人类基因组三代组装: cano
git clone https://github.com/marbl/canu.git
cd canu/src
make -j <number of threads>
使用实例: canu -p prefix_name -d /CloudHealth/softwares/canu/Linux-amd64/bin genomeSize=3g -pacbio-raw subreads.fastq gnuplotTested=true useGrid=false maxMemory= maxThreads= ovsMethod=sequential
人类基因组三代组装: cano的更多相关文章
- 安装三代组装canu、smartdenovo、wtdbg及矫正软件Racon、Nanopolish的安装
1)三代组装软件 ------------------------------------------------------------------canu--------------------- ...
- Pacbio 纯三代组装复活草基因组
对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域, ...
- 【转】NG:垂枝桦基因组图谱构建(2+3组装)及重测序分析
转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系 ...
- 基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施
目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4 ...
- 10X Genomics vs. PacBio
10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在i ...
- Falcon:三代reads比对组装工具箱
主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集 ...
- Pacbio三代基因组组装简介
参考: 视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?
- 三代PacBio reads纠错 - 专题
三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是 ...
- PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析
参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组 ...
随机推荐
- C# WEB.API 接收并解析保存base64格式的图片
using System; using System.Collections.Generic; using System.Drawing; using System.IO; using System. ...
- linux 下创建文本的方法
1. 打开终端,输入 vi 1.txt 输入:wq 文本创建成功 2. 打开终端,输入 vim 1.txt 输入:wq 文本创建成功 3. 打开终端 , 输入 touch 1.txt ...
- SpringMVC + Mybatis 多数据源配置
比较常用的配置,多数据源.主从等等. 大概的逻辑是: 1.spring-mybatis.xml中配置多个数据源 2.使用Spring提供的AbstractRoutingDataSource类来根据请求 ...
- Git----分支管理之创建与合并分支02
在版本回退里,你已经知道 ,每次提交,Git都把它们串i成一条时间线,这条时间线就是一个分支,截至到目前,只有一条时间线,在Git里,这个分支叫主分支,即master分支,HEAD严格来说不是指向提交 ...
- MIME(Multipurpose Internet Mail Extensions-多用途互联网邮件扩展)
MIME MIME(Multipurpose Internet Mail Extensions)多用途互联网邮件扩展类型.是设定某种扩展名的文件用一种应用程序来打开的方式类型,当该扩展名文件被访问的时 ...
- tensorflow笔记之反向传播时用到的几种方法
1. 梯度下降, tf.train.GradientDescentOptimizer(0.05),梯度下降的问题在与不一定能获得全局最优解,并且因为要在所有数据上最小化损失,所以损失函数是在所有训练数 ...
- springmvc获取资源文件的两种方式(超简单)
1 比如我们在sc目录下新建一个db.properties文件内容如下 DriverClass=com.mysql.jdbc.Driverurl=jdbc:mysql://localhost:3306 ...
- servlet类第二篇
1servlet的生命周期是什么? 服务器启动时(web.xml中配置load-on-startup=1,默认为0)或者第一次请求该servlet时,就会初始化一个Servlet对象,也就是会执行初始 ...
- JS中的继承实现方式
第一种:通过prototype来实现 prototype.html <!DOCTYPE html><html lang="en"><head> ...
- python 刷题必备
1.判断输入的数字是否是回文数: 学习内容:把数字转成字符串 1. def is_palindrome(n): n=str(n) m=n[::-1] return n==m 2. tmp_str = ...