tRNA 二级结构预测可视化

tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例
打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human , 然后点击 search database 数据框

在检索结果页面的底部,可以下载对应的tRNA序列和二级结构

选择 Doload FASTAstructure 选项,就会下载对应的文件,序列格式为
>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC
GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA
(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).
类似fasta 序列,只不过在序列之后,还有一行信息,描述了RNA的二级结构;
利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在线工具对tRNA的二级结构进行可视化
点击左上角的Add Molecule 下拉菜单,选择Add Sequence and Secondary Structure 选项

在弹出的对话框中,输入对应的序列和二级结构信息

点击Submit 按钮,就会生成如下所示的图,还有选多的选项可以调整图片,就不一一赘述了

生成的图片支持导出SVG, png等格式;到此,大功告成!
tRNA 二级结构预测可视化的更多相关文章
- tRNAscan-SE 预测tRNA基因
tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图 ...
- 《Python生物信息学数据管理》中文PDF+英文PDF+代码
生物信息学经典资料,解决生物学问题,通过"编程技法"的形式,涵盖尽可能多的组织.分析.表现结果的策略.在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学.由六部分组成:Py ...
- miRNA预测工具miRDeep-P2
之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna ...
- 使用MXNet远程编写卷积神经网络用于多标签分类
最近试试深度学习能做点什么事情.MXNet是一个与Tensorflow类似的开源深度学习框架,在GPU显存利用率上效率高,比起Tensorflow显著节约显存,并且天生支持分布式深度学习,单机多卡.多 ...
- 寄生线虫免疫学研究新路径!华中农业大学胡敏团队报道寄生线虫N-糖基化修饰图谱
N-糖基化修饰是真核生物中一种重要的蛋白质翻译后修饰,在许多生物学过程中起着关键作用,包括蛋白质折叠.受体-配体相互作用.免疫应答和疾病发病机制等.近年来,高精度质谱技术的出现促进了糖组和糖蛋白质组的 ...
- 11,SFDC 管理员篇 - 报表和数据的可视化
1,Report Builder 1,每一个report type 都有一个 primay object 和多个相关的object 2,Primary object with related obje ...
- JavaScript数据可视化编程学习(一)Flotr2,包含简单的,柱状图,折线图,饼图,散点图
一.基础柱状图 二.基础的折线图 三.基础的饼图 四.基础的散点图 一.基础柱状图 如果你还没有想好你的数据用什么类型的图表来展示你的数据,你应该首先考虑是否可以做成柱状图.柱状图可以表示数据的变化过 ...
- 前端使用d3.js调用地图api 进行数据可视化
前段时间自己研究了demo就是把某个区域的某个位置通过经纬度在地图上可视化.其实就是使用了第三方插件,比现在比较火的可视化插件d3.js echart.js.大致思路就是,把要用到的位置的geojso ...
- 03.redis与ssm整合(mybatis二级缓存)
SSM+redis整合 ssm框架之前已经搭建过了,这里不再做代码复制工作. 这里主要是利用redis去做mybatis的二级缓存,mybaits映射文件中所有的select都会刷新已有缓存,如果不存 ...
随机推荐
- 【Android】3.2 基本地图功能
分类:C#.Android: 日期:2016-02-04 3.2 示例2--基本地图功能 一.简介 1.地图 地图展示:普通地图(2D,3D).卫星图和实时交通图. 地图操作:可通过接口或手势控制来实 ...
- Calendar.NET
Please Sign up or sign in to vote.请注册或登录投票. Download Binaries 下载二进制文件 Download source 下载源代码 Introd ...
- Yii2.0 权威指南
Yii 是一个高性能,基于组件的 PHP 框架,用于快速开发 Web 应用程序. 一.安装1.Composer 安装Composer是一个基于项目的依赖管理器,负责将PHP项目所依赖的包或库安装到项目 ...
- iOS 头文件导入@class注意事项
iOS 头文件导入@class注意事项 一,导入头文件有两种不同的方法:使用引号或者使用尖括号,例如,#import <Cocoa/Cocoa.h>和#import "Tire. ...
- USB设备驱动程序学习笔记(二)
一.usbmouse_as_key.c /* * drivers\hid\usbhid\usbmouse.c */ #include <linux/kernel.h>#include &l ...
- (Python mysql驱动的解决)_mysql.c(42) : fatal error C1083: Cannot open include file: 'config-win.h':问题的解决
在win7下安装了Python后,想安装python-MySQL,使用pip安装出现如下问题: >pip install MySQL-python _mysql.c(42) : fatal er ...
- RTX——第8章 任务优先级修改
以下内容转载自安富莱电子: http://forum.armfly.com/forum.php 任务优先级设置注意事项RTX 操作系统任务优先级的设置要注意以下几个问题: 设置任务的优先级时,数值越 ...
- python学习笔记(19)--PTVS的安装
说明: 1. 折腾了两天eclipse,pydev,好不容易都弄好了,发现不会建工程,建完工程打不开,老是提示工作空间里有隐藏文件什么的,网上查了说是把.project里面的name标签的名字改了就行 ...
- 基于js alert confirm样式弹出框
基于js alert confirm样式弹出框.这是一款根据alert confirm优化样式的确认对话框代码. 在线预览 源码下载 实现的代码. html代码: <div id=" ...
- Oracle数据误删除的恢复操作
flashbackup 闪回操作: 1. 打开表的闪回功能: alter table dw_stg.fm_user_play_d enable row movement; 2. 查询要闪回的表的记录信 ...