如下图片所示:

对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C

想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是否同时发生了变异,则看GT,GT对应的数值为0/1,说明该变异为杂合;

如果GT对应的数值为0/0,说明该变异为纯合。

vcf文件(call variants得来的)怎么看变异是纯合还是杂合的的更多相关文章

  1. 基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器

    vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很 ...

  2. python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  3. bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )

    下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...

  4. 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型(genotype)定相(phasing):查看两个突变是否来源于同一条链(染色体或父本或母本),two mutations carried by the same read

    首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...

  5. plink格式文件转化为vcf文件(VCF versions convert)

    plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...

  6. 【Bcftools】合并不同sample的vcf文件,通过bcftools

    通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的 ...

  7. Android vcard使用示例,生成vcf文件

     Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 ( ...

  8. VCF文件导入导出

    参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-exp ...

  9. VCF文件处理工具PyVCF

    vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=A ...

随机推荐

  1. 初学习Qt的一些感悟

    最近用Qt写了个人项目,有如下心得(可能有不准确): Qt尽管没有扩展C++语法,但是有额外编译链,每个Q_OBJECT类编译的时候会用moc工具生成另一个meta C++类,之后就是标准C++编译流 ...

  2. 语音笔记:MFCC

    一,传统语音识别体系结构 二,MFCC特征提取 MFCC(Mel-frequency cepstral coefficients):梅尔频率倒谱系数.梅尔频率是基于人耳听觉特性提出来的, 它与Hz频率 ...

  3. js和JQuery区别

    this.class="btn-default btn-info"; $(this).toggleClass("btn-default btn-info"); ...

  4. 转载 loadrunner的一些问题解决

    sckOutOfMemory 7 内存不足  sckInvalidPropertyValue 380 属性值不效  sckGetNotSupported 394 属性不可读  sckGetNotSup ...

  5. mongoDB的配置和使用

    如何启动mongodb? mongod --dbpath C:\appStore\mongodata //数据库地址 再开一个cmder窗口 进入C:\Program Files\MongoDB\Se ...

  6. [读书笔记]Linux命令行与shell编程读书笔记03 文件系统等

    1. 文件系统的种类 ext ext2 ext3 ext4 JFS XFS 其中ext3 开始支持journal日志模式 与raid卡类似 有 数据模式  排序模式 以及回写模式 数据模式最安全 回写 ...

  7. adminlte前端框架从入门到精通

    第一 下载 admintle的下载地址为: https://github.com/almasaeed2010/AdminLTE/releases 参考实例文件代码: 例如:AdminLTE-2.4.3 ...

  8. html 统一资源定位器(url)和url编码

    url,即统一资源定位器,也叫网址. 点击<a>标签就会连接到url指定的服务器web资源,文档或者其它数据: url的命名规则:url可是域名或者IP地址 url="shcem ...

  9. Java之byte、char和String类型相互转换

    package basictype; /** * byte.char和String类型相互转换 */ public class CHJavaType { public static void main ...

  10. Lodop打印设计(PRINT_DESIGN)里的快捷键

    Lodop打印控件,给开发人员提供了可视化编辑工具,编辑后可生成代码,然后复制到自己程序代码中,让开发更简单,打印设计中有一些快捷键也能让开发更便捷. 打印设计快捷键:ctrl 多个选中Shift 左 ...