千人基因组计划数据库下载某段区域SNP

进入http://browser.1000genomes.org/index.html网站

假定要寻找“6:133098746-133108745”这段距离的SNP数据，“6”表示6号染色体，后面的数据表示距离。

点击“Go”，进入如下界面后，再点击左栏的“Get VCF data”

弹出如下界面，再继续点击“VCF to PED converter”

再点击“Next”

接下来，弹出来的窗口让你选择种族（population），比如有中国CHB，日本JPT，挑选完感兴趣的种族，然后点击“Next”

弹出来的界面有如下两种格式“Marker Information File”，“ Linkage Pedigree File”，右击另存为文件，保存下来的这两种文件即为.info和.ped格式，后续可以进行连锁分析。

注意：此方法保存的info文件和ped文件只包含了单个碱基改变的SNP，长片段的indel是被删除的，如果想要分析长片段的indel和周围SNP的连锁不平衡分析，需要自己手动下载VCF文件再自行处理。