tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列，从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构，以人为例

打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search， 物种输入为 human ,  然后点击 search database 数据框

在检索结果页面的底部，可以下载对应的tRNA序列和二级结构

选择 Doload FASTAstructure 选项，就会下载对应的文件，序列格式为

>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC

GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA

(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).

类似fasta 序列，只不过在序列之后，还有一行信息，描述了RNA的二级结构；

利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在线工具对tRNA的二级结构进行可视化

点击左上角的Add Molecule 下拉菜单，选择Add Sequence and Secondary Structure 选项

在弹出的对话框中，输入对应的序列和二级结构信息

点击Submit 按钮，就会生成如下所示的图，还有选多的选项可以调整图片，就不一一赘述了

生成的图片支持导出SVG, png等格式；到此，大功告成！

tRNA 二级结构预测可视化的更多相关文章

  1. tRNAscan-SE 预测tRNA基因

    tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图 ...

  2. 《Python生物信息学数据管理》中文PDF+英文PDF+代码

    生物信息学经典资料,解决生物学问题,通过"编程技法"的形式,涵盖尽可能多的组织.分析.表现结果的策略.在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学.由六部分组成:Py ...

  3. miRNA预测工具miRDeep-P2

    之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna ...

  4. 使用MXNet远程编写卷积神经网络用于多标签分类

    最近试试深度学习能做点什么事情.MXNet是一个与Tensorflow类似的开源深度学习框架,在GPU显存利用率上效率高,比起Tensorflow显著节约显存,并且天生支持分布式深度学习,单机多卡.多 ...

  5. 寄生线虫免疫学研究新路径！华中农业大学胡敏团队报道寄生线虫N-糖基化修饰图谱

    N-糖基化修饰是真核生物中一种重要的蛋白质翻译后修饰,在许多生物学过程中起着关键作用,包括蛋白质折叠.受体-配体相互作用.免疫应答和疾病发病机制等.近年来,高精度质谱技术的出现促进了糖组和糖蛋白质组的 ...

  6. 11，SFDC 管理员篇 - 报表和数据的可视化

    1,Report Builder 1,每一个report type 都有一个 primay object 和多个相关的object 2,Primary object with related obje ...

  7. JavaScript数据可视化编程学习（一）Flotr2，包含简单的，柱状图，折线图，饼图，散点图

    一.基础柱状图 二.基础的折线图 三.基础的饼图 四.基础的散点图 一.基础柱状图 如果你还没有想好你的数据用什么类型的图表来展示你的数据,你应该首先考虑是否可以做成柱状图.柱状图可以表示数据的变化过 ...

  8. 前端使用d3.js调用地图api 进行数据可视化

    前段时间自己研究了demo就是把某个区域的某个位置通过经纬度在地图上可视化.其实就是使用了第三方插件,比现在比较火的可视化插件d3.js echart.js.大致思路就是,把要用到的位置的geojso ...

  9. 03.redis与ssm整合（mybatis二级缓存）

    SSM+redis整合 ssm框架之前已经搭建过了,这里不再做代码复制工作. 这里主要是利用redis去做mybatis的二级缓存,mybaits映射文件中所有的select都会刷新已有缓存,如果不存 ...

随机推荐

  1. hadoop环境搭建-完全分布式

    用于测试,我用4台虚拟机搭建成了hadoop结构 我用了两个台式机.一个xp系统,一个win7系统.每台电脑装两个虚拟机,要不然内存就满了. 1.安装虚拟机环境 Vmware,收费产品,占内存较大. ...

  2. 【转】获取scrollTop兼容各浏览器的方法，以及body和documentElement是啥？

    1.各浏览器下 scrollTop的差异 IE6/7/8: 对于没有doctype声明的页面里可以使用  document.body.scrollTop 来获取 scrollTop高度 : 对于有do ...

  3. Qt 自学QGraphicsItem要点 积累

    1.在创建QGraphicsItem子类的时候,想要实现自己绘图,一般是重新实现boundingRect()和paint()函数,如果不重新实现shape(),基类的实现将会退而使用 bounding ...

  4. .net程序调试一：快速定位异常

    作为一个程序员,解BUG是我们工作中常做的工作,甚至可以说解决问题能力是一个人工作能力的重要体现.因为这体现了一个程序员的技术水平.技术深度.经验等等. 那么在我们解决BUG的过程中,定位问题是非常重 ...

  5. Android Spans介绍(转)

    在做一个 TODO 类的软件,使用开源软件 MaterialCalendarView 的时候,发现了需要往日历中添加待办事宜的标记,用到了 MaterialCalendarView 中的 DotSpa ...

  6. Ubantu 查看系统资源占用

    1  top 查看ubuntu的资源占用的命令为$: top    说明:top命令就可以查看内存,cpu和进程了,很方便 top: 主要参数 d:指定更新的间隔,以秒计算. q:没有任何延迟的更新. ...

  7. 提取ipa里面的资源图片 png

    Apple 对 iPhone 应用程序中的 png 图片进行了特殊的处理,在 png 文件头之后加了一个非标准的 CgBI 数据段,IDAT 段图像数据也没有传统的压缩数据头和尾,并且红色和蓝色是反的 ...

  8. linux学习（34）：except的安装

    expect据说是交互性很强的脚本语言,但是expect依赖于tcl,但linux系统里一般不自带安装tcl,需要手动安装 expect版本 5.43 http://download.chinauni ...

  9. Python+Django+js+echarts引入本地js文件的操作方法

    1. 选择正确的echarts.js,开发版选择echarts.baidu.com上的源码版,避免出现问题 2. 在项目主目录中新建static文件夹,里面建立js.css.images文件夹 3. ...

  10. js实现类似新闻条目人物简介不间断的滚动

    <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/ ...