Linux基础——常用命令

find /grep /xargs /sort /uniq /tr /cut /paste /sed /awk......待续......

1.find

名字查找：
find . -name file    #eg: find -name *txt

正则查找：
find . -regex "pattern"    #eg: find -regex ".*\.txt"
　　-iregex：正则忽略大小写

反查找：
find . ! -name "*.txt"

按类型查找：
find . -type d
　　d: 目录
　　f：文件

按时间查找：
find . -atime 7 -type f
　　atime：访问时间（默认天d）
　　mtime：修改时间
　　ctime：变化时间

按大小查找：
find . -type f -size +2k  #+号大于，-号小于
　　k,M,G

按权限查找：
find . -type f -perm 644

按用户查找：
find . -type f -user XX

搭配后续命令：
find . -type f -name ".swp" -delete  #删除当前目录下所有的swp文件
find . -type f -mtime +10 -name "*.txt" -exec cp {} otherDir \
　　#exec执行动作，{}表查找匹配到的每一个对象，\续行符
　　#eg. -exec ./run.sh {} \

print:
find . -name "*.txt" -print0
#输出./2.txt./3.txt./1.txt     => 加上 -print0 参数表示find输出的每条结果后面加上 '\0' 而不是换行

2.grep

grep 'pattern' file  

　　-o：只输出匹配文本行
　　-v：只输出非匹配行
　　-c：统计包含文本次数
　　-n：打印匹配行号
　　-i：忽略大小写匹配
　　-r/R：递归匹配  #eg. grep -nr 'class' 当前目录所有匹配class的文件
　　-e：匹配多个模式 #eg. grep -e 'class' -e 'genus' file

匹配多个字符
　　任意字符：
　　egrep 'word|wore' file
　　grep -E 'word|wore' file
　　grep 'word\|wore' file
　　同时满足：
　　grep word1 file.txt | grep word2 

-w：字符串精确匹配
　　grep -w '26' file #精确匹配26，不会匹配26a,262等，此法不能用于sed
　　grep '\<26\>' file #效果同上，可移植到sed中，sed 's/\<0\>/NA/g' file 
　　　　（注意：0左右的.,;等符号仍会变为NA，如0.023替换为NA.023，最好加上边界符\b）
　　　　　　echo 0.023 |sed 's/\\b\<0\>\\b/NA/g'

ls -l |grep msms

3.xargs

传参命令（因为很多命令不支持管道来传参），xargs实现的是将管道传输过来的stdin进行处理然后传递到命令的参数位上。

echo '--help' | cat   等价于  --help
echo '--help' | xargs cat    等价于 cat --help
echo 'test.c test.cpp' | xargs cat  等价于 cat test.c test.cpp

xargs常与其他命令组合使用，如grep, find

eg:
find /sbin -perm +700 |ls -l  错误
find /sbin -perm +700 |xargs ls -l  正确

cat file.txt |xargs   #将多行输出变为单行输出
cat single.txt |xargs -n 3 #将单行变为多行输出（每行3个字段）

xargs的作用不仅仅限于简单的stdin传递到命令的参数位，它更大的作用是可以将stdin或者文件stdin分割成批，每个批中有很多分割片段，然后将这些片段按批交给xargs后面的命令进行处理。

xargs处理的顺序：先分割，再分批，然后传递到参数位。

分割 　　-d：定义定界符（默认空格，多行定界符为\n）
　　　　　　echo '11@22@33' | xargs -d '@' echo   #给echo传递了3个参数 　　
        -0：指定\0为输入定界符（一般与find连用） 　　　　
　　　　　　find fir -type f -name "*.pl" -print0 |xargs -0 wc -l  #统计程序行数 

分批 　　-n：指定输出为多行（参数） 
　　　　　　echo '11@22@33@44@55@66@77@88@99@00' | xargs -d '@' -n 3 echo
　　　　　　#分割为10个参数，每次传递3个参数（要执行4次才能传递完参数），等价于：
　　　　　　　　echo 11 22 33 
　　　　　　　　echo 44 55 66 
　　　　　　　　echo 77 88 99 
　　　　　　　　echo 0
　　　　　　-E：不指定参数，注意只在不指定-d参数的时候有效
　　　　　　echo '11 22 33' | xargs -E '33' echo 
　　　　　　#输出11 22

执行     -p：询问是否执行命令
　　　　　　echo '11@22@33' | xargs -p -d '@'  echo
　　　　　　?...y  #输入y执行

