PolymiRTS 数据库- miRNA SNP数据库

背景：

miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合，导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译，从而实现转录后调控的作用；

如果在miRNA和 mRNA的结合区域，发生了snp，就可能会影响miRNA和mRNA的结合；导致疾病或者其他的一些变化；

所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值；

简介：

PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库，链接如下:

http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/

数据库中收录的snp位点可以分成两种：

1）snp 位点发生在 mRNA 上，包括实验支持和预测的miRNA-mRNA 靶标关系

2）snp 位点发生在 miRNA 上，miRNA seeds

这个数据库不仅记录了snp位点，而且还将snp位点和疾病，性状关联了起来

对于miRNA的研究而言，我们重点关注发生在miRNA seeds 区域的snp 位点

点击首页右上角的download 按钮，出现ftp下载界面

我们选择最新版本 3.0 ， 进行下载

下载的文件就是红色方框中的文件，分别对应小鼠和人的miRNA seeds 的区域的snp 位点

以人为例，文件中的内容如下：

miRID : 物种对应的microRNA的名称

Chr: 编码microRNA的基因所处的染色体

Strand:编码microRNA的基因的方向，正负链信息

Seed: microRNA与mRNA 3＇UTR区结合的种子序列，就是一段保守序列

SNPID : 该snp位点在NCBI dbsnp 数据库中的rs号

Location ： 发生突变的位点在染色体上的位置

Allele: 等位基因

Wobble : 该snp是否引起了miRNA-mRNA之间发生了G:U 的配对，yes 对应的值为1， no对应的值为

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