fastqc

fastqc用于查看测序数据的质量。

1.下载：

http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip

2.解压配置：

unzip fastqc_v0.11.8.zip

配置：

cd /data/software/FastQC

chmod +x fastqc  #由于fastqc是主程序，修改fastqc的使用权限

ln -s /data/software/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc

3.运行：

fastqc -h  #查看参数

#FastQC参数说明

# fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN

# 主要是包括前面的各种选项和最后面的可以加入N个文件

# -o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径，生成的报告的文件名是根据输入来定的

# --extract 生成的报告默认会打包成1个压缩文件，使用这个参数是让程序不打包

# -t --threads 选择程序运行的线程数，每个线程会占用250MB内存，越多越快咯

# -c --contaminants 污染物选项，输入的是一个文件，格式是Name [Tab] Sequence，里面是可能的污染序列，如果有这个选项，FastQC会在计算时候评估污染的情况，并在统计的时候进行分析，一般用不到

# -a --adapters 也是输入一个文件，文件的格式Name [Tab] Sequence，储存的是测序的adpater序列信息，如果不输入，目前版本的FastQC就按照通用引物来评估序列时候有adapter的残留

# -q --quiet 安静运行模式，一般不选这个选项的时候，程序会实时报告运行的状况。

#运行

mkdir /data/hisat2/quality/

fastqc -o  /data/hisat2/quality/ -t 6 /data/hisat2/chrX_data/samples/ERR188044_chrX_1.fastq.gz