tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例

打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human ,  然后点击 search database 数据框

在检索结果页面的底部,可以下载对应的tRNA序列和二级结构

选择 Doload FASTAstructure 选项,就会下载对应的文件,序列格式为

>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC
GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA
(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).

类似fasta 序列,只不过在序列之后,还有一行信息,描述了RNA的二级结构;

利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在线工具对tRNA的二级结构进行可视化

点击左上角的Add Molecule 下拉菜单,选择Add Sequence and Secondary Structure 选项

在弹出的对话框中,输入对应的序列和二级结构信息

点击Submit 按钮,就会生成如下所示的图,还有选多的选项可以调整图片,就不一一赘述了

生成的图片支持导出SVG, png等格式;到此,大功告成!

tRNA 二级结构预测可视化的更多相关文章

  1. tRNAscan-SE 预测tRNA基因

    tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图 ...

  2. 《Python生物信息学数据管理》中文PDF+英文PDF+代码

    生物信息学经典资料,解决生物学问题,通过"编程技法"的形式,涵盖尽可能多的组织.分析.表现结果的策略.在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学.由六部分组成:Py ...

  3. miRNA预测工具miRDeep-P2

    之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna ...

  4. 使用MXNet远程编写卷积神经网络用于多标签分类

    最近试试深度学习能做点什么事情.MXNet是一个与Tensorflow类似的开源深度学习框架,在GPU显存利用率上效率高,比起Tensorflow显著节约显存,并且天生支持分布式深度学习,单机多卡.多 ...

  5. 寄生线虫免疫学研究新路径!华中农业大学胡敏团队报道寄生线虫N-糖基化修饰图谱

    N-糖基化修饰是真核生物中一种重要的蛋白质翻译后修饰,在许多生物学过程中起着关键作用,包括蛋白质折叠.受体-配体相互作用.免疫应答和疾病发病机制等.近年来,高精度质谱技术的出现促进了糖组和糖蛋白质组的 ...

  6. 11,SFDC 管理员篇 - 报表和数据的可视化

    1,Report Builder 1,每一个report type 都有一个 primay object 和多个相关的object 2,Primary object with related obje ...

  7. JavaScript数据可视化编程学习(一)Flotr2,包含简单的,柱状图,折线图,饼图,散点图

    一.基础柱状图 二.基础的折线图 三.基础的饼图 四.基础的散点图 一.基础柱状图 如果你还没有想好你的数据用什么类型的图表来展示你的数据,你应该首先考虑是否可以做成柱状图.柱状图可以表示数据的变化过 ...

  8. 前端使用d3.js调用地图api 进行数据可视化

    前段时间自己研究了demo就是把某个区域的某个位置通过经纬度在地图上可视化.其实就是使用了第三方插件,比现在比较火的可视化插件d3.js echart.js.大致思路就是,把要用到的位置的geojso ...

  9. 03.redis与ssm整合(mybatis二级缓存)

    SSM+redis整合 ssm框架之前已经搭建过了,这里不再做代码复制工作. 这里主要是利用redis去做mybatis的二级缓存,mybaits映射文件中所有的select都会刷新已有缓存,如果不存 ...

随机推荐

  1. 【Android】3.2 基本地图功能

    分类:C#.Android: 日期:2016-02-04 3.2 示例2--基本地图功能 一.简介 1.地图 地图展示:普通地图(2D,3D).卫星图和实时交通图. 地图操作:可通过接口或手势控制来实 ...

  2. Calendar.NET

      Please Sign up or sign in to vote.请注册或登录投票. Download Binaries 下载二进制文件 Download source 下载源代码 Introd ...

  3. Yii2.0 权威指南

    Yii 是一个高性能,基于组件的 PHP 框架,用于快速开发 Web 应用程序. 一.安装1.Composer 安装Composer是一个基于项目的依赖管理器,负责将PHP项目所依赖的包或库安装到项目 ...

  4. iOS 头文件导入@class注意事项

    iOS 头文件导入@class注意事项 一,导入头文件有两种不同的方法:使用引号或者使用尖括号,例如,#import <Cocoa/Cocoa.h>和#import "Tire. ...

  5. USB设备驱动程序学习笔记(二)

    一.usbmouse_as_key.c /* * drivers\hid\usbhid\usbmouse.c */ #include <linux/kernel.h>#include &l ...

  6. (Python mysql驱动的解决)_mysql.c(42) : fatal error C1083: Cannot open include file: 'config-win.h':问题的解决

    在win7下安装了Python后,想安装python-MySQL,使用pip安装出现如下问题: >pip install MySQL-python _mysql.c(42) : fatal er ...

  7. RTX——第8章 任务优先级修改

    以下内容转载自安富莱电子: http://forum.armfly.com/forum.php 任务优先级设置注意事项RTX 操作系统任务优先级的设置要注意以下几个问题: 设置任务的优先级时,数值越 ...

  8. python学习笔记(19)--PTVS的安装

    说明: 1. 折腾了两天eclipse,pydev,好不容易都弄好了,发现不会建工程,建完工程打不开,老是提示工作空间里有隐藏文件什么的,网上查了说是把.project里面的name标签的名字改了就行 ...

  9. 基于js alert confirm样式弹出框

    基于js alert confirm样式弹出框.这是一款根据alert confirm优化样式的确认对话框代码. 在线预览   源码下载 实现的代码. html代码: <div id=" ...

  10. Oracle数据误删除的恢复操作

    flashbackup 闪回操作: 1. 打开表的闪回功能: alter table dw_stg.fm_user_play_d enable row movement; 2. 查询要闪回的表的记录信 ...