plink提取指定样本的数据(keep函数)
一、提取样本:
提取样本见命令行:
plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample
其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID)
同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”
二、提取SNP位点
plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp
其中,snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行:
rs1
rs2
rs3
plink提取指定样本的数据(keep函数)的更多相关文章
- 字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串,并返回一个整数。
split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如 ...
- 使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)
1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcft ...
- Sql Server函数全解<三>数据类型转换函数和文本图像函数
阅读目录 一:数据类型转换函数 二:文本和图像函数 一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和flo ...
- Sql Server函数全解(三)数据类型转换函数和文本图像函数
一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和float,但是对于其它数据类型,例如整型和字符类型,隐士 ...
- Jq_Ajax 操作函数跟JQuery 遍历函数跟JQuery数据操作函数
JQuery文档操作方法 jQuery 库拥有完整的 Ajax 兼容套件.其中的函数和方法允许我们在不刷新浏览器的情况下从服务器加载数据. 函数 ...
- 【summary】JQuery 相关css、ajax、数据操作函数或方法
总结一下JQuery常用的函数方法,更加系统的整理一下. JQuery遍历的一些函数: 函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集 ...
- R中的数据重塑函数
1.去除重复数据 函数:duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...),返回一个布尔值向量,重复数据的第一 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成
孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天经过反复折腾,最终基本上算 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数
孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天打算完成的是通用的(至少目 ...
随机推荐
- mysql逻辑架构
逻辑架构图 MySQL有点与众不同,它的逻辑架构可以在多种不同的场景中应用并发挥良好的作用.主要体现在存储引擎的架构上,插件式的存储引擎架构将查询处理和其他的系统任务以及数据的存储提取相分离.这种架构 ...
- vue & @on-change !== on-change @on-change === @change
vue & @on-change !== on-change @on-change === @change https://jsfiddle.net/Lasx1fod/ i-switch ht ...
- vue.js2.0:如何搭建开发环境及构建项目
1,安装node.js Node.js官网:https://nodejs.org/en/ 进入Node.js官网,选择下载并安装Node.js.安装过程只需要点击“下一步”即可, 如下图,非常简单. ...
- CSS3之box-sizing属性
box-sizing本身有三个属性:content-box(默认).border-box和padding-box. content-box:border与padding均不算入width中: bord ...
- nodejs zip 安装配置
1.下载 下载地址:https://nodejs.org/zh-cn/download/ 选择相应的版本下载 2.解压缩 将文件解压到要安装的位置,并新建两个目录 node-global :npm全局 ...
- python绘制图形
python能快速解决日常工作中的小任务,比如数据展示. python做数据展示,主要用到matplotlib库,使用简单的代码,就可以很方便的绘制折线图.柱状图等.使用Java等,可能还需要配合 ...
- git 强制推送
Git 强制推送方法(一般不建议使用) $ git push -u origin master -f
- Spring 使用介绍(十)—— 单元测试
一.概述 Spring测试框架提供了对单元测试的支持,以便使用spring的依赖注入和事务管理功能 maven依赖: <dependency> <groupId>junit&l ...
- Codeforces Round #467 Div. 1
B:显然即相当于能否找一条有长度为奇数的路径使得终点出度为0.如果没有环直接dp即可.有环的话可以考虑死了的spfa,由于每个点我们至多只需要让其入队两次,复杂度变成了优秀的O(kE).事实上就是拆点 ...
- idea maven +spring mvc
1.步骤一 2.目录结构 3.maven <!--测试--> <dependency> <groupId>junit</groupId> <art ...