Smith–Waterman algorithm

首先需要澄清一个事实，Smith–Waterman algorithm是求两个序列的最佳subsequence匹配，与之对应的算法但是求两个序列整体匹配的算法是Needleman-Wusch algorithm，即

　　Smith–Waterman algorithm：Local

　　Needleman-Wusch algorithm: Global

Needleman-Wusch algorithm与longest common subsequence (LCS)很相似，最大差别在于它给LCS中增、减、替换等操作赋予了不同的负权值，甚至不同的匹配对(a,a),(b,b)也有不同的正权值。可以这么说，Needleman-Wusch algorithm是改进的LCS算法。主要解决如下谁最优的问题：

首先，Needleman-Wusch algorithm需要一个Score Matrix（可以看成是一个离散的损失函数），用来表示不同匹配对的权值。

类似LCS，用动态规划求解，状态转移方程如下：

以上为Needleman-Wusch algorithm的步骤，计算局部的Smith–Waterman algorithm只需找到最大的M[i][j]，然后回溯即可，

[Sequence Alignment Methods] Smith–Waterman algorithm的更多相关文章

  1. [Sequence Alignment Methods] Dynamic time warping (DTW)

    本系列介绍几种序列对齐方法,包括Dynamic time warping (DTW),Smith–Waterman algorithm,Cross-recurrence plot Dynamic ti ...

  2. DNA序列局部比对（Smith–Waterman algorithm）

    生物信息原理作业第三弹:DNA序列局部比对,利用Smith–Waterman算法,python3.6代码实现. 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith ...

  3. [Sequence Alignment Methods] Cross-Recurrent Plot (CRP)

    A recurrence plot (RP) is a straightforward way to visualize characteristics of similar system state ...

  4. Multiple sequence alignment Benchmark Data set

    Multiple sequence alignment Benchmark Data set 1. 汇总: 序列比对标准数据集: http://www.drive5.com/bench/ This i ...

  5. smith waterman算法

    http://www.360doc.com/content/14/0106/00/14641369_342933143.shtml

  6. MR for Baum-Welch algorithm

    The Baum-Welch algorithm is commonly used for training a Hidden Markov Model because of its superior ...

  7. Machine Learning Methods: Decision trees and forests

    Machine Learning Methods: Decision trees and forests This post contains our crib notes on the basics ...

  8. 中南大学第一届长沙地区程序设计邀请赛 New Sorting Algorithm

    1352: New Sorting Algorithm Time Limit: 1 Sec  Memory Limit: 128 MB Description We are trying to use ...

  9. uvm_sequence_item——sequence机制（一）

    让子弹飞一会 UVM框架,将验证平台和激励分开,env以下属于平台部分,test和sequence属于激励,这样各司其职.我们可以将sequence_item 比喻成子弹,sequencer 类比成弹 ...

随机推荐

  1. DIV布局之道三：DIV块的覆盖，DIV层遮盖其他DIV

    DIV布局网页的第三种方式:覆盖.DIV覆盖方式经常应用于网页弹出框的制作,例如在网店系统中,当用户没有登录时,点击购买,系统弹出一个登陆框. 请看代码: HTML部分: XML/HTML Code复 ...

  2. Ubuntu系统配置日志/var/log/message

    ubuntu系统默认不生成/var/log/messages文件,有时候想查看相关日志就很不方便,于是我们可以设置使系统生成此文件. 1.先安装 apt-get install rsyslog2.用v ...

  3. 多线程 - 线程同步锁（lock、Monitor）

    1. 前言 多线程编程的时候,我们不光希望两个线程间能够实现逻辑上的先后顺序运行,还希望两个不相关的线程在访问同一个资源的时候,同时只能有一个线程对资源进行操作,否则就会出现无法预知的结果. 比如,有 ...

  4. 【BZOJ3673】【可持久化并查集】可持久化并查集 by zky

    Description n个集合 m个操作操作:1 a b 合并a,b所在集合2 k 回到第k次操作之后的状态(查询算作操作)3 a b 询问a,b是否属于同一集合,是则输出1否则输出0 0<n ...

  5. centos7上安装与配置Tomcat7（整理篇）

    1.检查tomcat7是否已经安装 rpm -qa | grep tomcat ps -ef | grep tomcat 第一条命令查看是用rpm安装过tomcat,由于我们倾向于安装解压版的tomc ...

  6. ios开发之代理&&协议（补充篇）

    一.理解协议与代理 协议: 协议是一个方法签名的列表,在其中可以定义若干个方法.根据配置,遵守该协议的类会去实现这个协议中规定的若干个方法. 代理: 代理是一个概念,很难用一个名词去定义(如我们可以说 ...

  7. magento后台 Fatal error: Call to a member function getId() on a non-object in错误

    后台分类管理出现错误 Fatal error: Call to a member function getId() on a non-object in 在数据库中运行以下sql语句 INSERT I ...

  8. PHP面向对象(OOP):把对象串行化serialize()方法，__sleep()方法，__wakeup()方法

    有时候需要把一个对象在网络上传输,为了方便传输,可以把整个对象转化为二进制串,等到达另一端时,再还原为原来的对象,这个过程称之为串行化(也叫序列化), 就像我们现在想把一辆汽车通过轮船运到美国去,因为 ...

  9. ubuntu 实现界面切换

    1.按ALT+CTRL+F1切换到字符界面(Linux实体机) 如果是VMware虚拟机安装的Linux系统,则切换到字符界面的时候需要以下操作 按下ALT+CTRL+SPACE(空格),ALT+CT ...

  10. cygwin编译ffmpeg移植到android平台问题集锦

    编译环境: windows xp Cygwin 1.1.3.1 NDK r9 1.提示各种command not found 比如 ./config.sh: line 6: $'--arch=arm\ ...