git clone https://github.com/marbl/canu.git
cd canu/src
make -j <number of threads>
使用实例:

canu -p prefix_name -d /CloudHealth/softwares/canu/Linux-amd64/bin  genomeSize=3g  -pacbio-raw  subreads.fastq  gnuplotTested=true useGrid=false maxMemory= maxThreads= ovsMethod=sequential

人类基因组三代组装: cano的更多相关文章

  1. 安装三代组装canu、smartdenovo、wtdbg及矫正软件Racon、Nanopolish的安装

    1)三代组装软件 ------------------------------------------------------------------canu--------------------- ...

  2. Pacbio 纯三代组装复活草基因组

    对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域, ...

  3. 【转】NG:垂枝桦基因组图谱构建(2+3组装)及重测序分析

    转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系 ...

  4. 基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施

    目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4 ...

  5. 10X Genomics vs. PacBio

    10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在i ...

  6. Falcon:三代reads比对组装工具箱

    主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集 ...

  7. Pacbio三代基因组组装简介

    参考: 视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?

  8. 三代PacBio reads纠错 - 专题

    三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是 ...

  9. PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析

    参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组 ...

随机推荐

  1. docker使用笔记1

    rhel6安装 yum -y install docker-io ################################################ 进入容器命令 docker exec ...

  2. leetcode127

    class Solution { public int ladderLength(String beginWord, String endWord, List<String> wordLi ...

  3. leetcode925

    public class Solution { public bool IsLongPressedName(string name, string typed) { var list1 = new L ...

  4. EventUtil——跨浏览器的事件对象

    . 首页 博客园 联系我 前言:什么是EventUtil?. EventUtil对象全见. addHandler方法. removeHandler方法. event对象与getEvent方法. tar ...

  5. Laravel基础

    一.Laravel核心目录文件介绍 app:程序的核心代码和业务逻辑代码,其中的Http目录是我们业务逻辑的存放点 bootstrap:包含框架启动的和自动加载文件 config:包含所有程序中的配置 ...

  6. [Vue warn]: Cannot find element: #app

    转自:https://blog.csdn.net/linyeban/article/details/54629869 学习vue的时候,刚开始按照官网的例子敲写,却出现以下的问题: 问题:这是因为你的 ...

  7. gulp css 压缩 合并

    //导入工具包 require('node_modules里对应模块') var gulp = require('gulp'), //本地安装gulp所用到的地方 concat = require(' ...

  8. Eclipse “cannot be resolved to a type”

    遇到这坑爹的问题,网上各种答案. 只有这个能解决我的问题,eclipse机制问题: Eclipse “cannot be resolved to a type”

  9. python中for循环的用法

    Python for循环可以遍历任何序列的项目,如一个列表或者一个字符串. 语法模式:for iterating_var in sequence: in 字面意思,从某个集合(列表等)里顺次取值 #遍 ...

  10. Haskell语言学习笔记(28)Data.Map

    Map Prelude> import Data.Map as Map Prelude Map> :set -XOverloadedLists Prelude Map> Overlo ...