Linux系统 awk sed R脚本 python脚本传入变量

sed 传入变量：

  chrI="chr2";sed -n "/$chrI/p" clippointpos.csv  #变量用$var表示，把sed的单引号变为双引号即可

awk 传入变量：

 chrI="chr2";awk '/"'$chrI'"/{print $0}' clippointpos.csv  #变量用$var表示，变量两边再加上"'

R脚本传入变量：

 arg <- commandArgs(T)
 filename=arg[]
 outputfile=arg[]

python脚本传入变量：

1. OptionParser传参

 from optparse import OptionParser
 def main():
     usage = "usage: %prog [options] arg"
     parser = OptionParser(usage)
     parser.add_option("-f", "--file", dest="filename",
                       help="read data from FILENAME")
     parser.add_option("-v", "--verbose",
                       action="store_true", dest="verbose")
     parser.add_option("-q", "--quiet",
                       action="store_false", dest="verbose")
     (options, args) = parser.parse_args()
     if options.verbose:
         print "reading %s..." % options.filename

 if __name__ == "__main__":
     main()

2.sys模块传入变量

 import sys
 print sys.argv[0]  #python程序名
 print sys.argv[1]  #传入的第一个变量