如下图片所示：

对于位置为48245131的allele来说，REF为A，ALT为C

想确定变异到底是纯合还是杂合，即两条染色体是否同时发生了变异，则看GT，GT对应的数值为0/1，说明该变异为杂合；

如果GT对应的数值为0/0，说明该变异为纯合。

vcf文件（call variants得来的）怎么看变异是纯合还是杂合的的更多相关文章

  1. 基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器

    vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很 ...

  2. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  3. bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）

    下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...

  4. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  5. plink格式文件转化为vcf文件（VCF versions convert）

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

  6. 【Bcftools】合并不同sample的vcf文件，通过bcftools

    通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的 ...

  7. Android vcard使用示例，生成vcf文件

     Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 ( ...

  8. VCF文件导入导出

    参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-exp ...

  9. VCF文件处理工具PyVCF

    vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=A ...

随机推荐

  1. BZOJ3782 上学路线

    设障碍个数为,\(obs\)则一般的容斥复杂度为\(O(2^{obs})\).但因为这个题是网格图,我们可以用DP解.设\(f[i]\)表示不经过任何障碍到达第\(i\)个障碍的方案数,转移时枚举可以 ...

  2. 快速排序 O(nlogn)

    #include<bits/stdc++.h> using namespace std; int a[200],n; void q_sort(int l,int r){ if(l>r ...

  3. 词频统计 List Array

    c# 使用数组进行词频统计 1.先考虑要是使用的数据结构: Array在在内存中是连续存储的,所以它的索引速度非常快,而且赋值与修改元素也很简单,但是数组存在一些不足的地方.在数组的两个数据间插入数据 ...

  4. 四则运算安卓版ver.mk3

    在原有的基础上做了些许改动以及添加了一点小功能,以下是代码: package com.example.add; import java.io.File; import com.example.add. ...

  5. 第三个spring冲刺第4天

    今天,我们在难度选择方面做了谈论,根据难度选择题目的难易和数量,在计时器方面应该有相应的配合,由此决定难易度,因此,我们要做好谈论,为这个难易度做好准备去编译,以免出现混乱.

  6. .NET 使用 RabbitMQ 图文简介

    前言 最近项目要使用RabbitMQ,园里里面已经有很多优秀的文章,Rabbitmq官网也有.net实例.这里我尝试下图文并茂之形式记录下使用的过程. 安装 RabbitMQ是建立在erlang OT ...

  7. [2017BUAA软工]第0次博客作业

    第一部分:结缘计算机 1.你为什么选择计算机专业?你认为你的条件如何?和这些博主比呢? 当初选择计算机专业作为自己报考大学的第一志愿,主要是看重了市场对于计算机行业人士的巨大需求,同时也感慨于计算机行 ...

  8. 『编程题全队』Beta 阶段冲刺博客三

    1.提供当天站立式会议照片一张 2.每个人的工作 (有work item 的ID) (1) 昨天已完成的工作 孙志威: 1.添加登录框的功能 2.修改登录框的UI 孙慧君: 1.提醒显示UI设计: 2 ...

  9. HTML 选择器

    c56 div:nth-of-type(1) { margin-left: 12px; margin-top: 25px; } .c56 div:nth-of-type(2) { margin-top ...

  10. cxGrid导出Excel货币符号问题

    cxGrid导出到Excel,对于Currency类型总是加上了货币符号,可以修改导出文件设置来去掉: 在cxXLSExport.pas文件中,修改: procedure TcxXLSExportPr ...