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1. 成对HMM用于双序列比对的基本思想:

2. 状态转移矩阵:

3. 成对HMM的完整描述:

 

4. 成对HMM的Viterbi算法:

成对HMM(Pair HMMs)用于双序列比对--转载的更多相关文章

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