tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例

打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human ,  然后点击 search database 数据框

在检索结果页面的底部,可以下载对应的tRNA序列和二级结构

选择 Doload FASTAstructure 选项,就会下载对应的文件,序列格式为

>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC
GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA
(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).

类似fasta 序列,只不过在序列之后,还有一行信息,描述了RNA的二级结构;

利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在线工具对tRNA的二级结构进行可视化

点击左上角的Add Molecule 下拉菜单,选择Add Sequence and Secondary Structure 选项

在弹出的对话框中,输入对应的序列和二级结构信息

点击Submit 按钮,就会生成如下所示的图,还有选多的选项可以调整图片,就不一一赘述了

生成的图片支持导出SVG, png等格式;到此,大功告成!

tRNA 二级结构预测可视化的更多相关文章

  1. tRNAscan-SE 预测tRNA基因

    tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图 ...

  2. 《Python生物信息学数据管理》中文PDF+英文PDF+代码

    生物信息学经典资料,解决生物学问题,通过"编程技法"的形式,涵盖尽可能多的组织.分析.表现结果的策略.在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学.由六部分组成:Py ...

  3. miRNA预测工具miRDeep-P2

    之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna ...

  4. 使用MXNet远程编写卷积神经网络用于多标签分类

    最近试试深度学习能做点什么事情.MXNet是一个与Tensorflow类似的开源深度学习框架,在GPU显存利用率上效率高,比起Tensorflow显著节约显存,并且天生支持分布式深度学习,单机多卡.多 ...

  5. 寄生线虫免疫学研究新路径!华中农业大学胡敏团队报道寄生线虫N-糖基化修饰图谱

    N-糖基化修饰是真核生物中一种重要的蛋白质翻译后修饰,在许多生物学过程中起着关键作用,包括蛋白质折叠.受体-配体相互作用.免疫应答和疾病发病机制等.近年来,高精度质谱技术的出现促进了糖组和糖蛋白质组的 ...

  6. 11,SFDC 管理员篇 - 报表和数据的可视化

    1,Report Builder 1,每一个report type 都有一个 primay object 和多个相关的object 2,Primary object with related obje ...

  7. JavaScript数据可视化编程学习(一)Flotr2,包含简单的,柱状图,折线图,饼图,散点图

    一.基础柱状图 二.基础的折线图 三.基础的饼图 四.基础的散点图 一.基础柱状图 如果你还没有想好你的数据用什么类型的图表来展示你的数据,你应该首先考虑是否可以做成柱状图.柱状图可以表示数据的变化过 ...

  8. 前端使用d3.js调用地图api 进行数据可视化

    前段时间自己研究了demo就是把某个区域的某个位置通过经纬度在地图上可视化.其实就是使用了第三方插件,比现在比较火的可视化插件d3.js echart.js.大致思路就是,把要用到的位置的geojso ...

  9. 03.redis与ssm整合(mybatis二级缓存)

    SSM+redis整合 ssm框架之前已经搭建过了,这里不再做代码复制工作. 这里主要是利用redis去做mybatis的二级缓存,mybaits映射文件中所有的select都会刷新已有缓存,如果不存 ...

随机推荐

  1. MySQL使用伪列

    在查询数据库的时候,我们有时候需要对查询出来的数据加上序列,1,2,3,……n 例如:我们根据表的某个字段排序后,要对这些数据加上序列,这个时候序号常常不是我们建表时设置好的自增的主键id,怎么办呢? ...

  2. mysql-cluster 环境安装&配置

    一.mysql-cluster 的介绍: 1.说心里话mysql-cluster这货性能上是不行的,之前一个同事测试了来的结果是8个主机组成的mysql-cluster性能 上搞不过一个单机的mysq ...

  3. adobe acrobat 无效批注对象

    http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/40894881 adobe acrobat一直弹出 无效批注对象 检查后提示:"本页面上的全部 ...

  4. python2.7 跨文件全局变量的方法

    有关python实现跨文件全局变量的方法. 在使用Python编写的应用的过程中,有时会遇到多个文件之间传递同一个全局变量的情况.文件1:globalvar.py #!/usr/bin/env pyt ...

  5. js判断输入是否为数字的具体实例

    这篇文章介绍了js判断输入是否为数字的具体实例,有需要的朋友可以参考一下 <html xmlns="http://www.3lian.com/"> <head&g ...

  6. SQL 创建索引,语法

    索引介绍.及原理 主键,唯一索引 聚集索引的关系 当数据库表的数据太过庞大,的时候我们能够通过加入索引的形式解决. 聚集索引:数据的实际存储顺序与我们做索引的顺序是一致的,这样的索引我们将它成为聚集索 ...

  7. iOS Emoji

    iOS Emoji 前言:我比较喜欢有趣的东西,有一些有趣的小东西,可能不是多么多么牛逼,也可能不需要多高深的技巧,也不会为其他什么强大的功能而服务,但是有时候将很多有趣的小东西组合起来运用,比如在你 ...

  8. css 点点加载demo

    content字符生成配合CSS3 animation的点点点loading效果实例 代码: CSS代码: dot { display: inline-block; height: 1em; line ...

  9. LeetCode: Combination Sum 解题报告

    Combination Sum Combination Sum Total Accepted: 25850 Total Submissions: 96391 My Submissions Questi ...

  10. LeetCode: Clone Graph 解题报告

    Clone GraphClone an undirected graph. Each node in the graph contains a label and a list of its neig ...