Installing R under Unix-alikes

Linux上R的安装

可参考https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#Installing-R-under-Unix_002dalike

1） 下载R-3.2.1.tar.gz

https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.1.tar.gz

2)  root 身份登录linux, 并拷贝R-3.2.1.tar.gz到 /data

3） 执行下列命令

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sudo su root

cp R-3.2.1.tar.gz /data

cd /data

yum install gcc-gfortran

yum install gcc-c++

yum install readline-devel

tar -zxvf R-3.2.1.tar.gz

cd R-3.2.1

./configure --enable-R-shlib --with-x=no

make

make check

make install

make install-libR

---

R and Rscript 被安装在 /usr/local/bin/

4） 指定运作R的快捷方式

vi ~/.bashrc

加入下列行到文件中

PATH=$PATH:$HOME/bin/:/usr/local/bin/

然后重新登录或者

source ~/.bash_profile

5）R library的安装，以igraph为例

首先运行

R

在R环境下执行

install.packages("igraph")

选择22 或其他镜像

安装完后执行quit()退出

如果连接不上镜像，拷贝其他机器的/usr/local/lib64/R/library/* 到本机此目录

或者下载 package-name .tar.gz, 然后运行

R CMD INSTALL <package-name>.tar.gz

6） R 脚本的运行

R CMD BATCH XXX.R

或者

Rscript XXX.R

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NOTE:

安装中可能出现的错误

1）运行 ./configure --enable-R-shlib --with-x=no

configure: error: No F77 compiler found

==》 没有fortran编译器

解决方法，运行下面命令

yum install gcc-gfortran

2） 运行 ./configure --enable-R-shlib --with-x=no

configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

==> 没有readline lib

解决方法

yum install readline-devel

3）安装R package时，以igraph为例会出现下列的错误,比如

ERROR: dependency ‘NMF’ is not available for package ‘igraph’

==》 igraph会依赖很多其他的package，比如这里NMF没有安装

解决方法

1） 多次重复在R环境下运行install.package("igraph")

2)  先运行install.package("NMF") 安装NMF等缺失的package