一、提取样本:

提取样本见命令行:

plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample

 其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID)

同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”

二、提取SNP位点

plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp   

其中,snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行:

rs1

rs2

rs3

plink提取指定样本的数据(keep函数)的更多相关文章

  1. 字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串,并返回一个整数。

    split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如 ...

  2. 使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)

    1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcft ...

  3. Sql Server函数全解<三>数据类型转换函数和文本图像函数

    阅读目录 一:数据类型转换函数 二:文本和图像函数 一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和flo ...

  4. Sql Server函数全解(三)数据类型转换函数和文本图像函数

    一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和float,但是对于其它数据类型,例如整型和字符类型,隐士 ...

  5. Jq_Ajax 操作函数跟JQuery 遍历函数跟JQuery数据操作函数

    JQuery文档操作方法 jQuery 库拥有完整的 Ajax 兼容套件.其中的函数和方法允许我们在不刷新浏览器的情况下从服务器加载数据. 函数                             ...

  6. 【summary】JQuery 相关css、ajax、数据操作函数或方法

    总结一下JQuery常用的函数方法,更加系统的整理一下. JQuery遍历的一些函数: 函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集 ...

  7. R中的数据重塑函数

    1.去除重复数据 函数:duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...),返回一个布尔值向量,重复数据的第一 ...

  8. 孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成

    孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天经过反复折腾,最终基本上算 ...

  9. 孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数

    孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天打算完成的是通用的(至少目 ...

随机推荐

  1. Django--CRM--一级, 二级 菜单表

    一. 一级菜单表 1. 首先要修改权限表的字段, 在权限表下面加上icon和 is_menu 的字段 2. 展示结果 # 我们既然想要动态生成一级菜单,那么就需要从数据库中拿出当前登录的用户的菜单表是 ...

  2. MySQL磁盘写入策略以及数据安全性的相关参数

     转载自:http://blog.itpub.net/22664653/viewspace-1063134/   innodb_flush_log_at_trx_commit和sync_binlog ...

  3. 老男孩python学习自修第八天【函数式编程】

    1.可变参数,将传参自动汇总成列表 2.可变参数,将参数自动汇总成字典 实战如下: #!/usr/bin/env python # _*_ coding:UTF-8 _*_ def show(*arg ...

  4. fiddler 笔记-重定向

    重定向功能:主要是进行会话的拦截,然后替换原始资源的功能 选择请求-到autoresponser面板-勾选 enable rules :add rules 设置如下: 2 在浏览器中请示url-页面跳 ...

  5. jmeter 启动报错:not able to find java executable or version

    1 运行cmd输入:java -version 查看 提示没有命令 2 查看环境变量path 3 执行 %JAVA_HOME% 提示找不到文件件 4 修改 文件夹名称 5 运行cmd java -ve ...

  6. powerdesigner 16.5 不允许有扩展属性,或对象不存在

    创建完之后这边会出现 选择刚创建的用户 这样就可以了

  7. Previous Workflow Versions in Nintex Workflow

    Previous Workflow Versions in Nintex Workflow September 4, 2013 It occurred to me that even though I ...

  8. loj6270

    #6270. 数据结构板子题 sol:对于一个询问L,R,Limit,答案就是所有长度小于R-l+1的线段-长度小于Limit的线段-左端点在L左边的线段-右端点在R右边的线段,求这个东西 后面两个东 ...

  9. $.ajax ,ajax请求添加请求头,添加Authorization字段

    beforeSend : function(request) { request.setRequestHeader("Authorization", sessionStorage. ...

  10. 提高SqlServer数据库的安全性,禁用掉sa账户

    Sqlsever 数据库有两种登陆身份验证模式,一种是windows身份验证:一种是sqlserver 账户验证模式,在sqlserver 账户验证模式中,sa账户是大家所熟知的,并且sa也是内置的默 ...