)

  6. ajax 异步请求 代码

    <%@ page language="java" contentType="text/html; charset=UTF-8" pageEncoding= ...

  7. PAT 甲级 1130 Infix Expression

    https://pintia.cn/problem-sets/994805342720868352/problems/994805347921805312 Given a syntax tree (b ...

  8. C语言ODBC数据库操作

    今天我们来介绍一下C语言操作数据库的方法,这里我们使用的是ODBC方式.环境是WIN7+VC6.其他环境也差不多,具体情况具体分析. 首先是环境的配置以及数据源的添加.这里就不去解释了,相关资料网上有 ...

  9. 如何批量删除Docker中已经停止的容器

    如何批量删除Docker中已经停止的容器   方法一: #显示所有的容器,过滤出Exited状态的容器,取出这些容器的ID, sudo docker ps -a|grep Exited|awk '{p ...

  10. css 按钮凹陷的感觉

    .login-btn{ margin-top: 60rpx !important; background-color:transparent !important; width: 40%; margi ...