git clone https://github.com/marbl/canu.git

cd canu/src

make -j <number of threads>
使用实例：

canu -p prefix_name -d /CloudHealth/softwares/canu/Linux-amd64/bin  genomeSize=3g  -pacbio-raw  subreads.fastq  gnuplotTested=true useGrid=false maxMemory= maxThreads= ovsMethod=sequential

人类基因组三代组装： cano的更多相关文章

  1. 安装三代组装canu、smartdenovo、wtdbg及矫正软件Racon、Nanopolish的安装

    1)三代组装软件 ------------------------------------------------------------------canu--------------------- ...

  2. Pacbio 纯三代组装复活草基因组

    对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域, ...

  3. 【转】NG：垂枝桦基因组图谱构建（2+3组装）及重测序分析

    转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系 ...

  4. 基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施

    目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4 ...

  5. 10X Genomics vs. PacBio

    10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在i ...

  6. Falcon：三代reads比对组装工具箱

    主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集 ...

  7. Pacbio三代基因组组装简介

    参考: 视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?

  8. 三代PacBio reads纠错 - 专题

    三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是 ...

  9. PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析

    参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组 ...

随机推荐

  1. 0_Simple__simpleP2P

    使用 P2P 特性在 GPU 之间传输.读写数据. ▶ 源代码.包括 P2P 使用前的各项检查,设备之间的数据互拷,主机和设备之间数据传输和相互访问. #include <stdlib.h> ...

  2. hdu 4370 0 or 1，最短路

    题目描述 给定n * n矩阵C ij(1 <= i,j <= n),我们要找到0或1的n * n矩阵X ij(1 <= i,j <= n). 此外,X ij满足以下条件: 1. ...

  3. 37. CentOS-6.3安装配置Weblogic-10

    安装说明 安装环境:CentOS-6.3-x64软件:server1001_ccjk_linux32.bin安装方式:bin文件安装 安装位置:/usr/local/weblogic/下载地址:htt ...

  4. docker容器中搭建kafka集群环境

    Kafka集群管理.状态保存是通过zookeeper实现,所以先要搭建zookeeper集群 zookeeper集群搭建 一.软件环境: zookeeper集群需要超过半数的的node存活才能对外服务 ...

  5. Laravel基础

    一.Laravel核心目录文件介绍 app:程序的核心代码和业务逻辑代码,其中的Http目录是我们业务逻辑的存放点 bootstrap:包含框架启动的和自动加载文件 config:包含所有程序中的配置 ...

  6. Win10 C盘根目录权限

    cmd管理员运行 icacls c:\ /setintegritylevel M c盘属性,安全,完全控制.

  7. WinRAR命令行版本 rar.exe使用详解

    RAR 命令行语法~~~~~~~~~~~~~~ 语法 RAR.exe <命令>  [ -<开关> ]  <压缩文件>  [ <@列表文件...> ]   ...

  8. tensorflow UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xff in position 0: invalid start byte

    tensorflow读取图像出现错误:UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xff in position 0: invalid s ...

  9. Mysql 知识(2)

    1. 为查询缓存优化你的查询 大多数的MySQL服务器都开启了查询缓存.这是提高性最有效的方法之一,而且这是被MySQL的数据库引擎处理的.当有很多相同的查询被执行了多次的时候,这些查询结果会被放到一 ...

  10. How to Pronounce the Word SOMETHING

    How to Pronounce the Word SOMETHING Share Tweet Share Something tells me you’re going to like this v ...