人类基因组三代组装: cano
git clone https://github.com/marbl/canu.git
cd canu/src
make -j <number of threads>
使用实例: canu -p prefix_name -d /CloudHealth/softwares/canu/Linux-amd64/bin genomeSize=3g -pacbio-raw subreads.fastq gnuplotTested=true useGrid=false maxMemory= maxThreads= ovsMethod=sequential
人类基因组三代组装: cano的更多相关文章
- 安装三代组装canu、smartdenovo、wtdbg及矫正软件Racon、Nanopolish的安装
1)三代组装软件 ------------------------------------------------------------------canu--------------------- ...
- Pacbio 纯三代组装复活草基因组
对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域, ...
- 【转】NG:垂枝桦基因组图谱构建(2+3组装)及重测序分析
转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系 ...
- 基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施
目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4 ...
- 10X Genomics vs. PacBio
10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在i ...
- Falcon:三代reads比对组装工具箱
主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集 ...
- Pacbio三代基因组组装简介
参考: 视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?
- 三代PacBio reads纠错 - 专题
三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是 ...
- PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析
参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组 ...
随机推荐
- js 断点调试
- JS吧数字转成2进制 8进制16进制数据
; number.toString(); //转成2进制 number.toString();//转成8进制 number.toString();//转成10进制 number.toString(); ...
- Java Collection.sort 排序升序, 降序问题
不多说,记住2点, 直接上代码(下面是降序): package mall; import java.util.ArrayList; import java.util.Collections; impo ...
- eclipse 断点找到同名的其它类
转载自Eclipse断点进入另一个项目的同名Java文件中(http://tunps.com/p/11789.html) eclipse 断点找到同名的其它类 A和B是两个相同的项目,A一直本地,B是 ...
- github上关于iOS的各种开源项目集合(转)
UI 下拉刷新 EGOTableViewPullRefresh - 最早的下拉刷新控件. SVPullToRefresh - 下拉刷新控件. MJRefresh - 仅需一行代码就可以为UITable ...
- 迷你MVVM框架 avalonjs 学习教程13、模板引用
稍为复杂一点的网站都是多个前端工程师合作而成,因此分工是必需的.简单一点的分工就是一个人负责一个频道,某个页面是由一个人全部做的:但如果涉及到一个页面非常复杂,需要多个人同时动工呢?于是到模板的出场时 ...
- zookeeper 初步学习
配置文件: tickTime:这个时间是作为 Zookeeper 服务器之间或客户端与服务器之间维持心跳的时间间隔,也就是每个 tickTime 时间就会发送一个心跳. dataDir:顾名思义就是 ...
- linux 初始设置
vim .bashrc 添加下行 自用: export PS1="Host:\[\033[1;35m\]\H \[\033[0m\]User:\[\033[1;33m\]\u \[\033[ ...
- pyDes库 实现python的des加密
下载及简介地址:https://twhiteman.netfirms.com/des.html 如需要在python中使用des加密,可以直接使用pyDes库加密,该库提供了CBC和ECB两种加密方式 ...
- 扩展C#与元编程(一)
众所周知,Roslyn project已经开源一年多了.简单的说,Roslyn是:1)用C#/VB写的C#/VB的编译器,以及与IDE集成:2)编译器的功能以API的方式暴露出来(即一组DLL). R ...