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批量下载SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749456477.shtml

 我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/sra

SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。

根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类:

  • Studies-- 研究课题

  • Experiments-- 实验设计

  • Runs-- 测序结果集

  • Samples-- 样品信息

SRA中数据结构的层次关系为:Studies->Experiments->Samples->Runs.

  • Studies是就实验目标而言的,一个study 可能包含多个Experiment。

  • Experiments包含了Sample、DNA source、测序平台、数据处理等信息。

  • 一个Experiment可能包含一个或多个runs。

  • Runs 表示测序仪运行所产生的reads。

SRA数据库用不同的前缀加以区分:

    • ERP或SRP表示Studies;

    • SRS 表示 Samples;

    • SRX 表示 Experiments;

    • SRR 表示 Runs;

使用:

  搜索相关研究的疾病,选择相应数据集

点击第一个案例进入详细信息界面

Study详细信息页面

Experiments详细信息页面

Runs详细信息页面,选择要下载的Runs

3、下载数据

要下载SRA数据,我们需要先安装SRA Toolkit软件包,下载地址:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

根据自己的环境下载相应的软件包。

主要包括:

  • CentOS 32/64

  • Ubuntu 32/64

  • MacOS 32/64

  • MS Windows 32/64

以CentOS为例:

1、下载安装:

wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"

tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

2、运行下载

cd sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin

./prefetch SRR2172038

下载完成后,会在你的工作主目录下生成一个ncbi的文件夹。

cd ncbi/public/sra

查看SRR2172038.sra数据

3、转换fastq

/sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin/fastq-dump ./SRR2172038.sra

4、转换fasta

/sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin/fastq-dump  --fasta ./SRR2172038.sra

批量下载SRA数据

1.新建文件,命令为prefetch_bash.sh   (感觉命名简单粗暴啊)

vi prefetch_bash.sh

#!/bin/bash

for id in  $(seq 1 5)    #记住该语法

do

  prefetch SRR35899${id}

done

3.给文件一个可执行权限

chmod +755 frefetch_bash.sh

4.添加环境变量或者将其move到/usr/bin即可

添加环境变量:

vi ~/.profile

export PATH=/home/lmt/biosoft/data:$PATH

保存之后需source .profile

5.利用prefetch_bash.sh批量下载所需的SRR文件

在终端输入:prefetch_bash.sh

下载的SRR数据默认存放在:/home/lmt/ncbi/public/sra里

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