tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例

打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human ,  然后点击 search database 数据框

在检索结果页面的底部,可以下载对应的tRNA序列和二级结构

选择 Doload FASTAstructure 选项,就会下载对应的文件,序列格式为

>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC
GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA
(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).

类似fasta 序列,只不过在序列之后,还有一行信息,描述了RNA的二级结构;

利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在线工具对tRNA的二级结构进行可视化

点击左上角的Add Molecule 下拉菜单,选择Add Sequence and Secondary Structure 选项

在弹出的对话框中,输入对应的序列和二级结构信息

点击Submit 按钮,就会生成如下所示的图,还有选多的选项可以调整图片,就不一一赘述了

生成的图片支持导出SVG, png等格式;到此,大功告成!

tRNA 二级结构预测可视化的更多相关文章

  1. tRNAscan-SE 预测tRNA基因

    tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图 ...

  2. 《Python生物信息学数据管理》中文PDF+英文PDF+代码

    生物信息学经典资料,解决生物学问题,通过"编程技法"的形式,涵盖尽可能多的组织.分析.表现结果的策略.在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学.由六部分组成:Py ...

  3. miRNA预测工具miRDeep-P2

    之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna ...

  4. 使用MXNet远程编写卷积神经网络用于多标签分类

    最近试试深度学习能做点什么事情.MXNet是一个与Tensorflow类似的开源深度学习框架,在GPU显存利用率上效率高,比起Tensorflow显著节约显存,并且天生支持分布式深度学习,单机多卡.多 ...

  5. 寄生线虫免疫学研究新路径!华中农业大学胡敏团队报道寄生线虫N-糖基化修饰图谱

    N-糖基化修饰是真核生物中一种重要的蛋白质翻译后修饰,在许多生物学过程中起着关键作用,包括蛋白质折叠.受体-配体相互作用.免疫应答和疾病发病机制等.近年来,高精度质谱技术的出现促进了糖组和糖蛋白质组的 ...

  6. 11,SFDC 管理员篇 - 报表和数据的可视化

    1,Report Builder 1,每一个report type 都有一个 primay object 和多个相关的object 2,Primary object with related obje ...

  7. JavaScript数据可视化编程学习(一)Flotr2,包含简单的,柱状图,折线图,饼图,散点图

    一.基础柱状图 二.基础的折线图 三.基础的饼图 四.基础的散点图 一.基础柱状图 如果你还没有想好你的数据用什么类型的图表来展示你的数据,你应该首先考虑是否可以做成柱状图.柱状图可以表示数据的变化过 ...

  8. 前端使用d3.js调用地图api 进行数据可视化

    前段时间自己研究了demo就是把某个区域的某个位置通过经纬度在地图上可视化.其实就是使用了第三方插件,比现在比较火的可视化插件d3.js echart.js.大致思路就是,把要用到的位置的geojso ...

  9. 03.redis与ssm整合(mybatis二级缓存)

    SSM+redis整合 ssm框架之前已经搭建过了,这里不再做代码复制工作. 这里主要是利用redis去做mybatis的二级缓存,mybaits映射文件中所有的select都会刷新已有缓存,如果不存 ...

随机推荐

  1. mysql 权限处理

    这是对mysql 业务用户在权限处理中遇到的坑: 之前在新建mysql 实例后会做两件事 1.增加业务库 2.为业务库增加一个与之对应的用户 create database appdb char se ...

  2. k8s的容器监测探针

    大部分的应用程序我们在部署的时候都会适当的添加监控,对于运行载体容器则更应该如此.kubernetes提供了 liveness probes来检查我们的应用程序.它是由节点上的kubelet定期执行的 ...

  3. 第一个Verilog程序:通用加法器

    Verilog作为一门硬件描述语言,快速掌握它的方法就是不断的练习,反复动手实践,通过例子掌握隐藏在语句背后的硬件电路.下面是第一个需要学习的Verilog例子: )( :] a, :] b, inp ...

  4. 黑马day16 jquery案例演示

    案例一: <html> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; ...

  5. linux 建立反向shell

    首先是netcat的版本选择BSD版的不支技-c -e参数,而GNU版的有-e参数,这里我用的是GNU版: sh-4.1# nc -V netcat (The GNU Netcat) Copyrigh ...

  6. canvas.drawBitmap(bitmap, src, dst, paint)

    // GameView.drawImage(canvas, mBitDestTop, miDTX, mBitQQ.getHeight(), mBitDestTop.getWidth(), mBitDe ...

  7. maven-gpg-plugin:1.2:sign (sign-artifacts) on project jdbc-pool: Cannot obtain passphrase in batch mode或者是Plugin execution not covered by lifecycle configuration

    本解决方案转自:http://blog.csdn.net/tangximing123/article/details/21179467 执行 Maven install 时报错: Failed to ...

  8. 一款效果非常不错的jquery插件 -Lightbox

    今天为大家介绍一款非常不错的jquery图片查看插件-Lightbox.这款图片查看插件体验很好,不仅有左右两个小箭头可以浏览上一张和下一张图片,还支持鼠标的左右键浏览上一张和下一张图片.有点类似go ...

  9. Linux mdev 热拔插配置

    在嵌入式领域使用比较多的是用 mdev 进行热插拔的操作. 文件系统进行配置 # 首先对 /etc/fstab 进行配置 # <file system> <mount pt> ...

  10. java继承2——类与继承(转)

    一.你了解类吗? 在Java中,类文件是以.java为后缀的代码文件,在每个类文件中最多只允许出现一个public类,当有public类的时候,类文件的名称必须和public类的名称相同,若不存在pu ...