plink提取指定样本的数据(keep函数)
一、提取样本:
提取样本见命令行:
plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample
其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID)
同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”
二、提取SNP位点
plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp
其中,snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行:
rs1
rs2
rs3
plink提取指定样本的数据(keep函数)的更多相关文章
- 字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串,并返回一个整数。
split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如 ...
- 使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)
1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcft ...
- Sql Server函数全解<三>数据类型转换函数和文本图像函数
阅读目录 一:数据类型转换函数 二:文本和图像函数 一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和flo ...
- Sql Server函数全解(三)数据类型转换函数和文本图像函数
一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和float,但是对于其它数据类型,例如整型和字符类型,隐士 ...
- Jq_Ajax 操作函数跟JQuery 遍历函数跟JQuery数据操作函数
JQuery文档操作方法 jQuery 库拥有完整的 Ajax 兼容套件.其中的函数和方法允许我们在不刷新浏览器的情况下从服务器加载数据. 函数 ...
- 【summary】JQuery 相关css、ajax、数据操作函数或方法
总结一下JQuery常用的函数方法,更加系统的整理一下. JQuery遍历的一些函数: 函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集 ...
- R中的数据重塑函数
1.去除重复数据 函数:duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...),返回一个布尔值向量,重复数据的第一 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成
孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天经过反复折腾,最终基本上算 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数
孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天打算完成的是通用的(至少目 ...
随机推荐
- PDO连接mysql数据库加载慢
今天在使用PDO连接mysql操作数据库的时候,发现速度特别慢,都1~2s的时间,不知道怎么回事,后来一步一步排除到new PDO 导致过慢的原因, 这个尴尬了...,调试了半天都没想到问下度娘,才知 ...
- jenkins 邮箱设置
一.先设置管理员邮箱地址 二.设置邮箱
- C#中那些常用的工具类(Utility Class)(一)
代码越写越多,但是我们也需要经常去反思那些写过的代码,Utility Class就是这一类需要特别去反思总结的类,这些类像工具一样,我们经常通过一些静态方法,通过传入一些参数,然后得到我们需要的结果, ...
- 初识Anrdiod SDK
概念 SDK:(software development kit)软件开发工具包.被软件开发工程师用于为特定的软件包.软件框架.硬件平台.操作系统等建立应用软件的开发工具的集合. 因此,Android ...
- Sql Server 时间格式化
0 或 100 (*) 默认值 mon dd yyyy hh:miAM(或 PM) 1 101 美国 mm/dd/yyyy ...
- OPENQUERY (Transact-SQL)
Syntax Copy OPENQUERY ( linked_server ,'query' ) Arguments linked_serverIs an identifier representin ...
- MVC 自定义 错误页面
很多时候,我们需要自定义错误页面,用来当发生异常后引导用户进入一个比较友好的错误页面. 在这里,我归结一下我常用的2个方案 1 通过Global.asax 文件来处理异常信息(这个不管是 MVC ...
- git 提交报错 : The file will have its original line endings in your working directory.
报错现象 git add . 的时候发现此报错 报错分析 看情况应该是不同系统对换行的识别不到位导致的 就常识来说文件是在windows下生成的所以换行和 linux 确实不同可能是因为这个导致的 ...
- 自定义chromium浏览器
自定义chromium浏览器 来源 https://chaopeng.me/blog/2018/08/17/how-to-develop-full-homebrew-browser.html 最近有 ...
- WePY | 小程序组件化开发框架
资源连接: WePY | 小程序组件化开发框架 WePYAWESOME 微信小程序wepy开发资源汇总 文档 GITHUB weui WebStorm/PhpStorm 配置识别 *.wpy 文件代码 ...