使用Bioaider进行本地blast

系统环境为windows11

1. 下载blast程序

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

双击安装，记住自己的安装目录

2. 在Bioaider里配置本地Blast程序路径

选择到bin目录，add即可，此时Status会变成绿色的Installed

3. 新建数据库

首先就是新建一个数据库，这个数据库存放的是你待会儿要和他们进行比对的序列，可以理解为NCBI提供的nr库、nt库之类的

点击左下角Import database，导入数据库，然后输入你准备好的一堆序列（如果是多个多个文件夹，切记要先进行合并），在Linux下合并只需通过一条简单的命令即可实现

cat *.fas > H5_gisaid.fas

然后点击Add，等待建库完成即可

看到Success提示后我们再点开DBs，就可以看到当前多了一个H5_gisaid，此时把你的序列放在左边的Query Sequence里边，然后设置一下Outdir路径即可。至于Parameter里的参数，相信大家都知道如何设置。

然后我们就可以在对应的路径下看到txt格式的比对结果了，但是这个结果是没有表头的，表头从左到右依次是

Query id	Subject id	% identity	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score

顺便附上表头数据的说明

1、Query id：查询序列ID标识
2、Subject id：比对上的目标序列ID标识
3、% identity：序列比对的一致性百分比
4、alignment length：符合比对的比对区域的长度
5、mismatches：比对区域的错配数
6、gap openings：比对区域的gap数目
7、q. start：比对区域在查询序列(Query id)上的起始位点
8、q. end：比对区域在查询序列(Query id)上的终止位点
9、s. start：比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点
10、s. end：比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点
11、e-value：比对结果的期望值
12、bit score：比对结果的bit score值

大功告成，离开了命令行感觉非常舒适丝滑，可能这就是GUI的意义吧。