vcf文件(call variants得来的)怎么看变异是纯合还是杂合的
如下图片所示:
对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C

想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是否同时发生了变异,则看GT,GT对应的数值为0/1,说明该变异为杂合;
如果GT对应的数值为0/0,说明该变异为纯合。
vcf文件(call variants得来的)怎么看变异是纯合还是杂合的的更多相关文章
- 基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器
vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很 ...
- python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv
经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...
- bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )
下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...
- 利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型(genotype)定相(phasing):查看两个突变是否来源于同一条链(染色体或父本或母本),two mutations carried by the same read
首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK ...
- plink格式文件转化为vcf文件(VCF versions convert)
plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --b ...
- 【Bcftools】合并不同sample的vcf文件,通过bcftools
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的 ...
- Android vcard使用示例,生成vcf文件
Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 ( ...
- VCF文件导入导出
参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-exp ...
- VCF文件处理工具PyVCF
vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=A ...
随机推荐
- CentOS6.9下升级默认的OpenSSH操作记录(升级到OpenSSH_7.6p1)
近期对IDC机房服务器做了一次安全漏洞扫描,漏扫结果显示服务器的OpenSSH版本太低(CentOS6默认是OpenSSH_5.3p1),存在漏洞隐患,安全部门建议升级到OpenSSH_7.6p1.升 ...
- mysqldump数据导出问题和客户端授权后连接失败问题
1,使用mysqldump时报错(1064),这个是因为mysqldump版本太低与当前数据库版本不一致导致的.mysqldump: Couldn't execute 'SET OPTION SQL_ ...
- B. Math
链接 [http://codeforces.com/contest/1062/problem/B] 题意 给你n,有两种操作要么乘以某个数,要么开根但必须开根后是整数才能开,问你最后能变成最小的数是多 ...
- 20135316Linux内核学习笔记第八周
20135316王剑桥<Linux内核分析>MOOC课程http://mooc.study.163.com/course/USTC 1000029000 一.进程调度与进程调度的时机分析 ...
- Proxy基础---------获取collection接口的构造跟方法
1----查看proxy api 2------测试代码 package cn.proxy01; import java.lang.reflect.Constructor; import java.l ...
- Android 學習之旅!(2)
早幾天因爲學車,弄了幾天時間和精力過去,今天終於考過了(科目二,還是補考的...)嗯..不管這麼多了..今天又開始我的android 學習之旅!! 筆記: platform-tools目錄下的文件: ...
- java学习--第50天讲到jquery
4月4日jquery讲完了. jquery组合选择器 逗号隔开 层级选择器 父元素 子元素,直接子元素和间接子元素,空格隔开. 直接后代选择器: 父元素>子元素 选择的直接子元素 下 ...
- 实验十一 团队作业7—团队项目设计完善&编码测试
实验十一 团队作业7—团队项目设计完善&编码测试 实验时间 2018-6-8 Deadline: 2018-6-20 10:00,以团队随笔博文提交至班级博客的时间为准. 评分标准: 按时交 ...
- 开发中CollectionUtils处理集合
1.org.apache.commons.collections.CollectionUtils; 使用这个工具类,帮我们处理一些集合的操作,非常方便 //取并集public void testUni ...
- 转帖--计算机网络基础知识大总汇 https://www.jianshu.com/p/674fb7ec1e2c?utm_campaign=maleskine&utm_content=note&utm_medium=seo_notes&utm_source=recommendation
计算机网络基础知识大总汇 龙猫小爷 关注 2016.09.14 23:01* 字数 12761 阅读 30639评论 35喜欢 720 一.什么是TCP/IP 网络和协议 1. TCP/IP是 ...