git clone https://github.com/marbl/canu.git
cd canu/src
make -j <number of threads>
使用实例:

canu -p prefix_name -d /CloudHealth/softwares/canu/Linux-amd64/bin  genomeSize=3g  -pacbio-raw  subreads.fastq  gnuplotTested=true useGrid=false maxMemory= maxThreads= ovsMethod=sequential

人类基因组三代组装: cano的更多相关文章

  1. 安装三代组装canu、smartdenovo、wtdbg及矫正软件Racon、Nanopolish的安装

    1)三代组装软件 ------------------------------------------------------------------canu--------------------- ...

  2. Pacbio 纯三代组装复活草基因组

    对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域, ...

  3. 【转】NG:垂枝桦基因组图谱构建(2+3组装)及重测序分析

    转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系 ...

  4. 基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施

    目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4 ...

  5. 10X Genomics vs. PacBio

    10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在i ...

  6. Falcon:三代reads比对组装工具箱

    主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集 ...

  7. Pacbio三代基因组组装简介

    参考: 视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?

  8. 三代PacBio reads纠错 - 专题

    三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是 ...

  9. PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析

    参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组 ...

随机推荐

  1. Zabbix结合Grafana绘图

    参考网站: https://www.jianshu.com/p/6eec985c5c94 注意事项: 1.在ganafa添加datasource的时候url写成http://10.116.33.116 ...

  2. aix系统使用随笔

    在 Aix操作系统 中,常用的文档编辑命令是 vi.下面,我们就来学习一下有关vi的使用决窍. 在vi中,必须牢记它是有两个状态的 ---- 输入状态与命令状态.由输入状态切换 到命令状态,必须ESC ...

  3. leetcode167

    public class Solution { public int[] TwoSum(int[] numbers, int target) { Dictionary<int, int> ...

  4. ajax方式表单拦截

    html <!DOCTYPE html> <html> <head> <title></title> <meta charset=&q ...

  5. SourceTree使用方法

    一 .SourceTree简介 SourceTree 是 Windows 和Mac OS X 下免费的 Git 和 Hg 客户端,拥有可视化界面,容易上手操作.同时它也是Mercurial和Subve ...

  6. php iconv 函数

    原型: $txtContent = iconv("utf-8",'GBK',$txtContent); 特殊参数:iconv("UTF-8","GB2 ...

  7. C#--反射技术

    反射:反射为了动态(比如动态的加载dll,动态创建类型.动态调用方法等) 引用 using System.Reflection 原理: 一个类库编译后会生成一个以.dll结尾的文件,一个以.pdb结尾 ...

  8. js中定时器2

    <!DOCTYPE html><html lang="en"><head> <meta charset="UTF-8" ...

  9. python json5

    install pip install json5 test a.json: { 'a':'b', 'aa':['b1','b2']} =========================== impo ...

  10. Week4-作业1:阅读笔记与思考

    我在这三天时间里阅读了<构建之法>的第四章和第十七章,产生了一些疑问和深层次的思考. 第四章 问题1: 书中第68页提到“注释(包括所有源代码)应该只用ASCII字符,不要用中文或其他特殊 ...