bed文件格式解读

1）BED文件

BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致(见下图)。 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。

BED文件结构：
-------------------------------------------------------------必须有以下3列------------------------------------------------------------------------
    chrom :即染色体号
    chromStart :即feature在染色体上起始位置 。在染色体上最左端坐标是0
    chromEnd :即feature在染色体上的终止位置。例如一个染色体前100个碱基定义为chromStart=0,  chromEnd=100, 跨度为 0-99.
----------------------------------------------------------------可选9列-------------------------------------------------------------------------------
    name ：feature的名字 ，在基因组浏览器左边显示；
    score ：在基因组浏览器中显示的灰度设定，值介于0-1000；

    strand ：定义链的方向，''+” 或者”-”
    thickStart ：起始位置(例如，基因起始编码位置）
    thickEnd ：终止位置（例如：基因终止编码位置）　
    itemRGB ：是一个RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0,0), 如果itemRgb设置为'On”, 这个RBG值将决定数据的显示的颜色。
    blockCount ：BED行中的block数目，也就是外显子数目
    blockSize：用逗号分割的外显子的大小, 这个item的数目对应于BlockCount的数目
    blockStarts ：用逗号分割的列表, 所有外显子的起始位置，数目也与blockCount数目对应

2)bed和gff之间的关系

前面已经讲过GFF格式，用UCSC Genome Browser可以将两者进行可视化比较。 Bed文件和GFF文件最基本的信息就是染色体或Contig的ID或编号，然后就是DNA的正负链信息，接着就是在染色体上的起始和终止位置数值。
两种文件的区别在于，BED文件中起始坐标为0，结束坐标至少是1；GFF中起始坐标是1而结束坐标至少是1。

3）习题

3.1）bed文件的全称是什么
3.2）bed文件有几列？
3.3）bed 文件染色体最左端坐标是从几开始？
3.4）如何设置界面灰度信息？
3.5）如何给track显示不同的颜色
3.6）bed和gff文件有什么区别？
3.7）bed文件默认是以什么分割？
3.8）bed文件如何可视化
3.9）如果你的bed文件太大，你将会如何操作？
3.10）bed文件能够与其它文件进行格式转化？
3.11）查看test.bed文件中有多少条染色体
3.12）找出所有genome feature在染色体中的最左端起始位置
3.13）找出所有genome feature在染色体中的最右端终止的位置
3.14）输出feture在染色体上跨度最大的长度
3.15）计算在1号染色体33546713-50489626位置间有多少feature
3.16）显示最高的灰度值
3.17） 展示所有位于正链上的行
3.18）展示负链上最长的feture特征
3.19）查看用了多少不同的颜色值(即RGB值)
3.20）显示正链上最长的基因所用的颜色

4) 参考资源
http://www.360doc.com/content/18/0329/22/19913717_741376781.shtml
https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/79276513
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1