1)使用HMM模型搜索序列数据库(以青蟹蛋白库为例，简写为qingxie.pep),同源参考序列(query.fas)

hmmbuild： 用多重比对序列构建HMM模型；
hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列库；

步骤1：
pfam下载多重比对文件的种子序列(PF02898_seed_NOS.txt)
如果没有就用多条参考序列进行多重比对，然后用hmmbuild构建模型（NOS基因为例）
/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmbuild PF02898_seed_NOS.hmm PF02898_seed_NOS.txt
步骤2:用hmmsearch去搜索青蟹蛋白库
/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmsearch PF02898_seed_NOS.hmm qingxie.pep >NOS.out

2) phmmer和jackhmmer的用法
phmmer:与Blastp类似，使用蛋白质序列(一条或者多条都行),对数据库进行搜索
/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/phmmer query.fas qingxie.pep >qingxie.phmmer.out
jackhmmer：与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库
/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/jackhmmer query.fas qingxie.pep >qingxie.jackhmmer.out

3) nhmmer（类似于blastn，输入的query可以是fasta格式的DNA或者RNA序列,但是只能是一条。）
/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/nhmmer Ssa_sdy.ref.cds(核酸参考序列) Omy_omyt1(核酸库) >nhmmer.out

nhmmer如果是多条请先做多重序列比对（hmmalign），然后使用建立模型(hmmbuild)，然后生成的hmm作为输入）
nhmmer MADE1.hmm Ssa_sdy.ref.cds(核酸参考序列)  Omy_omyt1(核酸库) > nhmmer.out

3)使用蛋白质序列搜索HMM数据库
Pfam-A.hmm数据库路径：/PUBLIC/software/DENOVO/bio/database/Pfam/Pfam-A.hmm

步骤1 ：首先要对HMM数据库进行格式化（包括压缩以及创建索引），很快会完成。
/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmpress Pfam-A.hmm  
步骤2：用hmmscan将蛋白序列去搜索HMM数据库
/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmscan  Pfam-A.hmm query.fas >hmmcan.out
 
 接下来可以注释出结构域，并提提出结构域序列，建树。

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