Ref: https://www.cnblogs.com/wangqiguo/p/6464234.html

4.sort

-n：按数字排序
-d：按字母排序
-r：逆序（大->小）
-k：加数字，指定列排序
-b：忽略前导空白符（如空格）

        sort -nrk 2 data.txt
        sort -bd data.txt

5.uniq

消除重复行，常与sort连用
sort test.txt |uniq

-c：统计各行次数
    sort data.txt |uniq -c
-d：打印重复行
    sort data.txt |uniq -d
-u：打印非重复行
　　　sort data.txt |uniq -u

6.tr

替换
    cat file |tr '\t' ' ' 

删除 -d
    cat file |tr -d '0-9'  #删除所有数字

补集 -c
    cat file |tr -cd '0-9\n'  #删除所有非数字

压缩 -s
　　cat file |tr -s ' '   #压缩空格（最常用），即多个空格只保留第一个
　　压缩制表符 '\t'

大小写转换：cat test.txt |tr '[:lower:]' '[:upper:]'

7.cut

--complement：取补集
　　cut -f3 --complement file  #取除第三行外的所有列

-d：制定分隔符
　　cat -f2 -d";" file  

分隔单位：
　　-f：以字段为单位
　　-b：以字节为单位
　　-c：以字符为单位

取值范围：
　　n-：n到结尾
　　-m：开始到m
　　n-m：n到m

eg:
　　cut -c-2 file  #打印前2个字符
　　cut -c2- file  #从第2个字符开始打印（包含第2个）

8.paste

-d：指定分隔符（默认为制表符）
    paste file1 file2 -d ","

9.sed

-g：全局替换
    seg 's/text/replace_text/g' file

-i：直接替换
    seg -i 's/text/repalce_text/g' file

-d：删除
　　sed 's/^$/d' file  #删除空白行

替换换行符
sed ':label;N;s/\n/,/;t label'  #将换行符替换为“,”
　　Ref：http://workingxiaolong.lofter.com/post/6b719_e32bc11

　　sed 's/Helicobacter.*//g;s/Sequence.*//g'

　　　　替换单词后面的全部内容（包括特殊符号），注意点号不可少

数字匹配替换
[0-9]\+   #至少1个，+要转义
[0-9]*    #至少0个，*不需转义

字符串替换
[a-zA-Z]\+
[a-zA-Z]*

转义：
　　一般的特殊字符要转义 _ -  ->  + 
　　各种括号视情况而定，表字符串本身时需要转义

打印行：
　　sed -n '1p;10p' file  #打印第一行和第十行
　　sed -n '1,10p' file   #打印1-10行
　　sed -n '1,5p;9p' test.txt #打印1-5行及第9行

删除行：
　　sed '/abc/d;/efg/d' file  #删除含字符串"abc"或“efg"的行
　　sed '/^CON/d;/^REV/d' proteinGroups.txt

添加列：
　　sed  'N;2atest1 test2' file # 第2行后添加一行（即第3行为test1 test2）
　　sed  'N;2itest1 test2' file # 第1行前添加一行（即第1行为test1 test2）,i前的数值至少为2
更易理解的方法：
　　sed  '1 i\test1 test2' test.txt #在原第一行前添加一行
　　sed  '1 a\test1 test2' test.txt #在原第一行后添加一行

10.awk

基本概念：

record：记录（行）

field：字段（列）

基本结构：

awk ' BEGIN{ statements1 } {statements2} END{ statements3 } '

工作方式：
　　执行begin 1，再一行行读入重复执行2，最后执行end 3。

awk ' {print NR}' file  #打印每一行行号

awk ' END {print NR}' file  #打印最后一行行号

特殊字符：

常用：
　　$0,$1,$2
　　-F：设置分隔符（默认空格），-F'\t'   -F:
　　NR：当前行号
　　NF：当前行的字段（列）
　　FNR：多个文件时，每处理一个新文件都从1开始计起（而NR会累加）
其他：
　　RS：行分隔符（默认换行符\n）
　　ORS：输出当前行分隔符，与RS互为逆向/替换
　　FS：列分隔符
　　OFS：输出列分隔符（常用），与FS互为逆向/替换
　　　　awk 'BEGIN{ FS="----";OFS="\t" }{ print $1,$2,$3 }' filename

ref: https://www.cnblogs.com/fhefh/archive/2011/11/16/2251656.html

对行进行过滤：

awk 'NR<=5' file   #打印前5行，同head
awk 'NR==1,NR==4{print}' file   #打印第1和4行
awk '/linux/'  file  #打印匹配行
awk '!/linux/' file  #打印非匹配行
awk '/start_/, /end_/' file  #打印两者（第一个）之间的行