tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例

打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human ,  然后点击 search database 数据框

在检索结果页面的底部,可以下载对应的tRNA序列和二级结构

选择 Doload FASTAstructure 选项,就会下载对应的文件,序列格式为

>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC
GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA
(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).

类似fasta 序列,只不过在序列之后,还有一行信息,描述了RNA的二级结构;

利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在线工具对tRNA的二级结构进行可视化

点击左上角的Add Molecule 下拉菜单,选择Add Sequence and Secondary Structure 选项

在弹出的对话框中,输入对应的序列和二级结构信息

点击Submit 按钮,就会生成如下所示的图,还有选多的选项可以调整图片,就不一一赘述了

生成的图片支持导出SVG, png等格式;到此,大功告成!

tRNA 二级结构预测可视化的更多相关文章

  1. tRNAscan-SE 预测tRNA基因

    tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图 ...

  2. 《Python生物信息学数据管理》中文PDF+英文PDF+代码

    生物信息学经典资料,解决生物学问题,通过"编程技法"的形式,涵盖尽可能多的组织.分析.表现结果的策略.在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学.由六部分组成:Py ...

  3. miRNA预测工具miRDeep-P2

    之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna ...

  4. 使用MXNet远程编写卷积神经网络用于多标签分类

    最近试试深度学习能做点什么事情.MXNet是一个与Tensorflow类似的开源深度学习框架,在GPU显存利用率上效率高,比起Tensorflow显著节约显存,并且天生支持分布式深度学习,单机多卡.多 ...

  5. 寄生线虫免疫学研究新路径!华中农业大学胡敏团队报道寄生线虫N-糖基化修饰图谱

    N-糖基化修饰是真核生物中一种重要的蛋白质翻译后修饰,在许多生物学过程中起着关键作用,包括蛋白质折叠.受体-配体相互作用.免疫应答和疾病发病机制等.近年来,高精度质谱技术的出现促进了糖组和糖蛋白质组的 ...

  6. 11,SFDC 管理员篇 - 报表和数据的可视化

    1,Report Builder 1,每一个report type 都有一个 primay object 和多个相关的object 2,Primary object with related obje ...

  7. JavaScript数据可视化编程学习(一)Flotr2,包含简单的,柱状图,折线图,饼图,散点图

    一.基础柱状图 二.基础的折线图 三.基础的饼图 四.基础的散点图 一.基础柱状图 如果你还没有想好你的数据用什么类型的图表来展示你的数据,你应该首先考虑是否可以做成柱状图.柱状图可以表示数据的变化过 ...

  8. 前端使用d3.js调用地图api 进行数据可视化

    前段时间自己研究了demo就是把某个区域的某个位置通过经纬度在地图上可视化.其实就是使用了第三方插件,比现在比较火的可视化插件d3.js echart.js.大致思路就是,把要用到的位置的geojso ...

  9. 03.redis与ssm整合(mybatis二级缓存)

    SSM+redis整合 ssm框架之前已经搭建过了,这里不再做代码复制工作. 这里主要是利用redis去做mybatis的二级缓存,mybaits映射文件中所有的select都会刷新已有缓存,如果不存 ...

随机推荐

  1. 赶集mysql军规

    总是在灾难发生后,才想起容灾的重要性.总是在吃过亏后,才记得曾经有人提醒过. 一,核心军规 不在数据库做计算,cpu计算务必移至业务层 控制单表数据量,单表记录控制在千万级 控制列数量,字段数控制在2 ...

  2. MYSQL 更改数据库data存储目录 创建用户 创建权限 设置远程访问的权限.

    一. 怎么更改数据库data存储目录:  1. 安装MYSQL. 2. 切换到 C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6 3. 新建my.ini. 加入如下配置: ...

  3. A-Frame WebVR开发新手教程

    WebVR和WebGL应用程序接口使得我们已经能够在浏览器上创建虚拟现实(VR)体验.但从project化的角度而言,开发社区还须要很多其它方便强大的开发库来简化编程.Mozilla的 A-Frame ...

  4. JVM总结篇

    Sun HotSpot VM,是JDK和Open JDK中自带的虚拟机,也是目前使用范围最广的Java虚拟机. JVM内存分布 程序计数器:是一块较小的内存空间,可以看作是当前线程所执行的字节码的行号 ...

  5. winform TreeView 节点选择

    public partial class Form1 : Form { public Form1() { InitializeComponent(); } string tag = "Tru ...

  6. VS15 Visual Assist X破解

    Visual Assist X是一款非常好的Microsoft Visual Studio插件,支持C/C++,C#,ASP,Visual Basic,Java和HTML等语言,Visual Assi ...

  7. js+php实现文件上传显示文件上传进度条的插件

    文件上传利器SWFUpload使用指南(swfupload官网) 上传文件显示进度条效果的插件swfupload.js

  8. python相关参考地址收藏

    python http://www.python.org/ setuptools https://pypi.python.org/pypi/setuptools Easy Install https: ...

  9. Intellij idea上传项目到github

    操作前提 1.安装了 git for windows客户端 2.配置了rsa公钥 3.设置了邮箱和用户名 详情请看上一篇博客http://www.cnblogs.com/520playboy/p/66 ...

  10. hdu4366 Successor

    好题.   可是感觉题目描写叙述不是非常清楚 这题仅仅是询问开除某人后,他的下属中谁会替代他的位置.不会更新这个位置 要求一个子树中忠诚度最高的人. 能够想到dfs树.保留时间戳.每一个节点便表示一个 ...